Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Aqp3-201ENSMUST00000055327 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Chfr-207ENSMUST00000198633 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Ywhag-205ENSMUST00000198270 1610 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Syngr2-202ENSMUST00000120928 1402 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 R3hcc1-206ENSMUST00000216152 1467 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Mir692-1-201ENSMUST00000102263 109 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8652-201ENSMUST00000181363 964 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 C430014B12Rik-201ENSMUST00000181720 1001 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27772-201ENSMUST00000184900 187 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6983-201ENSMUST00000214912 628 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 AC159474.1-201ENSMUST00000218454 374 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Txn1-201ENSMUST00000030051 1051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr160-203ENSMUST00000108259 1916 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Mcrs1-201ENSMUST00000041190 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Cd72-202ENSMUST00000098104 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Srsf11-204ENSMUST00000121326 3106 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9742-201ENSMUST00000165220 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5f1-201ENSMUST00000118209 1604 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14455-201ENSMUST00000138288 2146 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Tagap1-201ENSMUST00000063683 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 B4galnt1-201ENSMUST00000006914 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gpc5-201ENSMUST00000022707 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Dhdds-204ENSMUST00000105887 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Hjurp-206ENSMUST00000147393 2030 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Asprv1-201ENSMUST00000043400 1547 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Ypel3-202ENSMUST00000106356 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12928-201ENSMUST00000117115 573 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Map2k3os-201ENSMUST00000123544 1291 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 St6galnac6-209ENSMUST00000131229 1013 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Tbx3os1-203ENSMUST00000140101 490 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10863-205ENSMUST00000148028 905 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm24196-201ENSMUST00000179161 110 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Degs2-201ENSMUST00000021691 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Lyzl4-201ENSMUST00000077706 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Map2k6-201ENSMUST00000020949 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem38b-201ENSMUST00000030127 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9946-202ENSMUST00000162741 1580 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Nphp3-201ENSMUST00000035167 5899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Asb2-201ENSMUST00000021617 2690 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Decr2-201ENSMUST00000040907 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan32-206ENSMUST00000105925 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp36-202ENSMUST00000209061 2465 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Trip10-201ENSMUST00000019631 2224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 As3mt-201ENSMUST00000003655 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gnas-210ENSMUST00000109095 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Dlg4-204ENSMUST00000108589 3271 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Pdzd4-202ENSMUST00000114438 3625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs3-204ENSMUST00000107420 2752 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Lims2-201ENSMUST00000025254 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13070-201ENSMUST00000146532 768 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42303-201ENSMUST00000209960 1170 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Lrp8-201ENSMUST00000030356 4555 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2j1-202ENSMUST00000124992 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Tada3-201ENSMUST00000032410 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Itpripl1-203ENSMUST00000154021 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Syt8-204ENSMUST00000118276 1503 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Disc1-207ENSMUST00000121953 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Pef1-202ENSMUST00000118199 1915 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Ikzf1-203ENSMUST00000065433 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Fen1-204ENSMUST00000156291 2373 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem181b-ps-203ENSMUST00000188746 1626 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Slk-202ENSMUST00000051691 4239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Aurkaip1-202ENSMUST00000105591 773 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4984-201ENSMUST00000115987 360 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13226-201ENSMUST00000117838 404 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3809-201ENSMUST00000180973 1006 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2a-205ENSMUST00000201068 1298 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 AC114008.2-201ENSMUST00000227699 1347 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs20-201ENSMUST00000002533 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem55a-201ENSMUST00000029875 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Nptx1-201ENSMUST00000026670 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Rasl12-202ENSMUST00000165682 1903 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Fyn-202ENSMUST00000099967 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Smc6-201ENSMUST00000020931 5603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Map3k6-201ENSMUST00000030677 4334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Cxadr-202ENSMUST00000114229 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Car3-201ENSMUST00000029076 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Nrxn1-204ENSMUST00000159778 3414 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 H13-202ENSMUST00000089059 1743 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Wbp2-201ENSMUST00000074628 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Nfu1-203ENSMUST00000120240 1195 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16342-201ENSMUST00000124025 1025 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42420-201ENSMUST00000126621 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11684-201ENSMUST00000144975 757 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2445-201ENSMUST00000182798 989 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm648-201ENSMUST00000081133 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf157-202ENSMUST00000106398 4553 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 4933430H06Rik-201ENSMUST00000200924 1343 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Brix1-201ENSMUST00000022855 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45504-201ENSMUST00000211407 2107 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Aggf1-201ENSMUST00000022189 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a54-201ENSMUST00000029478 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Plekha4-201ENSMUST00000051810 2660 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Edn3-201ENSMUST00000029030 3117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Brsk2-204ENSMUST00000105989 2149 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Pou2f2-201ENSMUST00000098679 2340 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Usp1-201ENSMUST00000030289 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp277-202ENSMUST00000069692 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb32-201ENSMUST00000108150 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 51.4 ms