Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 8030474K03Rik-202ENSMUST00000151231 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Egr1-201ENSMUST00000064795 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Gfpt1-203ENSMUST00000113657 1200 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Nabp1-202ENSMUST00000185534 708 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Gm42921-201ENSMUST00000196670 655 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Ube2a-205ENSMUST00000201068 1298 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Ube2i-201ENSMUST00000049911 1138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Rassf8-202ENSMUST00000058538 1131 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Fbxo31-201ENSMUST00000059018 4358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Pqlc1-205ENSMUST00000131780 2080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Apba3-211ENSMUST00000220297 2268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Nyap1-201ENSMUST00000061789 3912 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Gm37812-201ENSMUST00000195216 2475 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Rgs3-201ENSMUST00000065870 4698 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Mob4-202ENSMUST00000159311 1816 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Prr23a3-201ENSMUST00000167951 1817 ntAPPRIS P1 BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Hspb8-201ENSMUST00000036991 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Pcdha5-201ENSMUST00000192168 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Arhgef10l-203ENSMUST00000097820 4382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Dgkq-201ENSMUST00000053913 4938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Msl2-201ENSMUST00000085177 4889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Zcchc17-202ENSMUST00000134159 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Plch2-212ENSMUST00000186598 2119 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Lsr-202ENSMUST00000098553 1930 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Tal1-201ENSMUST00000030489 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Arf2-202ENSMUST00000063347 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Haus3-201ENSMUST00000060049 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Fbxl3-206ENSMUST00000145693 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Adgrg5-205ENSMUST00000166802 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Med16-201ENSMUST00000105378 3197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Sike1-201ENSMUST00000029447 7375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Rab33b-201ENSMUST00000054387 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Nfya-203ENSMUST00000159063 1255 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Gm9726-201ENSMUST00000180321 678 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Gm3764-203ENSMUST00000180635 1191 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 2900092O11Rik-201ENSMUST00000191770 755 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Tmem179-202ENSMUST00000222836 521 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Swi5-201ENSMUST00000050410 775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 A730061H03Rik-201ENSMUST00000066106 465 ntAPPRIS P1 BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Alkbh7-202ENSMUST00000074141 736 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Olfr373-201ENSMUST00000074540 945 ntAPPRIS P1 BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Arrdc5-201ENSMUST00000097303 1054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Ripk1-201ENSMUST00000021844 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Kcnh1-202ENSMUST00000110844 7161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Cadps2-202ENSMUST00000069074 3935 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 9530068E07Rik-201ENSMUST00000036952 2467 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Alx4-201ENSMUST00000042078 5253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Gm9867-201ENSMUST00000192212 2647 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Tdg-ps-201ENSMUST00000051363 2968 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Myef2-201ENSMUST00000067780 2999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Gpx3-201ENSMUST00000082430 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Rnf111-201ENSMUST00000034739 4880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Tbc1d10b-201ENSMUST00000120705 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Zfyve27-201ENSMUST00000099443 2573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Atp6v0a1-203ENSMUST00000103110 2716 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Cyp4x1os-201ENSMUST00000153951 2003 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Ubap1-202ENSMUST00000108060 2514 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Rgl1-202ENSMUST00000111857 3037 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Gatad2a-203ENSMUST00000177851 5007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Dnajc6-202ENSMUST00000094953 5322 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 AC166574.6-201ENSMUST00000227889 1806 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Kif22-201ENSMUST00000032915 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Uck2-202ENSMUST00000053686 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Wbp4-201ENSMUST00000022601 3704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Elf2-201ENSMUST00000062009 3353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
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Usf1Q61069 Pla2g2e-203ENSMUST00000105804 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
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Usf1Q61069 Slc2a9-207ENSMUST00000143758 1296 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Zfp414-204ENSMUST00000166627 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 1700037F24Rik-201ENSMUST00000181254 973 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Ighv1-25-201ENSMUST00000195638 345 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
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Usf1Q61069 1700067P10Rik-201ENSMUST00000022028 794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 AC155252.1-201ENSMUST00000226462 1208 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Pla2g2e-201ENSMUST00000030531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Zfp414-201ENSMUST00000073570 1197 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Gm5356-201ENSMUST00000093326 615 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Olfr1214-201ENSMUST00000099804 936 ntAPPRIS P1 BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Cpz-201ENSMUST00000038676 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Ccdc88c-202ENSMUST00000085096 6313 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Pdlim2-210ENSMUST00000153735 1578 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Adgrb2-208ENSMUST00000121049 4871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Tyw1-203ENSMUST00000100662 1867 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Cdca5-201ENSMUST00000025704 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Urm1-201ENSMUST00000091142 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Dcaf17-203ENSMUST00000112159 2490 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Gpank1-202ENSMUST00000165306 1518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 BC001981-202ENSMUST00000191393 1545 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Adck2-201ENSMUST00000051249 2287 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Rab18-201ENSMUST00000097680 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Zkscan3-201ENSMUST00000070785 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Slc44a2-210ENSMUST00000217461 3478 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Naa35-201ENSMUST00000022038 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Spred1-201ENSMUST00000028829 6016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Tmem183a-201ENSMUST00000049470 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Tcf3-202ENSMUST00000020379 2829 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Smoc2-201ENSMUST00000024660 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Usf1Q61069 Jakmip1-212ENSMUST00000174629 1941 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.5 ms