Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

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Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Flt3-201ENSMUST00000049324 3657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Stk16-201ENSMUST00000027401 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Gm38575-203ENSMUST00000215824 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Sh3bp5-201ENSMUST00000091903 2684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Slc39a8-202ENSMUST00000081978 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Cdh11-201ENSMUST00000075190 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Sipa1-204ENSMUST00000169854 3583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Med14-202ENSMUST00000096495 6963 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Gm26847-201ENSMUST00000180407 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Slc7a7-209ENSMUST00000226753 2126 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Gnmt-201ENSMUST00000002846 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Pfn3-201ENSMUST00000054146 545 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 AC122901.1-201ENSMUST00000214203 1790 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Gpr45-203ENSMUST00000179766 3776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Klrg1-201ENSMUST00000032207 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Psmd12-201ENSMUST00000021063 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Pnkd-201ENSMUST00000027370 2937 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Crb2-201ENSMUST00000050372 6372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Enpp1-203ENSMUST00000135846 2721 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Ift52-201ENSMUST00000018002 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Usp4P35123 Ube2j2-203ENSMUST00000105581 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Ilkap-201ENSMUST00000027534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Mfn2-202ENSMUST00000105714 2427 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Dhrs3-206ENSMUST00000154208 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Gm11764-201ENSMUST00000120221 623 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Psma6-204ENSMUST00000163070 787 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Hsf4-203ENSMUST00000172525 1276 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 1110035H17Rik-202ENSMUST00000205672 1231 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Vsig2-206ENSMUST00000215957 851 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 2010107E04Rik-203ENSMUST00000222874 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Ndufaf2-202ENSMUST00000223734 556 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Batf-201ENSMUST00000040536 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Crb3-201ENSMUST00000071826 1194 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Gm30238-201ENSMUST00000195528 2603 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Rabepk-203ENSMUST00000118108 1431 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Shd-202ENSMUST00000223629 1430 ntAPPRIS P2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 R3hcc1-202ENSMUST00000121142 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Gm42872-201ENSMUST00000200026 1967 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Kcnk13-202ENSMUST00000160413 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Kcnh1-201ENSMUST00000078470 7242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Car10-203ENSMUST00000107858 2742 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Zbtb45-202ENSMUST00000172240 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Tfap2a-202ENSMUST00000110193 2863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Pitx2-206ENSMUST00000174623 1493 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Usp4P35123 4732463B04Rik-201ENSMUST00000180751 2932 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Traf1-201ENSMUST00000028234 2069 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Ankrd34b-203ENSMUST00000168871 3397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 9330182L06Rik-201ENSMUST00000069538 4688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Msantd3-202ENSMUST00000064807 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Prkg1-202ENSMUST00000073581 2841 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Ppfia3-201ENSMUST00000003961 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Mgat1-202ENSMUST00000101293 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Myrf-201ENSMUST00000088013 5674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Cnn2-202ENSMUST00000105374 926 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Fis1-202ENSMUST00000111094 948 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Rhox2h-201ENSMUST00000115162 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Pcp2-205ENSMUST00000142431 524 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Kif7-203ENSMUST00000183846 4577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Gm29456-201ENSMUST00000189894 768 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Ighv1-15-201ENSMUST00000192077 351 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Lysmd3-202ENSMUST00000224300 4250 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Ptpn2-201ENSMUST00000025420 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Epc1-202ENSMUST00000050542 565 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Penk-201ENSMUST00000070375 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 1500035N22Rik-201ENSMUST00000075081 865 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Ddi2-201ENSMUST00000102484 9553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Camk2b-209ENSMUST00000109813 4023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Camk2b-204ENSMUST00000090443 4004 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Zfp36l1-201ENSMUST00000021552 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Adam15-201ENSMUST00000029676 2975 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Jakmip1-201ENSMUST00000043794 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Proser2-202ENSMUST00000114942 4398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 AU040320-201ENSMUST00000047431 4384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Tcn2-204ENSMUST00000109990 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Hdac8-201ENSMUST00000087916 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Adamts7-201ENSMUST00000113059 5379 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Ociad2-201ENSMUST00000087195 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Elac1-201ENSMUST00000041138 4971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Sun1-202ENSMUST00000078690 2608 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Ada-201ENSMUST00000017841 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Hoxa7-201ENSMUST00000048715 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Socs3-201ENSMUST00000054002 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Dsel-201ENSMUST00000035462 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Gm23935-201ENSMUST00000102303 57 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Gm24270-201ENSMUST00000102326 57 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Mrpl58-202ENSMUST00000103036 749 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Gm24245-201ENSMUST00000157318 57 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Noct-203ENSMUST00000167780 2992 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Gm18489-201ENSMUST00000172565 551 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Mir8117-201ENSMUST00000184773 107 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Gsdmcl2-204ENSMUST00000186026 736 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Gsdmcl1-202ENSMUST00000190937 735 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Atp6v0b-201ENSMUST00000036380 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Ndufv3-202ENSMUST00000064798 485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Rpl30-202ENSMUST00000079735 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Tcp11l1-201ENSMUST00000028597 3512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 P2ry2-201ENSMUST00000037540 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Usp4P35123 Acadm-201ENSMUST00000072697 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
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Usp4P35123 Narfl-204ENSMUST00000134108 2062 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.5 ms