Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl18-208ENSMUST00000211061 552 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Anapc2-201ENSMUST00000028341 3004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Hmgxb3-201ENSMUST00000091884 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13859-201ENSMUST00000119936 1423 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd13-201ENSMUST00000026560 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Adcyap1r1-208ENSMUST00000172084 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Alkbh5-201ENSMUST00000044250 5730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 4930513N10Rik-203ENSMUST00000145562 2803 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Camta1-204ENSMUST00000105670 4961 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Ssfa2-203ENSMUST00000111788 4976 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Nat3-201ENSMUST00000070514 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Bicc1-201ENSMUST00000014473 3231 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Cds1-201ENSMUST00000031273 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Med28-203ENSMUST00000119579 636 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Saa2-203ENSMUST00000210769 652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gps2-201ENSMUST00000057884 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Fxyd1-202ENSMUST00000071697 522 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Saa2-201ENSMUST00000075982 606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Snx11-201ENSMUST00000021246 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43598-201ENSMUST00000202482 2479 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Tlk1-201ENSMUST00000038584 4280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc88bQ4QRL3 Erlec1-201ENSMUST00000073192 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38102-201ENSMUST00000192791 1935 ntBASIC23.02■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Naa50-204ENSMUST00000161326 4487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Med22-202ENSMUST00000102899 3506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Coch-202ENSMUST00000164782 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 AC131068.2-201ENSMUST00000226175 1453 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Repin1-207ENSMUST00000163452 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp109-203ENSMUST00000206960 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4793-201ENSMUST00000067468 2616 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12485-201ENSMUST00000119641 291 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11592-201ENSMUST00000133160 637 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc24-209ENSMUST00000171052 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26830-201ENSMUST00000180389 993 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 1700094J05Rik-202ENSMUST00000190491 997 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29741-201ENSMUST00000192667 421 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Fam24a-203ENSMUST00000207784 600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Lce3a-201ENSMUST00000067318 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Taf7l-201ENSMUST00000009740 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Lsr-202ENSMUST00000098553 1930 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Poc1b-204ENSMUST00000159990 3449 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Zmynd15-202ENSMUST00000092958 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Il11-201ENSMUST00000094892 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Csnk1g2-202ENSMUST00000085435 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Trav13d-2-201ENSMUST00000103596 264 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Trav13n-2-201ENSMUST00000103622 264 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Prss45-201ENSMUST00000011391 1232 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Smim5-201ENSMUST00000131566 700 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Myl3-203ENSMUST00000136695 614 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Mir3102-201ENSMUST00000175555 104 ntBASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29152-201ENSMUST00000189284 325 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37047-201ENSMUST00000191992 533 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5276-201ENSMUST00000196683 1047 ntBASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Sox2ot-216ENSMUST00000200092 767 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnk9-201ENSMUST00000044624 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr142-201ENSMUST00000099752 918 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Apol7a-201ENSMUST00000010745 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Zkscan3-203ENSMUST00000116434 2600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Elmod1-201ENSMUST00000048409 2605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Homez-202ENSMUST00000142283 4713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Mpl-201ENSMUST00000006556 2083 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Apbb1-215ENSMUST00000190369 1882 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Ulk2-201ENSMUST00000004920 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14730-201ENSMUST00000122378 1045 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Pbx2-205ENSMUST00000183827 1186 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 4930432H08Rik-201ENSMUST00000198220 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44170-201ENSMUST00000203181 549 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7498-201ENSMUST00000203282 1084 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3654-202ENSMUST00000210597 472 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35d2-202ENSMUST00000220792 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 4930518P08Rik-201ENSMUST00000221281 1187 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr554-201ENSMUST00000098221 954 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Map4k5-201ENSMUST00000049239 4452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef2-223ENSMUST00000176804 3086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc27-202ENSMUST00000049584 2934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp395-201ENSMUST00000066994 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Kir3dl1-202ENSMUST00000113105 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Cdadc1-201ENSMUST00000022555 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhf1-201ENSMUST00000098513 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20546-201ENSMUST00000173141 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Ifnar2-202ENSMUST00000089042 2580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Smpd3-202ENSMUST00000212896 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc10-201ENSMUST00000073834 1428 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Krit1-211ENSMUST00000200386 2343 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Mir1247-201ENSMUST00000116706 82 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Spcs2-ps-201ENSMUST00000122326 682 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8584-201ENSMUST00000171982 758 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Fcrl1-204ENSMUST00000191666 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 4930502C17Rik-201ENSMUST00000200282 948 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7287-201ENSMUST00000205267 602 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 AC125117.1-201ENSMUST00000228121 468 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5d-201ENSMUST00000003156 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Syt10-201ENSMUST00000029441 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Pnkd-201ENSMUST00000027370 2937 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Nsun7-203ENSMUST00000201100 2775 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Ppt2-209ENSMUST00000171121 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10457-201ENSMUST00000222619 1906 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd14-206ENSMUST00000206658 2339 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc88bQ4QRL3 Phc2-201ENSMUST00000030588 3949 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 48.4 ms