Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Stt3b-201ENSMUST00000035010 4221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Dnajc6-204ENSMUST00000106930 5127 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Snx15-207ENSMUST00000154601 767 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Slc36a3os-201ENSMUST00000155883 520 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Pgap2-225ENSMUST00000156529 2034 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Mir5131-201ENSMUST00000175426 93 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Mir5126-201ENSMUST00000175513 77 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Gm26769-201ENSMUST00000180469 619 ntTSL 3 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Mir7036b-201ENSMUST00000184791 63 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Gm27628-201ENSMUST00000184911 107 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Spr-ps1-202ENSMUST00000186281 706 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Avpi1-201ENSMUST00000018965 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Gm29520-201ENSMUST00000191209 1067 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 AC084391.1-201ENSMUST00000200651 141 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 AC155714.1-201ENSMUST00000214033 956 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Zfyve21-206ENSMUST00000222843 705 ntTSL 3 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Mrps18a-201ENSMUST00000024763 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Fam76a-201ENSMUST00000030696 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Srpx-201ENSMUST00000044789 2477 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Bex3-201ENSMUST00000053540 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Bhlha9-201ENSMUST00000056184 1207 ntAPPRIS P1 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Ube2f-201ENSMUST00000059743 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 6030408B16Rik-201ENSMUST00000071328 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Bptf-202ENSMUST00000106762 11847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Pik3cd-214ENSMUST00000177654 4765 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Ulk1-211ENSMUST00000200299 3581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Diaph1-204ENSMUST00000115631 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Cchcr1-202ENSMUST00000164242 2656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Fbxl4-201ENSMUST00000039234 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Arl11-202ENSMUST00000224727 2095 ntAPPRIS P1 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Loxl2-202ENSMUST00000100420 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 AC164565.1-201ENSMUST00000217520 1484 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Esrrb-206ENSMUST00000167891 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 4921511I17Rik-201ENSMUST00000220545 1341 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Uba3-201ENSMUST00000089287 2257 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Kcnq2-202ENSMUST00000049792 2920 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Elovl1-201ENSMUST00000006557 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Gm11738-201ENSMUST00000134069 2158 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Tars2-204ENSMUST00000163530 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Pgbd5-201ENSMUST00000052580 2824 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Vdac3-201ENSMUST00000009036 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Ccno-201ENSMUST00000038404 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Asic3-201ENSMUST00000049346 1853 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Nfkbia-201ENSMUST00000021413 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Dnm1-205ENSMUST00000113365 3257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Aqp3-201ENSMUST00000055327 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Gm16026-204ENSMUST00000162652 683 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Rab10os-206ENSMUST00000179908 746 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Pde8a-201ENSMUST00000026672 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Chchd2-201ENSMUST00000094280 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Nop9-201ENSMUST00000019441 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Pcolce-201ENSMUST00000031731 1626 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Scyl3-201ENSMUST00000027876 4368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Fam19a2-201ENSMUST00000050756 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
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Use1Q9CQ56 Ahdc1-204ENSMUST00000105916 6602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Krit1-211ENSMUST00000200386 2343 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Sem1-201ENSMUST00000041111 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
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Use1Q9CQ56 Spg20-201ENSMUST00000044116 3770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 1700029J07Rik-201ENSMUST00000095323 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Use1Q9CQ56 Fam174a-202ENSMUST00000186780 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
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Use1Q9CQ56 Htatip2-201ENSMUST00000085272 1418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
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Use1Q9CQ56 Elovl6-205ENSMUST00000199910 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Nudt1-204ENSMUST00000110826 606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Josd2-202ENSMUST00000117324 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Mpc1-205ENSMUST00000142594 961 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 2310061I04Rik-204ENSMUST00000148721 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Olfr683-202ENSMUST00000209879 3841 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 1700037H04Rik-201ENSMUST00000028800 832 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Khk-201ENSMUST00000031053 1257 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Fgfr1op2-201ENSMUST00000037836 687 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Ndufv3-202ENSMUST00000064798 485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 G0s2-201ENSMUST00000009777 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Gm10819-201ENSMUST00000099988 561 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Rgs9bp-201ENSMUST00000069912 6590 ntAPPRIS P1 BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Arhgap33-203ENSMUST00000207858 4337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Prkcb-202ENSMUST00000064989 2911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Cfap99-201ENSMUST00000207754 2123 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Olfr322-204ENSMUST00000214392 4779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Gm5069-201ENSMUST00000050581 1328 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Cyp1b1-201ENSMUST00000024894 5128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Arhgap10-201ENSMUST00000076316 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Hdac10-202ENSMUST00000109347 1824 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Rbpms2-202ENSMUST00000169003 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Tmem237-201ENSMUST00000087475 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Cdk19-202ENSMUST00000095743 3973 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Use1Q9CQ56 Celf4-203ENSMUST00000223704 2492 ntAPPRIS ALT1 BASIC13.57□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.5 ms