Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Mllt11-201ENSMUST00000065482 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Otub2-201ENSMUST00000021620 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ikzf4-201ENSMUST00000133342 5150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Sarm1-201ENSMUST00000061174 4083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Pisd-202ENSMUST00000071829 1986 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Atp2a3-203ENSMUST00000108485 4520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Atp2a3-204ENSMUST00000108486 4540 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Trav13-3-201ENSMUST00000117226 336 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Snhg4-201ENSMUST00000181664 1190 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 1700001G17Rik-201ENSMUST00000191779 889 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Fkbp3-201ENSMUST00000021332 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 AC093926.2-201ENSMUST00000214468 1228 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Gm26709-203ENSMUST00000223260 715 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Cmtm7-201ENSMUST00000035009 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Psmd4-201ENSMUST00000071664 1276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Hacd1-201ENSMUST00000074854 926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ptger3-201ENSMUST00000041175 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ap4e1-203ENSMUST00000110394 2271 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Pqlc2-205ENSMUST00000172747 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Dusp23-201ENSMUST00000027826 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ghrhr-201ENSMUST00000063578 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Gm16090-201ENSMUST00000130296 1704 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Kcp-201ENSMUST00000078112 4775 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Per1-203ENSMUST00000102605 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ccdc8-201ENSMUST00000094805 4809 ntAPPRIS P1 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Kcnc2-201ENSMUST00000092175 5046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Eno1b-201ENSMUST00000076155 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Taf7l-201ENSMUST00000009740 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Bag6-203ENSMUST00000172571 3599 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Spg7-202ENSMUST00000125975 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Arid5a-201ENSMUST00000097778 2270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 1810032O08Rik-201ENSMUST00000106378 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Il11ra1-203ENSMUST00000108041 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ces2e-202ENSMUST00000109410 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Gm13305-201ENSMUST00000098121 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Syt10-201ENSMUST00000029441 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Mecp2-203ENSMUST00000123362 1675 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Acbd5-208ENSMUST00000226571 3802 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ppt2-209ENSMUST00000171121 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Galnt4-201ENSMUST00000161240 5089 ntAPPRIS P1 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Osbpl1a-201ENSMUST00000074352 3956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Gm22885-201ENSMUST00000157410 107 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Gm20472-201ENSMUST00000174403 1240 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Cebpzos-201ENSMUST00000063817 753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Coq10b-202ENSMUST00000087617 834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Thap2-202ENSMUST00000218842 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ccne2-202ENSMUST00000108324 2908 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Gm15477-201ENSMUST00000140578 2130 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Tmem200a-201ENSMUST00000066049 4115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Cd82-202ENSMUST00000099696 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Pbrm1-203ENSMUST00000052239 5065 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Colgalt1-201ENSMUST00000047903 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Slc39a13-202ENSMUST00000079976 1884 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Tmem8b-202ENSMUST00000107865 4775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Rwdd4a-201ENSMUST00000033973 2921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Neu2-203ENSMUST00000164128 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Yipf6-201ENSMUST00000054697 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Fgf9-201ENSMUST00000022545 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Cxcr5-204ENSMUST00000215293 2846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Il20ra-201ENSMUST00000020185 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ntrk2-204ENSMUST00000224259 3049 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 AI661453-201ENSMUST00000037701 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Klhl8-203ENSMUST00000112815 2898 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Mief1-201ENSMUST00000023048 5081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Tnfrsf21-201ENSMUST00000024708 3626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Pdxdc1-203ENSMUST00000115803 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Gm15358-201ENSMUST00000119249 520 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 2210408F21Rik-204ENSMUST00000136571 478 ntTSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Gm15063-201ENSMUST00000152648 895 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ccl27a-219ENSMUST00000173865 657 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 4930505N22Rik-201ENSMUST00000181820 945 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Gm19610-201ENSMUST00000202894 408 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Imp3-201ENSMUST00000034827 924 ntAPPRIS P1 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 H2afz-201ENSMUST00000041045 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ppcdc-209ENSMUST00000214624 1814 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Rbmx-203ENSMUST00000114730 2019 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Fam13b-201ENSMUST00000040506 3343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Krt14-201ENSMUST00000007272 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Prrt3-203ENSMUST00000204268 3741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Nfic-202ENSMUST00000078185 3163 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 AC117194.1-201ENSMUST00000224847 3002 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Tbx3os2-201ENSMUST00000135385 1345 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 5031415H12Rik-201ENSMUST00000181546 2481 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Cul5-209ENSMUST00000166367 5942 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Psph-201ENSMUST00000031399 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Elk3-201ENSMUST00000008542 4212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Hnrnpa1-201ENSMUST00000036004 1918 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Rhot1-204ENSMUST00000092857 3687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Rusc1-201ENSMUST00000052539 3316 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Dnase2a-202ENSMUST00000109744 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Dph3-202ENSMUST00000067955 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Nkain3-202ENSMUST00000119374 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ispd-205ENSMUST00000221895 4022 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 5830432E09Rik-203ENSMUST00000210953 2428 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Mllt10-203ENSMUST00000114671 5063 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Calb2-201ENSMUST00000003754 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Wls-205ENSMUST00000198878 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Mecom-206ENSMUST00000172694 4381 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Gnpda2-201ENSMUST00000031117 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 64.2 ms