Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Tcf19-202ENSMUST00000160885 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Cblb-201ENSMUST00000114471 6648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Grm6-204ENSMUST00000171427 4330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ddc-210ENSMUST00000178704 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ush1c-202ENSMUST00000078680 2047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Dbn1-203ENSMUST00000109923 2940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Sybu-209ENSMUST00000228639 4113 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Krt20-201ENSMUST00000017743 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Vwa5b2-203ENSMUST00000100074 2512 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Efs-202ENSMUST00000227037 2540 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Brd7-201ENSMUST00000034085 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Chd1l-201ENSMUST00000029730 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Iqcm-201ENSMUST00000034033 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ccdc69-202ENSMUST00000108880 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Pex11g-202ENSMUST00000111081 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 4930527A07Rik-201ENSMUST00000130677 559 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Cd63-ps-201ENSMUST00000145417 875 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Pttg1ip-205ENSMUST00000162429 652 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 AC135669.1-201ENSMUST00000213585 412 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Klhl26-202ENSMUST00000166976 2734 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Tom1-202ENSMUST00000165630 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Acrbp-205ENSMUST00000112414 1498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Nkain2-203ENSMUST00000191234 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ebf3-208ENSMUST00000210774 2994 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Pum2-202ENSMUST00000111122 6311 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ephb1-201ENSMUST00000035129 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ptprt-202ENSMUST00000109442 7719 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Map4-201ENSMUST00000035055 6091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Dab2ip-202ENSMUST00000091010 6455 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Syp-201ENSMUST00000069520 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 5730559C18Rik-201ENSMUST00000120339 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ank3-223ENSMUST00000182557 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Psmd12-201ENSMUST00000021063 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Scrt1-201ENSMUST00000096365 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Srrm1-208ENSMUST00000136342 3152 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Golt1b-201ENSMUST00000032372 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Islr2-202ENSMUST00000163200 4123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Igsf21-201ENSMUST00000039331 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Islr2-203ENSMUST00000163897 4303 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Psmc3-202ENSMUST00000067663 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Sik1-201ENSMUST00000024839 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Pou2f3-rs1-201ENSMUST00000120271 1046 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm11424-201ENSMUST00000121929 829 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ift27-201ENSMUST00000016781 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm5108-201ENSMUST00000177891 543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 AA619741-201ENSMUST00000195095 646 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm26953-206ENSMUST00000212840 619 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 AC151828.1-201ENSMUST00000219552 661 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm9229-201ENSMUST00000222777 126 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Armc12-201ENSMUST00000025060 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Mir125a-201ENSMUST00000083545 68 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm10322-201ENSMUST00000095646 336 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Slc6a9-201ENSMUST00000030269 3479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Cdca5-201ENSMUST00000025704 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Spock1-203ENSMUST00000185905 2794 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Dip2b-202ENSMUST00000100203 8914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 1810014B01Rik-201ENSMUST00000181587 1661 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gpc6-201ENSMUST00000078849 1668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Asic1-201ENSMUST00000023758 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Lipo3-202ENSMUST00000112508 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Mfsd6l-201ENSMUST00000053211 2060 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 H1fnt-201ENSMUST00000060855 1326 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Atp2c2-201ENSMUST00000095171 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Zfp90-203ENSMUST00000212606 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Rxra-202ENSMUST00000100251 1952 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Nfyb-204ENSMUST00000130911 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Zbtb20-202ENSMUST00000114690 2759 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Pdzd4-201ENSMUST00000002080 3970 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ube2j1-202ENSMUST00000124992 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Adgrg5-205ENSMUST00000166802 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ube2o-201ENSMUST00000082152 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Fam167a-201ENSMUST00000121288 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Pygo2-201ENSMUST00000060061 3198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Shroom3-203ENSMUST00000113055 6765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Orai3-203ENSMUST00000121504 2141 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Plcb1-205ENSMUST00000131552 7202 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm11615-201ENSMUST00000156205 818 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm16091-201ENSMUST00000156664 963 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Mir124-2hg-206ENSMUST00000189754 525 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gm29667-201ENSMUST00000190817 490 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Gas2l3-207ENSMUST00000220128 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 AC156016.3-201ENSMUST00000228623 344 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Ccna2-201ENSMUST00000029270 2965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 Hist1h3f-201ENSMUST00000075558 1261 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Sf3b1Q99NB9 F2-201ENSMUST00000028681 1988 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Ptch1-201ENSMUST00000021921 7725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Usp31-201ENSMUST00000046929 10198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Kdm7a-201ENSMUST00000002305 9566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Arf3-201ENSMUST00000053183 3579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Zufsp-205ENSMUST00000218880 2005 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Zc3h13-203ENSMUST00000227049 6144 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Lurap1-201ENSMUST00000030469 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Nt5c3b-201ENSMUST00000092688 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Irs3-201ENSMUST00000057314 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Cacnb4-201ENSMUST00000078324 8225 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Cadm3-202ENSMUST00000111220 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Fam124a-201ENSMUST00000039064 3558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Sec14l1-201ENSMUST00000021177 2866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Cbfa2t3-202ENSMUST00000064674 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Sf3b1Q99NB9 Cpz-201ENSMUST00000038676 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 44.2 ms