Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Lat-206ENSMUST00000206793 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
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Rnf40Q3U319 Smdt1-201ENSMUST00000023086 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
Rnf40Q3U319 Rpp30-201ENSMUST00000025714 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
Rnf40Q3U319 Crb3-201ENSMUST00000071826 1194 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.21□□□□□ -0.13
Rnf40Q3U319 Rplp2-201ENSMUST00000084434 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
Rnf40Q3U319 Spr-ps1-201ENSMUST00000089584 605 ntBASIC14.21□□□□□ -0.13
Rnf40Q3U319 Smarcd2-203ENSMUST00000106843 2548 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
Rnf40Q3U319 Ttpa-203ENSMUST00000121491 2862 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
Rnf40Q3U319 Tmem132e-202ENSMUST00000092852 4105 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
Rnf40Q3U319 Nfkb2-202ENSMUST00000111881 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
Rnf40Q3U319 Rbm14-201ENSMUST00000006625 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Gm10561-201ENSMUST00000181563 1943 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 2310007B03Rik-201ENSMUST00000043718 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Sacs-202ENSMUST00000119509 3468 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Dysf-213ENSMUST00000203803 6590 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Csf1-202ENSMUST00000118593 3058 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Ercc5-201ENSMUST00000027214 3907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Fhl4-202ENSMUST00000216889 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Gck-203ENSMUST00000109823 2361 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Polg-201ENSMUST00000073889 7837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Mlxip-201ENSMUST00000068237 7303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Vmn1r198-202ENSMUST00000226786 6195 ntAPPRIS P2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Dnmt3a-201ENSMUST00000020991 9685 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Sphk2-203ENSMUST00000210060 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 5930412G12Rik-203ENSMUST00000134673 2087 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Gm15545-202ENSMUST00000141011 899 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 2810433D01Rik-202ENSMUST00000154798 1045 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Tmem9-205ENSMUST00000165125 901 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Tppp3-202ENSMUST00000176419 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
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Rnf40Q3U319 1700080E11Rik-202ENSMUST00000190661 682 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Mgst3-201ENSMUST00000028005 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Cdpf1-201ENSMUST00000071876 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Gm13344-201ENSMUST00000137714 1557 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Oser1-202ENSMUST00000104954 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
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Rnf40Q3U319 D230017M19Rik-201ENSMUST00000180722 3096 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
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Rnf40Q3U319 Hspb6-201ENSMUST00000044048 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
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Rnf40Q3U319 1110032A03Rik-201ENSMUST00000042468 2082 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Gm29052-201ENSMUST00000187700 1451 ntTSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Esrrb-206ENSMUST00000167891 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Arfip1-201ENSMUST00000098990 2799 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Naaladl1-201ENSMUST00000044451 2491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Coro2b-201ENSMUST00000048043 3610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Dcaf7-201ENSMUST00000058438 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
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Rnf40Q3U319 Rtraf-201ENSMUST00000022341 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
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Rnf40Q3U319 Prok2-202ENSMUST00000032152 1423 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Vangl1-201ENSMUST00000029453 6531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
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Rnf40Q3U319 Gm5169-201ENSMUST00000096469 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
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Rnf40Q3U319 Bcl7a-201ENSMUST00000031391 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
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Rnf40Q3U319 Egfl7-202ENSMUST00000102907 1372 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Plekhb1-206ENSMUST00000107047 1926 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Urgcp-204ENSMUST00000120306 3972 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Rcbtb2-202ENSMUST00000110952 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Eif3j1-201ENSMUST00000028668 5413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Capn11-201ENSMUST00000120717 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Lnx1-205ENSMUST00000117525 2259 ntTSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Jmjd8-205ENSMUST00000133595 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Aifm3-201ENSMUST00000023448 2688 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Gm3139-202ENSMUST00000201138 1303 ntTSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Gm3183-203ENSMUST00000202911 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Glis3-202ENSMUST00000112612 3016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Ddr1-204ENSMUST00000119825 3769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Tctn2-207ENSMUST00000185820 2733 ntTSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Prrc2b-201ENSMUST00000036691 8612 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Max-201ENSMUST00000082136 1926 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Car4-201ENSMUST00000103194 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
Rnf40Q3U319 Ighv4-1-201ENSMUST00000103464 414 ntAPPRIS P1 BASIC14.18□□□□□ -0.14
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