Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.65■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC36.64■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem150b-201ENSMUST00000086363 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 AC153524.1-201ENSMUST00000220436 1935 ntBASIC36.64■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Msc-201ENSMUST00000027062 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 1700016H13Rik-204ENSMUST00000120688 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.62■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Pgls-205ENSMUST00000143441 1062 ntTSL 3 BASIC36.62■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Nt5m-201ENSMUST00000102695 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5602-201ENSMUST00000146366 1763 ntTSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 AC117245.4-201ENSMUST00000217388 1646 ntBASIC36.61■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Pth2-201ENSMUST00000042754 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Fastk-202ENSMUST00000115041 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.61■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC36.61■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35b2-205ENSMUST00000224905 1906 ntAPPRIS P1 BASIC36.6■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC36.59■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Jund-201ENSMUST00000095267 1668 ntAPPRIS P1 BASIC36.58■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc84-212ENSMUST00000217351 888 ntTSL 3 BASIC36.58■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Mt2-201ENSMUST00000034214 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn2d-203ENSMUST00000215619 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Rps24-207ENSMUST00000224568 714 ntBASIC36.57■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.57■■■■□ 3.45
Ccdc88bQ4QRL3 Mtx1-202ENSMUST00000118964 1445 ntTSL 5 BASIC36.57■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45102-201ENSMUST00000207427 857 ntBASIC36.56■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Fam241b-203ENSMUST00000124615 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC36.56■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Mbd3-201ENSMUST00000092295 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9959-201ENSMUST00000068277 390 ntBASIC36.56■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC36.55■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Nsd1-206ENSMUST00000224918 1001 ntBASIC36.55■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm35161-201ENSMUST00000221765 941 ntTSL 5 BASIC36.54■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Btbd6-204ENSMUST00000221104 2085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Barx1-201ENSMUST00000021813 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.53■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 1700016K19Rik-201ENSMUST00000066408 921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Oaz2-201ENSMUST00000046490 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.52■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9833-201ENSMUST00000061419 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11614-201ENSMUST00000137598 736 ntTSL 5 BASIC36.52■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC36.52■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Txnrd2-201ENSMUST00000115604 1235 ntTSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
Ccdc88bQ4QRL3 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Cars2-201ENSMUST00000049461 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Zfand2b-204ENSMUST00000160439 1206 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.5■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Fkbp1b-201ENSMUST00000020964 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Scand1-201ENSMUST00000079125 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Nkx2-5-201ENSMUST00000015723 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Papola-211ENSMUST00000166735 1033 ntTSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.47■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Rbfa-201ENSMUST00000025462 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Pawr-201ENSMUST00000095313 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Rps19-202ENSMUST00000108429 633 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.46■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Syce3-201ENSMUST00000109314 448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gemin7-203ENSMUST00000119912 653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.46■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Spata2-202ENSMUST00000109211 1531 ntTSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Tcea2-201ENSMUST00000103042 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Jtb-201ENSMUST00000029546 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
Ccdc88bQ4QRL3 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC36.44■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Plpp1-201ENSMUST00000016144 1598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10232-201ENSMUST00000089221 720 ntBASIC36.43■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Rabac1-201ENSMUST00000076961 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 4933408J17Rik-201ENSMUST00000181835 1859 ntTSL 2 BASIC36.42■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gtf2h2-202ENSMUST00000066984 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Otud3-201ENSMUST00000097830 1668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.42■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Pex7-203ENSMUST00000166511 1047 ntTSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnip2-201ENSMUST00000026247 1203 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.4■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Serp2-201ENSMUST00000064517 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC36.39■■■■□ 3.42
Ccdc88bQ4QRL3 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tusc3-201ENSMUST00000167992 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf166-201ENSMUST00000014614 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5j-202ENSMUST00000114191 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.37■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Klhdc2-201ENSMUST00000021362 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.4 ms