Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Ces2f-201ENSMUST00000076384 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Smarca5-201ENSMUST00000043359 6113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Ano7-201ENSMUST00000058682 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 A330074K22Rik-201ENSMUST00000183235 2489 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Sipa1-203ENSMUST00000164304 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gpr12-203ENSMUST00000197431 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Ppp1r3d-201ENSMUST00000058678 3267 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm9932-201ENSMUST00000194154 2116 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Tap2-201ENSMUST00000025197 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gbp5-201ENSMUST00000090127 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Pik3c2b-201ENSMUST00000077730 7928 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Fars2-208ENSMUST00000224611 1750 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Tomm34-202ENSMUST00000109384 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm44291-201ENSMUST00000203102 2865 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm43951-201ENSMUST00000204457 2889 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Arl5c-202ENSMUST00000107563 823 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Cdk4-202ENSMUST00000120226 714 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm12416-201ENSMUST00000120911 1008 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm2639-201ENSMUST00000156881 1297 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm7783-201ENSMUST00000204795 781 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Ccs-201ENSMUST00000037246 1057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Cracr2a-201ENSMUST00000071563 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Ppp1r14d-201ENSMUST00000076084 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Nop53-201ENSMUST00000044158 3176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gatm-201ENSMUST00000028624 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Zbtb14-201ENSMUST00000062369 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Ap4b1-202ENSMUST00000076599 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Dnmt3b-202ENSMUST00000072997 4208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Riox2-201ENSMUST00000023407 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Rbbp8nl-201ENSMUST00000038529 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Cul7-201ENSMUST00000043464 5530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Emilin3-201ENSMUST00000057169 3547 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Tmem241-202ENSMUST00000055447 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Ppp1r15b-201ENSMUST00000052529 5594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Iffo1-202ENSMUST00000119527 2840 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Lrriq4-202ENSMUST00000108267 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Ncbp2-201ENSMUST00000023460 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Bin2-205ENSMUST00000182814 1901 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Sike1-201ENSMUST00000029447 7375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Ccnf-201ENSMUST00000115390 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Itpk1-201ENSMUST00000046518 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm21451-201ENSMUST00000111062 2775 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 2410002F23Rik-218ENSMUST00000188382 2301 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Mdfic-203ENSMUST00000125326 3635 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Eef1d-204ENSMUST00000089681 2152 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Cflar-204ENSMUST00000114309 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Ccer1-201ENSMUST00000060703 1865 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Casz1-202ENSMUST00000122222 7926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Mapt-203ENSMUST00000106989 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Styxl1-202ENSMUST00000111161 963 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm13689-201ENSMUST00000119360 685 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm26464-201ENSMUST00000157094 305 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 2900093K20Rik-201ENSMUST00000190930 567 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm19184-201ENSMUST00000196798 928 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Aqp10-ps-201ENSMUST00000199555 611 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm38671-201ENSMUST00000200573 130 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm6983-201ENSMUST00000214912 628 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm45930-201ENSMUST00000221330 292 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Comt-201ENSMUST00000000335 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Mon1a-202ENSMUST00000191906 2821 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Pja1-205ENSMUST00000167246 2666 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Cnksr2-202ENSMUST00000112513 4471 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Rad54l2-201ENSMUST00000046502 9305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Smg9-201ENSMUST00000002280 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Wdr90-201ENSMUST00000079461 5991 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Ly9-201ENSMUST00000004827 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Allc-202ENSMUST00000110917 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Cask-204ENSMUST00000115438 8366 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ssbp2-201ENSMUST00000004094 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Adam23-205ENSMUST00000114107 6110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm13075-202ENSMUST00000149247 1621 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Klhdc8b-207ENSMUST00000193286 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Elmod1-201ENSMUST00000048409 2605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Miip-201ENSMUST00000030886 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Cdk6-201ENSMUST00000042410 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Cacnb4-201ENSMUST00000078324 8225 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Susd6-201ENSMUST00000068519 4977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gamt-202ENSMUST00000105363 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 St6galnac6-209ENSMUST00000131229 1013 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Sbk3-201ENSMUST00000133272 1086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm11791-201ENSMUST00000139327 336 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Hoxb5os-202ENSMUST00000150698 596 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Bik-201ENSMUST00000016902 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm29199-201ENSMUST00000187766 775 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm38266-201ENSMUST00000194931 421 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Tmem129-204ENSMUST00000200849 657 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm32850-202ENSMUST00000209149 732 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Syncrip-209ENSMUST00000174361 1767 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Hjurp-206ENSMUST00000147393 2030 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Rxrb-202ENSMUST00000116612 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Arpin-201ENSMUST00000048731 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Mettl2-201ENSMUST00000021030 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Dlg5-203ENSMUST00000090398 7851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Pgd-201ENSMUST00000084124 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ccnj-201ENSMUST00000025983 3819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Asap1-216ENSMUST00000177083 4415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Phyhip-201ENSMUST00000003561 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ifnar2-202ENSMUST00000089042 2580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Grik2-210ENSMUST00000220263 2085 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Cobll1-201ENSMUST00000090896 4867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.7 ms