Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Naaa-202ENSMUST00000159345 1629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gm15336-201ENSMUST00000128894 1571 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Nr4a2-203ENSMUST00000112629 3422 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Slc45a1-201ENSMUST00000037827 3387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Crhr2-201ENSMUST00000003568 2695 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Yif1a-201ENSMUST00000025811 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Grin2c-201ENSMUST00000003351 4279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 AC153366.2-201ENSMUST00000219461 1984 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 AC121805.2-201ENSMUST00000218808 2538 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Trim80-201ENSMUST00000093914 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Peli1-201ENSMUST00000093290 3514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gm20632-201ENSMUST00000176760 2427 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Mmp21-201ENSMUST00000033278 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Tpr-201ENSMUST00000119161 7480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Nek8-201ENSMUST00000017549 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Cpsf4l-203ENSMUST00000106617 1123 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Mir1938-201ENSMUST00000158746 100 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 1810059H22Rik-208ENSMUST00000204941 642 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gm9299-201ENSMUST00000206392 1140 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 0610005C13Rik-202ENSMUST00000209510 671 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Chd3os-203ENSMUST00000218008 1026 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gps2-201ENSMUST00000057884 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 S100a8-201ENSMUST00000069927 486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Trim26-201ENSMUST00000053434 3198 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 2610507B11Rik-201ENSMUST00000010421 7443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gm11638-201ENSMUST00000153672 1615 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Fam20a-201ENSMUST00000020938 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Fam83e-201ENSMUST00000129507 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Pef1-201ENSMUST00000030563 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Ero1lb-202ENSMUST00000220811 3341 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Hipk4-202ENSMUST00000108353 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Rufy3-203ENSMUST00000196894 3703 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Cpt2-201ENSMUST00000030345 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Tlk2-209ENSMUST00000145048 2776 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Zbtb17-201ENSMUST00000006377 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gstt3-201ENSMUST00000001715 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Pigg-202ENSMUST00000118910 3030 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Apaf1-201ENSMUST00000020157 6577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Tspan12-202ENSMUST00000120965 2157 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Ccne2-202ENSMUST00000108324 2908 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Golim4-208ENSMUST00000167078 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Lrrc56-202ENSMUST00000070458 2502 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Ninj1-202ENSMUST00000120733 1321 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Setd1b-204ENSMUST00000163030 8857 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gtf2ird1-201ENSMUST00000073161 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Sema6d-208ENSMUST00000103241 6157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Timm10b-202ENSMUST00000106780 671 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Tpd52l2-203ENSMUST00000108799 985 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gm12384-201ENSMUST00000119228 919 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gm14660-201ENSMUST00000119809 575 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gm15317-201ENSMUST00000129569 699 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Sbk3-201ENSMUST00000133272 1086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gm22331-201ENSMUST00000158066 136 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Umad1-206ENSMUST00000160705 624 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gm27731-201ENSMUST00000185192 107 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gm43818-201ENSMUST00000200605 466 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gm16372-201ENSMUST00000073088 450 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Ngef-201ENSMUST00000027477 2746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Ell-201ENSMUST00000093454 3072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gpr19-208ENSMUST00000165392 1643 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Gpr19-202ENSMUST00000066107 1647 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Traf1P39428 Scfd2-203ENSMUST00000113542 2279 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Ccdc155-201ENSMUST00000121017 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Ripk4-201ENSMUST00000019386 3541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Traf1P39428 4933435G04Rik-201ENSMUST00000205892 2108 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Zfp664-201ENSMUST00000111417 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Ddx42-201ENSMUST00000021046 4011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Traf1P39428 G6pc3-201ENSMUST00000070334 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Rxrg-204ENSMUST00000111386 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Mff-201ENSMUST00000073025 1706 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Pip5k1c-210ENSMUST00000163075 4208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Csrnp1-201ENSMUST00000035101 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Diaph2-207ENSMUST00000167619 8439 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Madd-201ENSMUST00000066420 3753 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Nfxl1-202ENSMUST00000087216 3712 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Rnf114-201ENSMUST00000078050 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Abi2-201ENSMUST00000052332 5768 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Tcirg1-211ENSMUST00000145791 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Ntng1-208ENSMUST00000133268 5587 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Tagln2-201ENSMUST00000111228 716 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Erg-203ENSMUST00000113848 2139 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm15851-201ENSMUST00000160564 662 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Aif1-206ENSMUST00000173324 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Mhrt-201ENSMUST00000181782 828 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm34549-203ENSMUST00000208300 896 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Wfdc1-202ENSMUST00000212901 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Hcfc1r1-201ENSMUST00000024697 946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Lpar1-201ENSMUST00000055018 3512 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Fn3k-202ENSMUST00000092302 1803 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Rnf10-203ENSMUST00000112097 3476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Slc12a8-202ENSMUST00000117134 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Islr-202ENSMUST00000168864 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Tfap2c-206ENSMUST00000170744 2776 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Mboat2-201ENSMUST00000078902 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gas8-201ENSMUST00000093043 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Stk38-202ENSMUST00000119274 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Csk-209ENSMUST00000217314 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Gm29253-201ENSMUST00000185727 5231 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Il17re-202ENSMUST00000058548 2940 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Traf1P39428 Zfp574-202ENSMUST00000179556 4140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 52.6 ms