Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Thap2-203ENSMUST00000218989 527 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Ftl1-ps1-202ENSMUST00000222435 938 ntAPPRIS P1 BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 AC155252.2-201ENSMUST00000226946 680 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Olfr1410-201ENSMUST00000079790 969 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Edn3-201ENSMUST00000029030 3117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Arpc1b-201ENSMUST00000085679 3105 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Usp13-201ENSMUST00000072312 7580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Mmp14-206ENSMUST00000225641 3238 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Bst1-201ENSMUST00000101237 2856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Etfdh-201ENSMUST00000029386 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Slc4a2-201ENSMUST00000080067 4179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Marveld2-203ENSMUST00000168772 1888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Grk5-201ENSMUST00000003313 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm3739-201ENSMUST00000165744 2011 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Pik3cd-214ENSMUST00000177654 4765 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Sfpq-201ENSMUST00000030623 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Iffo1-202ENSMUST00000119527 2840 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Tsku-201ENSMUST00000094161 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Grk6-203ENSMUST00000224118 1997 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Zfp142-203ENSMUST00000113737 7473 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Rhpn1-202ENSMUST00000121137 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gtdc1-202ENSMUST00000100127 2422 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Ppp4r3b-202ENSMUST00000102856 2410 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Arfip1-203ENSMUST00000143514 1343 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Elp6-205ENSMUST00000199592 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 AC119177.1-201ENSMUST00000227647 1332 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Psmb10-201ENSMUST00000034369 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Trabd2b-201ENSMUST00000094894 6617 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gjb3-202ENSMUST00000106091 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Cuedc2-202ENSMUST00000167861 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 N4bp3-201ENSMUST00000001080 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Atp2b3-202ENSMUST00000088429 4483 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Rbmx-203ENSMUST00000114730 2019 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm12892-201ENSMUST00000117367 1146 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Trib1-202ENSMUST00000118228 3081 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Nkain3-202ENSMUST00000119374 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Dpp6-204ENSMUST00000122171 4720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Zfp715-201ENSMUST00000012796 907 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Arhgap27os1-201ENSMUST00000130556 923 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Rbpjl-201ENSMUST00000017151 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Polr3d-202ENSMUST00000180358 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Arfgap1-213ENSMUST00000184394 1209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Pcyox1-201ENSMUST00000032065 4295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 C1qtnf2-201ENSMUST00000057679 1211 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Dmp1-201ENSMUST00000066708 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Kcnk6-201ENSMUST00000085818 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Llgl2-212ENSMUST00000177736 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Tlr9-201ENSMUST00000062241 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Dnmt3a-201ENSMUST00000020991 9685 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm15082-201ENSMUST00000147045 1960 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm27198-201ENSMUST00000184172 1517 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Lmna-202ENSMUST00000036252 1536 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm13332-201ENSMUST00000120451 1398 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Etnk2-201ENSMUST00000129213 2074 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Cacna1g-206ENSMUST00000107788 8050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Cacna1g-211ENSMUST00000107793 8071 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm16582-201ENSMUST00000159627 1930 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Zbtb5-202ENSMUST00000107817 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Arhgef25-202ENSMUST00000167353 2189 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Stk33-203ENSMUST00000121378 1304 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 4933434E20Rik-204ENSMUST00000159064 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 A230087F16Rik-202ENSMUST00000181561 1303 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Ssu2-201ENSMUST00000060847 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Ncan-201ENSMUST00000002412 7195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Pou2f2-209ENSMUST00000175774 7047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 E2f3-201ENSMUST00000102948 5097 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Mllt10-203ENSMUST00000114671 5063 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 B230217C12Rik-203ENSMUST00000164364 1859 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Rfx1-204ENSMUST00000211046 3677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Pogk-204ENSMUST00000135673 2433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Rnf40-202ENSMUST00000205694 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Atp2b3-201ENSMUST00000033744 3894 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Lipe-208ENSMUST00000206861 3171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 AC164702.1-201ENSMUST00000220135 2212 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm13365-201ENSMUST00000121188 973 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm15758-201ENSMUST00000161681 695 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm44335-201ENSMUST00000196879 141 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm44297-201ENSMUST00000198304 141 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm44346-201ENSMUST00000198851 141 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm5186-201ENSMUST00000218781 920 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Gm5628-201ENSMUST00000222318 1049 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 AC131187.1-201ENSMUST00000224567 809 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Mrpl20-201ENSMUST00000030942 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Lce1f-201ENSMUST00000047153 728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Ccdc172-201ENSMUST00000069419 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Pcna-ps2-201ENSMUST00000088040 1257 ntAPPRIS P1 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Armc8-201ENSMUST00000035043 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Palm3-201ENSMUST00000055077 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Mob3c-201ENSMUST00000030477 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Adgrb2-206ENSMUST00000106018 4470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Rnf10-201ENSMUST00000040555 3106 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Ncor2-205ENSMUST00000111398 8808 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Lrr1-201ENSMUST00000110621 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Trmu-201ENSMUST00000023019 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Scyl3-207ENSMUST00000170359 4288 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Cxcr5-204ENSMUST00000215293 2846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Acp5-201ENSMUST00000069330 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Cbx6-202ENSMUST00000109625 3056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Esr1-204ENSMUST00000105590 6339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Lire1P11260 Alpl-201ENSMUST00000030551 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40.3 ms