Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Ttyh1-202ENSMUST00000079415 2882 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Fastkd3-201ENSMUST00000051784 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Dph5-204ENSMUST00000189799 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Clec18a-203ENSMUST00000188466 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Clec18a-201ENSMUST00000039597 1998 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Phkg1-201ENSMUST00000026617 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Sp2-201ENSMUST00000062652 2367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Syt1-202ENSMUST00000105276 4820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Gjb1-202ENSMUST00000119080 1513 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.47□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Gm13657-201ENSMUST00000135682 1939 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 AC115735.4-201ENSMUST00000227460 1944 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Pdxk-ps-201ENSMUST00000159650 2342 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Gria4-203ENSMUST00000163309 2338 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Rnf44-218ENSMUST00000177950 3941 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Arrdc4-201ENSMUST00000048068 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Pias3-203ENSMUST00000107077 2695 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Crhr2-201ENSMUST00000003568 2695 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 E230013L22Rik-201ENSMUST00000180408 1856 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Pitx2-206ENSMUST00000174623 1493 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Olfr129-201ENSMUST00000122318 993 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Gm15904-201ENSMUST00000154515 487 ntTSL 3 BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Nfya-203ENSMUST00000159063 1255 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Fam49b-201ENSMUST00000063838 3797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Rtkn2-203ENSMUST00000117086 2246 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Nepn-201ENSMUST00000067085 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Kbtbd6-201ENSMUST00000100359 2982 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Vldlr-207ENSMUST00000167487 7971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Sema7a-201ENSMUST00000043059 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Il34-204ENSMUST00000150680 1796 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Hif3a-202ENSMUST00000108492 6402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Il7-205ENSMUST00000194279 4858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Dgcr14-201ENSMUST00000003621 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Cacna1b-205ENSMUST00000114447 6987 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Nub1-202ENSMUST00000197407 3546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Rev3l-201ENSMUST00000019986 10713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Gm26547-201ENSMUST00000181186 1508 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Ube2g1-201ENSMUST00000021148 3815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Fgfr3-215ENSMUST00000202138 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Dbn1-201ENSMUST00000021950 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Cdyl-202ENSMUST00000163595 3575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 E2f3-204ENSMUST00000222730 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Grb10-201ENSMUST00000093321 5061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 F2-202ENSMUST00000111335 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Chfr-202ENSMUST00000112519 3159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Ahnak-201ENSMUST00000092955 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Gpr35-205ENSMUST00000186298 2647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Ppp1r12b-201ENSMUST00000045665 8840 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
Rnf40Q3U319 Prnd-203ENSMUST00000110171 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
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Rnf40Q3U319 Dusp13-201ENSMUST00000075040 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Foxred2-202ENSMUST00000117725 4347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Arhgef2-208ENSMUST00000175911 2030 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Gm42535-201ENSMUST00000197312 1399 ntBASIC14.46□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Krcc1-201ENSMUST00000080949 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 9130008F23Rik-201ENSMUST00000068258 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Zfp296-201ENSMUST00000108453 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 4933434E20Rik-203ENSMUST00000068798 1500 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 AC125108.1-201ENSMUST00000218986 2330 ntBASIC14.46□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Gm5592-202ENSMUST00000206490 2623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Atp6v1h-204ENSMUST00000192698 1811 ntTSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Banp-201ENSMUST00000026354 1970 ntTSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Vps72-201ENSMUST00000009102 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Gm8237-201ENSMUST00000164484 2051 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Oprm1-215ENSMUST00000105607 2369 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Lzts3-202ENSMUST00000089561 4169 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Lmo7-201ENSMUST00000100337 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Gm15440-201ENSMUST00000110042 1231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.1
Rnf40Q3U319 Mtif3-203ENSMUST00000110564 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
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