Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Josd1-201ENSMUST00000023061 3394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Hgfac-201ENSMUST00000030985 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gk-201ENSMUST00000026039 4340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm43509-201ENSMUST00000196551 2594 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Abcf2-201ENSMUST00000030795 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Dsn1-201ENSMUST00000103129 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Fbxl12-205ENSMUST00000140702 1555 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Cyp2d11-201ENSMUST00000170255 1590 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Aqp11-205ENSMUST00000206389 3737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Zfp334-201ENSMUST00000103084 8205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Syne3-201ENSMUST00000067005 5097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Tifa-203ENSMUST00000164447 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Adgrl1-210ENSMUST00000152978 5734 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Krt25-201ENSMUST00000038004 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Fzr1-202ENSMUST00000118812 1215 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Agtpbp1-213ENSMUST00000167096 508 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Neat1-203ENSMUST00000174829 1030 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 1700080E11Rik-202ENSMUST00000190661 682 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 4921530L21Rik-201ENSMUST00000045892 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Lyzl4-201ENSMUST00000077706 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Qsox1-207ENSMUST00000194632 2433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm11732-201ENSMUST00000151381 1742 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Synrg-207ENSMUST00000183456 3990 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Jakmip1-212ENSMUST00000174629 1941 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Spsb3-201ENSMUST00000024976 1947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Olfr533-202ENSMUST00000211093 2397 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Dnm1-217ENSMUST00000202578 2820 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Aire-216ENSMUST00000156417 1627 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gna13-201ENSMUST00000020930 6160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gpsm1-203ENSMUST00000078616 3127 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Trim34b-201ENSMUST00000106847 1827 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm26850-201ENSMUST00000181653 2669 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Strap-201ENSMUST00000064910 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Rnaseh2a-203ENSMUST00000109738 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Lurap1l-201ENSMUST00000055922 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Irx3os-201ENSMUST00000062522 2988 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Oprm1-202ENSMUST00000052751 1334 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Oprm1-207ENSMUST00000092731 1332 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Mbtd1-201ENSMUST00000063645 2138 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Bcan-201ENSMUST00000090971 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Alx4-201ENSMUST00000042078 5253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Plekha4-201ENSMUST00000051810 2660 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Dbndd1-201ENSMUST00000176155 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Sept1-202ENSMUST00000106314 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Inha-201ENSMUST00000037330 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Mmgt2-207ENSMUST00000155759 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm26602-201ENSMUST00000181321 285 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm29127-201ENSMUST00000188304 517 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Duoxa1-201ENSMUST00000028653 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Txn1-201ENSMUST00000030051 1051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Selenow-201ENSMUST00000044355 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Ttr-201ENSMUST00000075312 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Pigv-201ENSMUST00000062118 3979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Zbtb7b-204ENSMUST00000107435 4333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Wdtc1-202ENSMUST00000105906 4057 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Zscan12-202ENSMUST00000099720 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Plod2-203ENSMUST00000160359 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm12620-201ENSMUST00000119791 1986 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm12612-201ENSMUST00000140182 1986 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gopc-201ENSMUST00000020008 4216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Tmem40-202ENSMUST00000112946 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Foxp1-208ENSMUST00000113329 1926 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Dnajc6-205ENSMUST00000106933 5191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Sirt5-206ENSMUST00000221481 1548 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Dek-201ENSMUST00000021807 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Fndc3a-201ENSMUST00000089017 6143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Arhgef33-202ENSMUST00000223878 3253 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Arhgef33-201ENSMUST00000068175 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Adamts20-201ENSMUST00000035342 6027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Mrpl58-203ENSMUST00000106539 2522 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm40765-201ENSMUST00000218612 1469 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Rnf146-201ENSMUST00000037548 4402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Frmd4b-203ENSMUST00000113355 4913 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Col4a2-201ENSMUST00000033899 6450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Slc33a1-202ENSMUST00000160883 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Ece2-201ENSMUST00000003898 3152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Adal-201ENSMUST00000028702 2471 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Csdc2-201ENSMUST00000038757 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Glyr1-202ENSMUST00000115844 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Glyr1-201ENSMUST00000023189 3330 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Trav13-3-201ENSMUST00000117226 336 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 A330102I10Rik-202ENSMUST00000140415 682 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm11684-201ENSMUST00000144975 757 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm29417-201ENSMUST00000188160 571 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Ighv1-25-201ENSMUST00000195638 345 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Tdrp-206ENSMUST00000210414 323 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm39318-201ENSMUST00000214606 1118 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 AC155258.1-201ENSMUST00000219303 253 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 1700011B04Rik-206ENSMUST00000221013 824 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 AC125117.1-201ENSMUST00000228121 468 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 AC154806.6-201ENSMUST00000228192 202 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Mdk-201ENSMUST00000028672 1054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Caprin2-201ENSMUST00000072324 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Gm8973-201ENSMUST00000079818 315 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Olfr707-201ENSMUST00000088687 924 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Mdk-203ENSMUST00000090602 714 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Olfr1532-ps1-201ENSMUST00000098140 924 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Mef2d-204ENSMUST00000119251 3488 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Ypel3-203ENSMUST00000106357 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col6a1Q04857 Hsf4-206ENSMUST00000173859 1576 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.6 ms