Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 4930474N05Rik-203ENSMUST00000226305 2313 ntAPPRIS P1 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 H2afy2-201ENSMUST00000020283 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Vldlr-202ENSMUST00000047645 3260 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ypel3-202ENSMUST00000106356 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Mtif3-203ENSMUST00000110564 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Mtif3-204ENSMUST00000110566 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm4984-201ENSMUST00000115987 360 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Apoc3-203ENSMUST00000121916 709 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm11535-201ENSMUST00000145517 778 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Smyd3-207ENSMUST00000194237 1047 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm43755-201ENSMUST00000200001 408 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm30934-201ENSMUST00000215803 815 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm4129-201ENSMUST00000220083 625 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Smim11-201ENSMUST00000063641 517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Sra1-205ENSMUST00000173875 2360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Taf1a-201ENSMUST00000097043 1472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Irs2-201ENSMUST00000040514 6323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm13589-201ENSMUST00000146404 1675 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Tmem26-201ENSMUST00000080995 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Sipa1l1-202ENSMUST00000166429 8215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Zfp212-201ENSMUST00000009411 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ldhb-201ENSMUST00000032373 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ginm1-204ENSMUST00000124838 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ydjc-203ENSMUST00000115706 3097 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm13111-201ENSMUST00000136217 3542 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Capg-203ENSMUST00000114072 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm13034-201ENSMUST00000121342 3177 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Dnajc2-203ENSMUST00000115193 2416 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Senp6-202ENSMUST00000164859 3853 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Mpped1-201ENSMUST00000046168 3265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 E430024P14Rik-202ENSMUST00000160177 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Eps8l1-201ENSMUST00000086372 2522 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Tarsl2-201ENSMUST00000032728 3192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Dnajc5-202ENSMUST00000108796 934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Crybb3-203ENSMUST00000118226 892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Mrps17-202ENSMUST00000118420 843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm7820-201ENSMUST00000121012 1052 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Nudcd2-203ENSMUST00000127382 727 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Stk19-ps1-201ENSMUST00000174597 517 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm26600-201ENSMUST00000181637 1256 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm27892-201ENSMUST00000185017 106 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm12057-202ENSMUST00000189990 882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Hddc3-208ENSMUST00000206122 696 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Spata33-205ENSMUST00000212523 486 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Crybb3-201ENSMUST00000076069 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Furin-203ENSMUST00000122232 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Med25-210ENSMUST00000208253 3693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Traf3ip1-201ENSMUST00000047242 3474 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Htr7-205ENSMUST00000166074 3079 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Malt1-201ENSMUST00000049248 5073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 1110028F18Rik-201ENSMUST00000183365 1341 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Zic4-209ENSMUST00000173933 1764 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Rab17-204ENSMUST00000131428 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Mdga1-208ENSMUST00000171691 8339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Dmkn-202ENSMUST00000054427 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Tppp3-203ENSMUST00000177126 1396 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Hoxd12-201ENSMUST00000001878 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Klhl12-202ENSMUST00000112232 3220 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Csnk1g1-212ENSMUST00000206048 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Fam169b-201ENSMUST00000098378 2776 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ntng1-205ENSMUST00000106575 1620 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ntng1-202ENSMUST00000072596 1620 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Trim3-201ENSMUST00000057525 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Nabp1-201ENSMUST00000027279 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Scrt1-201ENSMUST00000096365 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Guca1b-201ENSMUST00000024774 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm11738-201ENSMUST00000134069 2158 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Atg9a-208ENSMUST00000189702 4110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Add1-203ENSMUST00000114335 4547 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm37728-201ENSMUST00000195025 2292 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ankzf1-201ENSMUST00000127625 1167 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 1700012C14Rik-201ENSMUST00000132023 498 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Surf2-201ENSMUST00000015017 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm27701-201ENSMUST00000184498 110 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm28198-201ENSMUST00000190938 471 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Agrp-202ENSMUST00000194091 734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ube2a-205ENSMUST00000201068 1298 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm44170-201ENSMUST00000203181 549 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Sar1b-201ENSMUST00000020653 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Micall2-201ENSMUST00000044642 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Tada3-201ENSMUST00000032410 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Apoa5-201ENSMUST00000034584 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gpr135-201ENSMUST00000050649 3150 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm45605-201ENSMUST00000210265 4269 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 A530083I20Rik-203ENSMUST00000214426 1855 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Phactr2-203ENSMUST00000105545 8556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Atxn7-202ENSMUST00000223714 2954 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Glis1-202ENSMUST00000106738 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ankrd27-202ENSMUST00000186245 1926 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Garem2-201ENSMUST00000058045 3865 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Fgf13-203ENSMUST00000119833 2237 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Nlrx1-203ENSMUST00000169651 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Tead2-203ENSMUST00000107801 3396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Clcn2-201ENSMUST00000007207 3128 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Shmt2-201ENSMUST00000026470 2289 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Cnmd-201ENSMUST00000022603 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Tcea1-202ENSMUST00000165720 2854 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Slc35e2-201ENSMUST00000043829 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Atp2c2-201ENSMUST00000095171 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Per3-201ENSMUST00000103204 5999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 74.6 ms