Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Mir6392-201ENSMUST00000184924 108 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Mir7654-201ENSMUST00000185082 70 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 1700011B04Rik-206ENSMUST00000221013 824 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Alx1-205ENSMUST00000218282 2012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h1e-201ENSMUST00000062045 1930 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Lhfpl4-201ENSMUST00000162280 4762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Smad1-203ENSMUST00000109885 3775 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Trim65-201ENSMUST00000067632 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Iffo1-201ENSMUST00000117675 2833 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Plod1-202ENSMUST00000105712 1059 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11478-201ENSMUST00000117851 599 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf2-203ENSMUST00000186415 1106 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 AC124510.1-201ENSMUST00000222659 583 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl13a-ps1-201ENSMUST00000071866 612 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ythdf3-201ENSMUST00000108345 5102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Aire-207ENSMUST00000140636 1615 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Pdlim3-201ENSMUST00000034053 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4219-201ENSMUST00000168140 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf3-204ENSMUST00000105340 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Smad5-203ENSMUST00000109876 4570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Fam109b-201ENSMUST00000050349 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Samd4-204ENSMUST00000125688 1773 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Rxra-203ENSMUST00000113934 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38037-201ENSMUST00000192600 1624 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Boll-202ENSMUST00000114423 1106 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Pisd-ps1-201ENSMUST00000119128 1115 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 H60b-202ENSMUST00000131558 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl27a-203ENSMUST00000143107 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8602-201ENSMUST00000184045 607 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ighv8-14-201ENSMUST00000196781 358 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Nupr1-201ENSMUST00000032961 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ces2f-201ENSMUST00000076384 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Sept8-201ENSMUST00000108987 4436 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp995-205ENSMUST00000190066 2221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Smyd5-201ENSMUST00000045693 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Cdan1-202ENSMUST00000110701 6384 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ccna2-201ENSMUST00000029270 2965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf4-207ENSMUST00000182709 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Trim15-201ENSMUST00000025329 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5912-201ENSMUST00000122282 1438 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl16-201ENSMUST00000045692 3478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Slco3a1-202ENSMUST00000098371 2709 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Jph1-201ENSMUST00000038382 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Cep57-201ENSMUST00000034398 2523 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufa13-201ENSMUST00000110167 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Mthfsd-206ENSMUST00000133037 1060 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 3000002C10Rik-202ENSMUST00000133495 1008 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 C8g-201ENSMUST00000015227 822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5h-202ENSMUST00000073791 659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Sbds-201ENSMUST00000026387 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Srcin1-201ENSMUST00000107590 5493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Acp5-202ENSMUST00000115315 1349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Elk4-202ENSMUST00000086556 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Rab18-201ENSMUST00000097680 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Wdyhv1-201ENSMUST00000067563 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Adgra2-202ENSMUST00000178514 5129 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Mgea5-201ENSMUST00000026243 5024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gpc6-201ENSMUST00000078849 1668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45630-201ENSMUST00000210243 1911 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Itpk1-201ENSMUST00000046518 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d9-202ENSMUST00000093393 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnq1-202ENSMUST00000185383 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Slc22a18-201ENSMUST00000052348 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 4930456L15Rik-201ENSMUST00000145577 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17795-201ENSMUST00000214505 757 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5035-201ENSMUST00000215581 927 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 AC139350.3-201ENSMUST00000226151 420 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Stk40-201ENSMUST00000094761 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37728-201ENSMUST00000195025 2292 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf19-202ENSMUST00000160885 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Urm1-201ENSMUST00000091142 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11918-201ENSMUST00000121660 179 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27701-201ENSMUST00000184498 110 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43568-203ENSMUST00000199116 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9803-202ENSMUST00000216543 456 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 AC155252.1-201ENSMUST00000226462 1208 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2i-201ENSMUST00000049911 1138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Bet1l-201ENSMUST00000026557 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 R3hcc1-202ENSMUST00000121142 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Mis12-201ENSMUST00000048807 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Cebpg-202ENSMUST00000130491 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl11-201ENSMUST00000056665 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Papd7-204ENSMUST00000223344 2118 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d10c-201ENSMUST00000045864 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tpm3-201ENSMUST00000029549 2230 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Syt6-203ENSMUST00000118117 1856 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxc10-201ENSMUST00000001699 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpm-201ENSMUST00000087582 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Pdia4-201ENSMUST00000077290 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Mif4gd-202ENSMUST00000106506 993 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Klk12-201ENSMUST00000014063 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Pcgf1-202ENSMUST00000165164 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp414-204ENSMUST00000166627 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18027-201ENSMUST00000218947 619 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp414-201ENSMUST00000073570 1197 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb8-201ENSMUST00000052650 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Men1-203ENSMUST00000079327 2639 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ap2a2-201ENSMUST00000003038 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tesk2-203ENSMUST00000106459 2444 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.4 ms