Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Wdr31-203ENSMUST00000120095 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 B230359F08Rik-201ENSMUST00000103671 426 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Cmss1-201ENSMUST00000114371 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Vamp2-202ENSMUST00000117780 1113 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 1700055C04Rik-201ENSMUST00000176450 355 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm29542-201ENSMUST00000186876 704 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Inpp4a-213ENSMUST00000193774 1243 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Agrp-202ENSMUST00000194091 734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gtpbp10-211ENSMUST00000198799 648 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm45195-201ENSMUST00000205597 1008 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 AC151828.1-201ENSMUST00000219552 661 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Tlcd2-201ENSMUST00000043598 1153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Olfr750-201ENSMUST00000048478 1132 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Prtn3-201ENSMUST00000006679 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Chmp1a-201ENSMUST00000000759 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Miga1-202ENSMUST00000073089 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Fam234a-201ENSMUST00000114988 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Tyw1-203ENSMUST00000100662 1867 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Rreb1-202ENSMUST00000110237 4617 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Slc16a9-201ENSMUST00000046807 3756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 S100b-201ENSMUST00000036387 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Tmem9b-202ENSMUST00000118571 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 6030408B16Rik-202ENSMUST00000191426 1947 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Hoxd3-203ENSMUST00000111983 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Zfp839-201ENSMUST00000170060 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Zscan22-204ENSMUST00000120809 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Elovl1-201ENSMUST00000006557 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Rassf5-203ENSMUST00000112442 3388 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 AC162938.1-201ENSMUST00000213140 2323 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Kitl-202ENSMUST00000105283 5648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Prickle1-201ENSMUST00000048982 4085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gtf2h4-207ENSMUST00000160734 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Cfl1-202ENSMUST00000209469 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Sirpa-202ENSMUST00000099113 3342 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ctnnbip1-202ENSMUST00000105692 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm15460-201ENSMUST00000118147 391 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Rgs20-203ENSMUST00000119256 883 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm12446-202ENSMUST00000152069 713 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm9522-201ENSMUST00000182394 926 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 H2-Pa-201ENSMUST00000182803 626 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ilkap-208ENSMUST00000187306 377 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gm36979-201ENSMUST00000193616 539 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ufsp1-201ENSMUST00000052825 1037 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Kcnc2-201ENSMUST00000092175 5046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ambra1-205ENSMUST00000111317 4929 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Pik3c2b-201ENSMUST00000077730 7928 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Dusp13-202ENSMUST00000119866 1342 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 4930423C22Rik-201ENSMUST00000193863 1311 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Cc2d1b-201ENSMUST00000030320 3303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gpr146-201ENSMUST00000051293 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ubqln1-201ENSMUST00000058735 3686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Fndc7-201ENSMUST00000053065 3009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 F11r-201ENSMUST00000043839 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Usp33-202ENSMUST00000117492 3886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ccdc160-201ENSMUST00000101588 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Gpank1-202ENSMUST00000165306 1518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Dlgap1-211ENSMUST00000148486 5276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Pcyt1a-202ENSMUST00000104893 4951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.22
Traf1P39428 Ccdc171-204ENSMUST00000126429 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Evx1os-201ENSMUST00000125305 2916 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Gatad2a-203ENSMUST00000177851 5007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Slc6a8-203ENSMUST00000114465 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Eif2a-201ENSMUST00000029387 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Gnpat-201ENSMUST00000034466 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Mcrs1-202ENSMUST00000163506 1795 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Reep1-201ENSMUST00000121469 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Scara5-202ENSMUST00000069226 3262 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Gm12859-201ENSMUST00000117834 427 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 C530008M17Rik-205ENSMUST00000121851 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Tmem109-207ENSMUST00000147699 1096 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Gm12352-201ENSMUST00000154452 760 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Gm28942-201ENSMUST00000186334 365 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 AC153872.1-201ENSMUST00000199539 128 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Gm29682-201ENSMUST00000210896 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Lyzl6-201ENSMUST00000021328 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Tmem253-203ENSMUST00000227295 704 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 AC154806.6-201ENSMUST00000228192 202 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Mt1-201ENSMUST00000034215 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Cav3-201ENSMUST00000075477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Gm10322-201ENSMUST00000095646 336 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Hnf4a-202ENSMUST00000109411 4362 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Prss44-201ENSMUST00000098345 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Kcnh1-202ENSMUST00000110844 7161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Tinf2-205ENSMUST00000227842 2001 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Pth2r-201ENSMUST00000027083 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Syndig1-201ENSMUST00000109934 2081 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Mib1-201ENSMUST00000052838 10231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Nfix-203ENSMUST00000109762 2261 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 E2f3-203ENSMUST00000221536 4597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 E2f3-204ENSMUST00000222730 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Elac1-201ENSMUST00000041138 4971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Moxd1-201ENSMUST00000095784 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Map4k5-202ENSMUST00000110567 4250 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Cant1-202ENSMUST00000092378 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Prdm4-207ENSMUST00000220032 3962 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Wdr46-201ENSMUST00000025170 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Ilf2-201ENSMUST00000001042 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Tmem184a-201ENSMUST00000044002 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Ube2d-ps-205ENSMUST00000142942 1840 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Traf1P39428 Cct4-204ENSMUST00000173867 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.3 ms