Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Gm4593-201ENSMUST00000205334 1555 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Fbn1-201ENSMUST00000028633 9847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Gm36995-201ENSMUST00000126170 5727 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Zfyve28-201ENSMUST00000094868 3983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Irak3-201ENSMUST00000020448 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Snap23-202ENSMUST00000110711 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Kirrel-203ENSMUST00000159976 7236 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 B230206H07Rik-202ENSMUST00000134845 3269 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Megf6-201ENSMUST00000030897 6851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Zkscan8-202ENSMUST00000110481 728 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Gm16107-201ENSMUST00000162523 862 ntBASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Flg-202ENSMUST00000178008 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Flg-205ENSMUST00000179250 765 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Flg-206ENSMUST00000179477 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 4930579K19Rik-202ENSMUST00000190541 632 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Atp5l-201ENSMUST00000043675 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Taar2-201ENSMUST00000079134 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Ifi27-204ENSMUST00000079294 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Prl6a1-201ENSMUST00000091679 1093 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Prl6a1-202ENSMUST00000091680 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Atp6v0c-202ENSMUST00000098862 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Miip-201ENSMUST00000030886 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Magix-201ENSMUST00000115695 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Ybx2-202ENSMUST00000108601 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Acin1-221ENSMUST00000150371 2494 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Ube2f-204ENSMUST00000178627 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Alx1-201ENSMUST00000040859 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Rps6ka4-202ENSMUST00000170516 3105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Rps6ka4-201ENSMUST00000025903 3105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Sirpa-214ENSMUST00000179001 3812 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Vwf-202ENSMUST00000112253 2184 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Gm1113-201ENSMUST00000183573 2434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Ddx39b-202ENSMUST00000172549 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Oas1e-201ENSMUST00000100785 1801 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Ppara-202ENSMUST00000109422 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Nif3l1-206ENSMUST00000171597 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Mrpl58-202ENSMUST00000103036 749 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 0610010K14Rik-207ENSMUST00000108577 659 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Gm5914-202ENSMUST00000182863 375 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Tcta-202ENSMUST00000192886 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Fcnb-201ENSMUST00000028179 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Ilvbl-212ENSMUST00000220430 2350 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 4933433G15Rik-201ENSMUST00000180533 1481 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Nek1-201ENSMUST00000034065 5401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Slc29a2-201ENSMUST00000025826 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Dnmt1-207ENSMUST00000216540 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Gm26688-201ENSMUST00000181176 1568 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 Muc6-202ENSMUST00000189314 5087 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Tacc3-202ENSMUST00000079534 2899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Klhl26-205ENSMUST00000210250 2974 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Samd4b-204ENSMUST00000208199 4391 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Rpl21-201ENSMUST00000035983 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 Adgrv1-205ENSMUST00000126444 3823 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 Ric8b-202ENSMUST00000095385 2909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Klf4-201ENSMUST00000107619 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 Gpr153-201ENSMUST00000055754 3757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Osbpl7-201ENSMUST00000090020 3771 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Nxt1-202ENSMUST00000109961 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 4930405A21Rik-202ENSMUST00000139042 994 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 B3gat1-204ENSMUST00000160899 3801 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Gm20033-201ENSMUST00000180470 572 ntTSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 AC124742.1-201ENSMUST00000219909 547 ntTSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.08
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Rnf40Q3U319 Psmg3-201ENSMUST00000031531 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Nxt1-201ENSMUST00000047177 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Wfdc6b-201ENSMUST00000094346 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Gm45657-201ENSMUST00000211318 1349 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Pcdh8-201ENSMUST00000039568 4000 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 2610001J05Rik-203ENSMUST00000185219 1606 ntAPPRIS P1 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Atp9b-213ENSMUST00000225980 5150 ntAPPRIS P2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Cplx4-201ENSMUST00000025397 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Aldh3b1-201ENSMUST00000051803 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Gm10433-202ENSMUST00000146364 1984 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Eif5-201ENSMUST00000050993 1969 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Tmub2-205ENSMUST00000156326 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Bak1-202ENSMUST00000078691 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Otud4-203ENSMUST00000173286 7213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Pi4kb-201ENSMUST00000072287 3692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Rnf40Q3U319 Akna-201ENSMUST00000035724 5387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
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