Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Dnajb5-204ENSMUST00000107973 2300 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gapdh-203ENSMUST00000118875 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 E130218I03Rik-203ENSMUST00000125921 666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 E130218I03Rik-206ENSMUST00000135228 544 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 E130218I03Rik-207ENSMUST00000143448 591 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Mkln1os-202ENSMUST00000144232 964 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gm15677-201ENSMUST00000152302 766 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Sssca1-203ENSMUST00000159693 705 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gm16160-201ENSMUST00000160105 781 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Rhobtb1-210ENSMUST00000167384 2331 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Rpl26-206ENSMUST00000167436 606 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gm18733-201ENSMUST00000173950 856 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gm26513-201ENSMUST00000181802 2489 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gm20324-201ENSMUST00000186291 1118 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Trim68-205ENSMUST00000210855 2301 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 AC102291.3-201ENSMUST00000226566 405 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Tcp11l1-201ENSMUST00000028597 3512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Lce3c-201ENSMUST00000055375 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gm9925-201ENSMUST00000066583 483 ntAPPRIS P1 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Zfp566-201ENSMUST00000088785 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Rinl-206ENSMUST00000209035 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Pip5k1c-201ENSMUST00000045469 4323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Rpa2-201ENSMUST00000102561 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Msh2-201ENSMUST00000024967 3283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Dmkn-205ENSMUST00000165887 2063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Olfr56-201ENSMUST00000056759 1925 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Prkg1-206ENSMUST00000182685 1628 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Klf4-201ENSMUST00000107619 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Ate1-202ENSMUST00000035458 4685 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Blzf1-203ENSMUST00000120447 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Igsf9b-202ENSMUST00000133213 4239 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Vangl1-201ENSMUST00000029453 6531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Rnf10-203ENSMUST00000112097 3476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Pcp2-202ENSMUST00000128566 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Rufy3-203ENSMUST00000196894 3703 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Zfp707-201ENSMUST00000109966 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gm19863-201ENSMUST00000192480 2218 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Ifna12-201ENSMUST00000102806 797 ntAPPRIS P1 BASIC13.42□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Cpt2-203ENSMUST00000106720 1015 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Get4-202ENSMUST00000110878 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Timm23-201ENSMUST00000013845 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Retsat-204ENSMUST00000176168 1203 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Mrpl34-201ENSMUST00000048914 607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Mdk-202ENSMUST00000069423 773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Rpl28-202ENSMUST00000078432 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Stk16-201ENSMUST00000027401 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Zfp467-205ENSMUST00000114560 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Dnmt3a-205ENSMUST00000172689 2328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Mlxip-201ENSMUST00000068237 7303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Avpr1a-201ENSMUST00000020323 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Zbtb39-201ENSMUST00000054287 5960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Exoc6b-203ENSMUST00000160197 5439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Keap1-202ENSMUST00000164812 3614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
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Use1Q9CQ56 Foxi2-201ENSMUST00000060356 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Slc38a10-204ENSMUST00000103018 4578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Arid3a-201ENSMUST00000019708 5361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Arhgap8-205ENSMUST00000168811 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Lrrc14-210ENSMUST00000155735 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Pnliprp2-201ENSMUST00000026081 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Elk4-201ENSMUST00000027696 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gpr45-203ENSMUST00000179766 3776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Lrp8os2-204ENSMUST00000188737 3078 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Tmem86b-202ENSMUST00000205360 1344 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Tmc8-201ENSMUST00000050874 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Slc25a37-201ENSMUST00000037064 4174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 AC166491.1-201ENSMUST00000227053 2308 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Mbp-205ENSMUST00000091789 4797 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Slc5a6-202ENSMUST00000114668 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Cdcp2-202ENSMUST00000221740 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Tle3-204ENSMUST00000159386 4527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Celf4-207ENSMUST00000225477 2626 ntAPPRIS P3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Bad-203ENSMUST00000113426 740 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gm17613-201ENSMUST00000138893 669 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Gm13830-202ENSMUST00000144202 381 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Ccl27a-217ENSMUST00000155240 343 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 Lmbrd1-202ENSMUST00000186096 688 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
Use1Q9CQ56 AC154572.2-201ENSMUST00000225105 997 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.2 ms