Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Col25a1-201ENSMUST00000080335 2624 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Tsc2-217ENSMUST00000227745 5598 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Slc52a3-204ENSMUST00000109861 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gypc-202ENSMUST00000174000 2072 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 H2-Q6-202ENSMUST00000174699 2085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Eif4g1-204ENSMUST00000115460 5638 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Syngap1-202ENSMUST00000177932 3927 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Qsox1-202ENSMUST00000111764 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Alkbh4-201ENSMUST00000041100 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Il1r1-202ENSMUST00000114795 4832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Rbbp8-201ENSMUST00000047322 3618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Myo19-202ENSMUST00000093969 4091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Vwc2-202ENSMUST00000109681 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm11803-201ENSMUST00000119966 444 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm13716-201ENSMUST00000126401 808 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm11261-203ENSMUST00000132470 838 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm15853-201ENSMUST00000160268 556 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Dpy30-202ENSMUST00000164832 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Ssr4-208ENSMUST00000166518 800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Dnd1-ps-201ENSMUST00000196992 964 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm43303-201ENSMUST00000200133 669 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm9728-201ENSMUST00000200197 1055 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm43630-201ENSMUST00000201550 776 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 AC165254.1-201ENSMUST00000220736 599 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Atp6v0c-201ENSMUST00000024932 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Haus7-202ENSMUST00000077243 1032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm3695-201ENSMUST00000087222 1009 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Tpd52-204ENSMUST00000094381 1074 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Fars2-202ENSMUST00000099582 962 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Lysmd4-201ENSMUST00000058771 2898 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Grin3a-201ENSMUST00000076674 7431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Tbc1d4-209ENSMUST00000161991 6483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Cpeb4-201ENSMUST00000020543 2312 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Chst10-205ENSMUST00000193441 4999 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Rarg-201ENSMUST00000043172 2953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm7553-201ENSMUST00000185805 1426 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Men1-202ENSMUST00000078137 2738 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Knop1-204ENSMUST00000106550 5524 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Eno2-216ENSMUST00000204896 1640 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 5730409E04Rik-201ENSMUST00000097886 2886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Taf3-201ENSMUST00000026888 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 BC006965-201ENSMUST00000124028 1952 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gtpbp1-201ENSMUST00000046463 3398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Zfp467-203ENSMUST00000114558 3115 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Eml3-201ENSMUST00000096241 3322 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 P3h2-201ENSMUST00000039990 3283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Slc25a22-202ENSMUST00000106006 2277 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Hus1b-201ENSMUST00000102943 1187 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm11400-201ENSMUST00000120853 1214 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Shisa5-203ENSMUST00000154184 1038 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Oaz1-207ENSMUST00000180036 1044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 1700065I16Rik-202ENSMUST00000185477 813 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm29608-201ENSMUST00000190444 463 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Mrto4-ps1-201ENSMUST00000220565 721 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Klhl21-201ENSMUST00000097773 3986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gpsm1-204ENSMUST00000114134 2043 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Pip5k1c-201ENSMUST00000045469 4323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Asb3-206ENSMUST00000203878 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Rhbdd3-203ENSMUST00000109878 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Dixdc1-202ENSMUST00000117093 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Esrrb-202ENSMUST00000110203 2363 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Tle3-215ENSMUST00000162583 4299 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Dgke-201ENSMUST00000000285 5208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Trp53bp2-201ENSMUST00000117245 4361 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Pdcd6-203ENSMUST00000222759 1376 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Smc6-208ENSMUST00000218866 3373 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 E430024P14Rik-203ENSMUST00000160545 2833 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Rhbdl3-201ENSMUST00000017836 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Vldlr-207ENSMUST00000167487 7971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Tnk2-201ENSMUST00000115120 2794 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Kdm2b-204ENSMUST00000118027 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm6198-201ENSMUST00000191337 2929 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Neil1-203ENSMUST00000190245 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 AW209491-202ENSMUST00000178289 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Prrxl1-202ENSMUST00000186452 2371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Atp6ap1-201ENSMUST00000019231 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Tmem9-201ENSMUST00000063719 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Lypd1-202ENSMUST00000159417 6464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Lrp2bp-202ENSMUST00000110380 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Awat2-201ENSMUST00000033567 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm12957-201ENSMUST00000117835 377 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Proscos-202ENSMUST00000178990 666 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Mturn-202ENSMUST00000187701 503 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm4610-201ENSMUST00000198222 905 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Dera-204ENSMUST00000203216 688 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm8598-201ENSMUST00000221184 836 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Naa10-201ENSMUST00000033763 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Bphl-201ENSMUST00000040656 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Cep131-201ENSMUST00000106227 3578 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Cep131-202ENSMUST00000106229 3581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Cep131-207ENSMUST00000180242 3581 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Lsm14b-202ENSMUST00000058764 2566 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Xrra1-201ENSMUST00000036155 2731 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Socs5-201ENSMUST00000041369 4392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Ulk3-201ENSMUST00000053230 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Ccdc151-201ENSMUST00000044926 2197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Hnrnpc-211ENSMUST00000228748 1691 ntAPPRIS P5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Lgals8-202ENSMUST00000099821 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Itgb3-201ENSMUST00000021028 5784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Eif4g3-215ENSMUST00000203828 5289 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.2 ms