Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Syce1-201ENSMUST00000026553 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Otop3-202ENSMUST00000106543 2369 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Zfp977-201ENSMUST00000173283 1425 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Fer-202ENSMUST00000038080 2365 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Clip2-201ENSMUST00000036999 4893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Gm29358-201ENSMUST00000186510 1734 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Cdhr5-202ENSMUST00000167263 2628 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Dctn1-201ENSMUST00000077407 4118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Psrc1-202ENSMUST00000102629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Ap4e1-203ENSMUST00000110394 2271 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Rsbn1l-201ENSMUST00000036489 5550 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Gnl3-201ENSMUST00000037739 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Art3-208ENSMUST00000121096 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Cep295nl-202ENSMUST00000168100 1602 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Ptk7-201ENSMUST00000044442 4255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Hp-201ENSMUST00000074898 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Tmprss12-201ENSMUST00000096200 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 AC121801.1-201ENSMUST00000225363 1899 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Gm10369-201ENSMUST00000100641 1148 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Gm15440-201ENSMUST00000110042 1231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Gm16122-201ENSMUST00000142625 1158 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Gm17634-201ENSMUST00000181383 1285 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 4933405L10Rik-202ENSMUST00000211852 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Gm32926-202ENSMUST00000215162 1176 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 AC166997.1-201ENSMUST00000225122 572 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Fgfr1op2-201ENSMUST00000037836 687 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Tada3-203ENSMUST00000099118 1282 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Traf1P39428 Fam174a-202ENSMUST00000186780 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Odf2-203ENSMUST00000113755 2305 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Otop2-201ENSMUST00000055490 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Gm12503-201ENSMUST00000146576 3127 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Phldb1-210ENSMUST00000134465 5244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Gbe1-207ENSMUST00000171132 3303 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Pde4dip-202ENSMUST00000090750 8376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Ank1-208ENSMUST00000121075 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Ulk1-211ENSMUST00000200299 3581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Slc9a3-201ENSMUST00000036208 2490 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Tgfbr3-201ENSMUST00000031224 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Col5a3-201ENSMUST00000004201 6119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Gm38391-201ENSMUST00000191720 4069 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Vps26b-201ENSMUST00000034470 3575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Lzts1-201ENSMUST00000037049 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Zfp628-201ENSMUST00000116354 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Slco3a1-202ENSMUST00000098371 2709 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Klc2-201ENSMUST00000025798 2940 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Cand2-201ENSMUST00000075995 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Arap2-201ENSMUST00000076623 7306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Dhrs3-202ENSMUST00000105744 1226 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 1700001C02Rik-203ENSMUST00000127815 660 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Gm15494-202ENSMUST00000171665 451 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Ly6g6e-203ENSMUST00000172678 750 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Asb1-205ENSMUST00000188081 1272 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Gm28911-201ENSMUST00000188837 117 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Asb1-206ENSMUST00000188879 1299 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Gm45059-201ENSMUST00000205558 1077 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 AC156560.2-201ENSMUST00000221232 264 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 A730061H03Rik-201ENSMUST00000066106 465 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 N4bp3-201ENSMUST00000001080 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Ly6h-207ENSMUST00000163116 2801 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Olfr1372-ps1-202ENSMUST00000203403 9812 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Safb2-201ENSMUST00000075510 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Mecp2-203ENSMUST00000123362 1675 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 AI480526-202ENSMUST00000159637 1697 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Slc27a1-201ENSMUST00000034267 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Kif21b-201ENSMUST00000075164 9115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 4930473A02Rik-202ENSMUST00000136793 1409 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Kcnq2-220ENSMUST00000197015 8031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Pde4d-203ENSMUST00000117420 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 A930033H14Rik-201ENSMUST00000170048 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Gm38042-201ENSMUST00000191614 5208 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Cdk11b-203ENSMUST00000105600 3170 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Acp5-202ENSMUST00000115315 1349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Slc35b1-201ENSMUST00000021243 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Kcp-201ENSMUST00000078112 4775 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Mybl1-201ENSMUST00000088658 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Ankrd50-201ENSMUST00000094300 1944 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Krit1-211ENSMUST00000200386 2343 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Kcng1-201ENSMUST00000099069 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Dab1-203ENSMUST00000106830 5278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Ick-203ENSMUST00000117330 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Elk3-201ENSMUST00000008542 4212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Cd99l2-204ENSMUST00000114587 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Kxd1-204ENSMUST00000121623 884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Ucma-204ENSMUST00000167607 785 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 1700029B24Rik-201ENSMUST00000194040 497 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Gm15411-202ENSMUST00000201913 668 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Mpv17-209ENSMUST00000202241 903 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 AC155252.1-201ENSMUST00000226462 1208 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Prss41-201ENSMUST00000024926 1128 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Tmem219-201ENSMUST00000032926 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Kxd1-201ENSMUST00000093456 1216 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Specc1-202ENSMUST00000092415 6797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Gm6871-201ENSMUST00000073410 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 9130008F23Rik-201ENSMUST00000068258 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Spred2-202ENSMUST00000093299 4449 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 AC126549.2-201ENSMUST00000223997 1976 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Catip-201ENSMUST00000097697 2101 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Plekhn1-201ENSMUST00000105569 3014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Wdyhv1-201ENSMUST00000067563 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Traf1P39428 Cdk18-201ENSMUST00000027697 4355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 68.4 ms