Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Gm11779-201ENSMUST00000118541 368 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Cox6c-205ENSMUST00000156915 606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Snu13-203ENSMUST00000166578 1061 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Vdac2-209ENSMUST00000173456 956 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Gm27920-201ENSMUST00000183953 96 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Shisa5-218ENSMUST00000200515 1005 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Gm31545-201ENSMUST00000209358 1219 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Fmr1nb-201ENSMUST00000069731 799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Sass6-205ENSMUST00000198311 2404 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Dnmt3b-201ENSMUST00000056495 4318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Vwa5b2-203ENSMUST00000100074 2512 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Hnrnpr-204ENSMUST00000131671 2543 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Cyp2t4-201ENSMUST00000108385 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Elk4-201ENSMUST00000027696 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Id2-202ENSMUST00000221761 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Gm16845-201ENSMUST00000180419 1415 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Irs2-201ENSMUST00000040514 6323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Tulp2-205ENSMUST00000107762 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Gm12503-201ENSMUST00000146576 3127 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Gm996-203ENSMUST00000188161 2925 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Mtif2-202ENSMUST00000093239 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Il15ra-206ENSMUST00000114834 784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Gm6973-201ENSMUST00000117080 721 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Abhd18-207ENSMUST00000203892 1021 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Mapk9-201ENSMUST00000020634 4675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Bloc1s5-203ENSMUST00000224902 612 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Lce1f-201ENSMUST00000047153 728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Dars-202ENSMUST00000064309 645 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Thoc7-201ENSMUST00000065865 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Pelp1-201ENSMUST00000019065 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Pomgnt1-202ENSMUST00000106496 2613 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Mef2b-204ENSMUST00000110146 1342 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Mef2b-205ENSMUST00000163756 1337 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Anks1b-205ENSMUST00000179694 2663 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Naa15-201ENSMUST00000029303 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Tnxb-202ENSMUST00000168533 9381 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Rbbp8nl-201ENSMUST00000038529 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Nfe2l1-201ENSMUST00000081775 4654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Bid-201ENSMUST00000004560 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Klhl9-201ENSMUST00000094993 4174 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Midn-201ENSMUST00000042057 3727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Ube2o-201ENSMUST00000082152 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Gm21451-201ENSMUST00000111062 2775 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Higd1b-202ENSMUST00000107072 497 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Higd1b-203ENSMUST00000107073 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Ybx1-ps2-201ENSMUST00000201305 957 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 AC159635.2-201ENSMUST00000223092 817 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 AC131187.1-201ENSMUST00000224567 809 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Rit1-201ENSMUST00000029692 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 C1qtnf2-201ENSMUST00000057679 1211 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Gm10175-201ENSMUST00000086013 645 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Sf1-204ENSMUST00000113489 2863 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Tmc8-202ENSMUST00000106334 2644 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Scarf1-202ENSMUST00000118243 2617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Cdon-202ENSMUST00000119129 7503 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Fam163b-201ENSMUST00000151224 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Med15-201ENSMUST00000012259 3383 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Sytl1-201ENSMUST00000030674 1951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Pcp2-202ENSMUST00000128566 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Map2k7-211ENSMUST00000145165 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Trim68-205ENSMUST00000210855 2301 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Kcnq2-202ENSMUST00000049792 2920 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Ebf3-208ENSMUST00000210774 2994 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Medag-201ENSMUST00000093110 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Clcnka-201ENSMUST00000042617 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Dsg2-201ENSMUST00000059787 5766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Cdt1-201ENSMUST00000006760 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Arl5c-201ENSMUST00000042971 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Izumo1r-203ENSMUST00000117620 1095 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Gm14494-201ENSMUST00000118786 435 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Tpm3-203ENSMUST00000119158 1090 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Dbi-207ENSMUST00000151708 491 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Gm10244-202ENSMUST00000156905 474 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Gm26756-201ENSMUST00000181689 1294 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Olfr541-201ENSMUST00000080681 1103 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Lrp11-203ENSMUST00000130590 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Ap4e1-203ENSMUST00000110394 2271 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Cdcp2-202ENSMUST00000221740 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 6530402F18Rik-203ENSMUST00000155949 4301 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Bbs7-203ENSMUST00000108156 2687 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Sync-201ENSMUST00000102599 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Tmem33-204ENSMUST00000161369 6164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Grm7-201ENSMUST00000071076 3127 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Mtmr7-202ENSMUST00000048898 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Lypd1-201ENSMUST00000027582 1447 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Gnpda2-201ENSMUST00000031117 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Adamts17-202ENSMUST00000107478 6416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Srp72-202ENSMUST00000120550 2297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
Trim58Q5NCC9 Pctp-201ENSMUST00000020864 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim58Q5NCC9 Hectd2-201ENSMUST00000047247 4731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim58Q5NCC9 Commd10-201ENSMUST00000049388 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim58Q5NCC9 Tc2n-203ENSMUST00000160830 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim58Q5NCC9 Pank3-201ENSMUST00000018990 7376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim58Q5NCC9 Psrc1-201ENSMUST00000090561 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim58Q5NCC9 Gamt-202ENSMUST00000105363 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim58Q5NCC9 Sfxn5-203ENSMUST00000113787 638 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim58Q5NCC9 Gm15467-201ENSMUST00000120582 445 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim58Q5NCC9 Bnipl-204ENSMUST00000137250 1251 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim58Q5NCC9 Ndufa1-201ENSMUST00000016571 419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim58Q5NCC9 Tssc4-208ENSMUST00000208779 647 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.1 ms