Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Gm43125-201ENSMUST00000201724 730 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Gnmt-201ENSMUST00000002846 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Cnot7-201ENSMUST00000034012 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Fam122b-203ENSMUST00000114841 3074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Raver1-202ENSMUST00000217282 4234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Jaml-204ENSMUST00000215880 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Gins3-201ENSMUST00000034094 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Foxo4-201ENSMUST00000062000 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Mfsd6-201ENSMUST00000087701 3493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Camsap1-201ENSMUST00000091268 7978 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Otop2-201ENSMUST00000055490 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Cacng2-201ENSMUST00000019290 5510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Myo1c-201ENSMUST00000069057 4547 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Oscar-202ENSMUST00000108645 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Oscar-201ENSMUST00000039507 1823 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Catip-201ENSMUST00000097697 2101 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Sema5b-202ENSMUST00000120756 4646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Retreg3-201ENSMUST00000017946 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Sirpa-202ENSMUST00000099113 3342 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Rbbp7-201ENSMUST00000033720 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Mast2-201ENSMUST00000003908 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Fis1-203ENSMUST00000111097 601 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Prss45-202ENSMUST00000146794 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Tsen15-205ENSMUST00000162371 431 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Fis1-201ENSMUST00000019198 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Gm44335-201ENSMUST00000196879 141 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Gm44297-201ENSMUST00000198304 141 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Gm44346-201ENSMUST00000198851 141 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Nmur1-202ENSMUST00000212058 1287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Cyba-202ENSMUST00000212600 638 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 AC131690.1-201ENSMUST00000218406 374 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Stip1-201ENSMUST00000025918 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Lce1g-201ENSMUST00000029527 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Dlg5-202ENSMUST00000073687 7784 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trim58Q5NCC9 Ablim1-209ENSMUST00000111546 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Osm-201ENSMUST00000075221 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Prn-201ENSMUST00000124100 2132 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Lime1-201ENSMUST00000048077 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Ror2-201ENSMUST00000021918 3985 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Sh3bp5-202ENSMUST00000100730 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Rbbp5-206ENSMUST00000190825 2456 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Odf2-203ENSMUST00000113755 2305 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Gm10010-201ENSMUST00000071101 2346 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Rnf34-201ENSMUST00000031434 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Igsf8-204ENSMUST00000139528 2866 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Psmc5-201ENSMUST00000021049 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Gm26576-201ENSMUST00000181018 1977 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Gm9824-201ENSMUST00000178707 561 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Hist1h3h-201ENSMUST00000188775 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Hist1h3i-201ENSMUST00000189457 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Gm29456-201ENSMUST00000189894 768 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Gm29541-201ENSMUST00000191351 678 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 AC149588.3-201ENSMUST00000227515 150 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Myo1c-204ENSMUST00000108431 4718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Glmn-202ENSMUST00000082121 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Asb16-201ENSMUST00000036467 2843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Gm34016-201ENSMUST00000222678 1384 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Tchh-201ENSMUST00000064257 5823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Atp2a3-207ENSMUST00000163326 4606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Tgif2-202ENSMUST00000081335 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 2810474O19Rik-202ENSMUST00000100765 5356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Gm28496-202ENSMUST00000137742 2752 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Syvn1-201ENSMUST00000025723 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Slc25a21-201ENSMUST00000044634 2609 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Parg-202ENSMUST00000163350 3374 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Kcnq2-207ENSMUST00000103050 2713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Adamts7-201ENSMUST00000113059 5379 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 AC166491.1-201ENSMUST00000227053 2308 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Slc41a3-201ENSMUST00000032177 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Slc8a3-203ENSMUST00000182208 3433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Nop53-201ENSMUST00000044158 3176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Plxdc1-203ENSMUST00000107565 2439 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 4632428C04Rik-201ENSMUST00000181485 2430 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Il15-201ENSMUST00000034148 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Tubg2-201ENSMUST00000043654 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Tcf25-208ENSMUST00000212571 2649 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Rad17-202ENSMUST00000177848 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Hist1h4d-201ENSMUST00000102968 1138 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Ern1-202ENSMUST00000106799 660 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Gm5678-201ENSMUST00000120115 939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Ms4a6d-202ENSMUST00000125291 679 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Evx1-202ENSMUST00000129243 1034 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Gm15701-201ENSMUST00000129559 573 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Gm20481-201ENSMUST00000173680 564 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Pbx2-205ENSMUST00000183827 1186 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Nabp1-202ENSMUST00000185534 708 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 AA619741-201ENSMUST00000195095 646 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Gm43474-201ENSMUST00000196415 774 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Rps10-201ENSMUST00000025052 519 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Mrpl27-201ENSMUST00000025278 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 H2bfm-201ENSMUST00000059808 1052 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Hist1h3f-201ENSMUST00000075558 1261 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Pcdha11-202ENSMUST00000115657 5360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Cd3eap-201ENSMUST00000047036 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Acox3-204ENSMUST00000114238 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Fstl4-201ENSMUST00000036796 4380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Msh2-201ENSMUST00000024967 3283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Anks1b-204ENSMUST00000179337 2692 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Serpina11-202ENSMUST00000120251 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trim58Q5NCC9 Fbxo34-203ENSMUST00000163324 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 53.7 ms