Protein–RNA interactions for Protein: Q9D0R4

Ddx56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 546 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx56Q9D0R4 Agpat1-202ENSMUST00000114140 1941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Scube1-201ENSMUST00000016907 3991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Fbxo44-202ENSMUST00000105705 1034 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gm2810-201ENSMUST00000118681 990 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gm27494-201ENSMUST00000184735 189 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Tssc4-208ENSMUST00000208779 647 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Slbp-202ENSMUST00000075670 1027 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gtpbp10-201ENSMUST00000088842 941 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Lsmem1-201ENSMUST00000095760 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 G430095P16Rik-201ENSMUST00000098571 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Asb2-201ENSMUST00000021617 2690 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Mlkl-201ENSMUST00000056157 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Coil-202ENSMUST00000107898 3120 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Coq6-203ENSMUST00000110278 1354 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gm6756-201ENSMUST00000180647 1620 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Cfap99-201ENSMUST00000207754 2123 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Acot6-201ENSMUST00000056822 3388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Exoc3l-201ENSMUST00000057855 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Ccdc157-202ENSMUST00000101626 5153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Hyou1-201ENSMUST00000066601 4432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gm26852-201ENSMUST00000180691 5751 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Ly6h-207ENSMUST00000163116 2801 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Trim68-205ENSMUST00000210855 2301 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Map2k6-201ENSMUST00000020949 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Tomm6os-201ENSMUST00000155812 2944 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Pltp-201ENSMUST00000059954 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Cand2-201ENSMUST00000075995 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 4933435F18Rik-202ENSMUST00000154878 2174 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Lancl3-201ENSMUST00000069763 3991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Trank1-201ENSMUST00000078626 10520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Phtf2-201ENSMUST00000118174 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Cbarp-215ENSMUST00000170219 2941 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Atp13a3-202ENSMUST00000100013 7310 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Bbx-204ENSMUST00000114477 4516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gamt-202ENSMUST00000105363 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Dnajc8-205ENSMUST00000105939 746 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Dph3-205ENSMUST00000124303 809 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gm11201-201ENSMUST00000143473 701 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gm13431-203ENSMUST00000147012 388 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Vdac2-209ENSMUST00000173456 956 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Thap4-205ENSMUST00000189728 713 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gm29683-202ENSMUST00000208511 720 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 AC124549.3-201ENSMUST00000225541 367 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 1700021F07Rik-201ENSMUST00000029023 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Rit1-201ENSMUST00000029692 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Smim8-201ENSMUST00000029972 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Rnaseh2a-201ENSMUST00000065049 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Cers5-202ENSMUST00000109035 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Narfl-204ENSMUST00000134108 2062 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Fam19a4-201ENSMUST00000089295 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Selenon-201ENSMUST00000060435 3445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Mst1-201ENSMUST00000035211 2262 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Foxl1-201ENSMUST00000181609 2705 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Ddx56Q9D0R4 Rasl12-202ENSMUST00000165682 1903 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Rnf11-201ENSMUST00000030284 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Rspry1-207ENSMUST00000212729 2800 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Cul7-201ENSMUST00000043464 5530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Dym-201ENSMUST00000039608 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Erbb2-201ENSMUST00000058295 5012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Ddx56Q9D0R4 Atp2a3-207ENSMUST00000163326 4606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gpt2-201ENSMUST00000034136 3639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gtf2h1-201ENSMUST00000006774 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Pcsk6-202ENSMUST00000098391 4207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Parp3-203ENSMUST00000123555 2495 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Prkcd-207ENSMUST00000112210 2777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
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Ddx56Q9D0R4 2810408I11Rik-202ENSMUST00000150749 711 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Hps1-204ENSMUST00000160455 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
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Ddx56Q9D0R4 Slc12a5-208ENSMUST00000202479 1202 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Caly-201ENSMUST00000026541 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gm10275-201ENSMUST00000092620 635 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Cobll1-201ENSMUST00000090896 4867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Otud6b-201ENSMUST00000117268 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Slc4a1-201ENSMUST00000006749 4545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Syt12-201ENSMUST00000059295 3581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Col4a2-201ENSMUST00000033899 6450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Camta1-203ENSMUST00000105668 4962 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gm5478-201ENSMUST00000100184 2566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Btbd10-201ENSMUST00000047091 2581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Slc39a11-203ENSMUST00000106633 2688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Klhdc8b-207ENSMUST00000193286 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Shroom3-202ENSMUST00000113054 6401 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Fbxo8-202ENSMUST00000110322 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Osr2-201ENSMUST00000022952 1724 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Rsrp1-201ENSMUST00000078084 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Prss44-201ENSMUST00000098345 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Gm45630-201ENSMUST00000210243 1911 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Ptbp3-205ENSMUST00000148331 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Tex13b-201ENSMUST00000044179 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Slc2a6-201ENSMUST00000045702 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Dnajc7-201ENSMUST00000014339 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Slc43a1-201ENSMUST00000028469 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Cspg5-204ENSMUST00000197850 7868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Map2k7-211ENSMUST00000145165 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ddx56Q9D0R4 Celf4-203ENSMUST00000223704 2492 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.8 ms