Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Cdc42ep5-201ENSMUST00000076831 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Csnk1a1-201ENSMUST00000115246 1484 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Dbp-203ENSMUST00000211357 1252 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Srsf6-202ENSMUST00000126163 515 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Tmem160-201ENSMUST00000019302 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Gm9748-202ENSMUST00000194881 783 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Rab24-201ENSMUST00000035242 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col3a1P08121 Dynll1-201ENSMUST00000009157 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Hist2h2ab-201ENSMUST00000073115 444 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Gm35065-201ENSMUST00000199206 428 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Rab3ip-203ENSMUST00000219109 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Klf1-201ENSMUST00000067060 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Tmem120b-202ENSMUST00000111619 1256 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Clta-206ENSMUST00000170241 1079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Nnat-207ENSMUST00000173041 760 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Etf1-202ENSMUST00000180351 108 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 A730035I17Rik-205ENSMUST00000205851 684 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Cgrrf1-201ENSMUST00000068532 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 4933431K14Rik-201ENSMUST00000195799 1352 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Gm11847-201ENSMUST00000125165 1119 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Hnrnpa3-201ENSMUST00000090792 1140 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col3a1P08121 Ppp3cc-201ENSMUST00000078434 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Ppp1cb-206ENSMUST00000202078 383 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Anp32b-201ENSMUST00000102926 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Podxl2-210ENSMUST00000145944 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Mrpl48-207ENSMUST00000146003 1625 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Foxj3-206ENSMUST00000138845 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Gm16286-201ENSMUST00000025463 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Sugct-201ENSMUST00000068545 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Gm2415-203ENSMUST00000149952 435 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 1700018A14Rik-201ENSMUST00000195587 711 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 2210011C24Rik-204ENSMUST00000190457 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC26.2■■□□□ 1.79
Col3a1P08121 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Col3a1P08121 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Col3a1P08121 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
Col3a1P08121 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Col3a1P08121 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Col3a1P08121 Btbd6-201ENSMUST00000002880 2057 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Col3a1P08121 Hagh-201ENSMUST00000024974 1101 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Col3a1P08121 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Col3a1P08121 Pink1-203ENSMUST00000105817 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Col3a1P08121 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Col3a1P08121 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Col3a1P08121 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.3 ms