Protein–RNA interactions for Protein: Q9QXK7

Cpsf3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, mousemouse

Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf3Q9QXK7 Tmem59l-201ENSMUST00000045286 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Hdac8-201ENSMUST00000087916 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Scamp1-201ENSMUST00000022197 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 G3bp2-202ENSMUST00000164378 3026 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Ptpn6-203ENSMUST00000171549 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Chchd5-201ENSMUST00000035481 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Hectd2-201ENSMUST00000047247 4731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Sphk1-205ENSMUST00000106387 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Krt2-201ENSMUST00000023712 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Tpm2-202ENSMUST00000107913 2098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Phc2-201ENSMUST00000030588 3949 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Pcdha5-201ENSMUST00000192168 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 3830417A13Rik-201ENSMUST00000033522 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 9330121J05Rik-201ENSMUST00000192267 3009 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Rhoj-202ENSMUST00000118602 2396 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Tex44-201ENSMUST00000046004 1724 ntAPPRIS P1 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Trmt1-201ENSMUST00000001974 2567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Polr3d-202ENSMUST00000180358 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm5089-201ENSMUST00000081580 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Rpl37rt-201ENSMUST00000100847 682 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Nme1-202ENSMUST00000107844 452 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Oprl1-203ENSMUST00000108766 1241 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Abhd11os-201ENSMUST00000136022 604 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Cd209f-202ENSMUST00000138439 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Cd209f-203ENSMUST00000145007 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Cyhr1-201ENSMUST00000066677 1163 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Ccdc172-201ENSMUST00000069419 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Nr2e1-201ENSMUST00000019938 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Pcolce2-201ENSMUST00000015498 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Zpbp2-201ENSMUST00000017339 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Ttyh1-203ENSMUST00000119661 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Sik2-201ENSMUST00000041375 3552 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Itsn1-202ENSMUST00000064797 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Dse-201ENSMUST00000048010 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Ppp1r12b-202ENSMUST00000086444 3137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Arhgef40-204ENSMUST00000182061 4756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Dlgap1-211ENSMUST00000148486 5276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Aldh1b1-201ENSMUST00000044384 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Sema5b-202ENSMUST00000120756 4646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Rnf123-201ENSMUST00000047746 4722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Phyhd1-204ENSMUST00000113645 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Ppp1r1a-201ENSMUST00000023133 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm37305-201ENSMUST00000195714 4279 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Mageh1-201ENSMUST00000051484 1410 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Arxes2-201ENSMUST00000058119 1532 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Dyx1c1-202ENSMUST00000098567 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Usp51-201ENSMUST00000095755 2204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Pcyt1a-202ENSMUST00000104893 4951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Barhl1-201ENSMUST00000050776 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Ebf4-202ENSMUST00000110287 2580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Dnmt3b-210ENSMUST00000109774 4320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Stra8-202ENSMUST00000114997 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm12264-201ENSMUST00000123949 500 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Zfp715-201ENSMUST00000012796 907 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm15199-201ENSMUST00000129933 542 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Khdc3-202ENSMUST00000167514 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm28277-201ENSMUST00000187450 885 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm42854-201ENSMUST00000201262 722 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Tmem86b-204ENSMUST00000206610 522 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 AC124732.2-201ENSMUST00000221977 316 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Lin37-201ENSMUST00000043975 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Strn4-201ENSMUST00000019220 3535 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 2810474O19Rik-202ENSMUST00000100765 5356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Atp13a3-201ENSMUST00000061350 7220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Tmem204-201ENSMUST00000024984 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Ptp4a1-202ENSMUST00000076587 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Foxp2-207ENSMUST00000115477 6760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Mesd-201ENSMUST00000094215 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Mdm1-202ENSMUST00000163238 2461 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm37812-201ENSMUST00000195216 2475 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Slc17a9-201ENSMUST00000094218 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Vps51-204ENSMUST00000159832 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Fbxo30-202ENSMUST00000129456 5060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Zmym3-208ENSMUST00000121429 1890 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Sgpl1-202ENSMUST00000122259 4102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Rgs6-216ENSMUST00000200911 2626 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Arhgef1-218ENSMUST00000206508 3195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Fam228b-201ENSMUST00000053458 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Ush1c-202ENSMUST00000078680 2047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Mmab-202ENSMUST00000112245 644 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm15920-201ENSMUST00000118998 402 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Tspan5-203ENSMUST00000121826 1114 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Ntpcr-205ENSMUST00000143504 520 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Tmem33-206ENSMUST00000162543 664 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm10044-204ENSMUST00000170177 659 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm22175-201ENSMUST00000175007 78 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm18766-201ENSMUST00000189811 808 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Atp6v0b-201ENSMUST00000036380 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm6471-201ENSMUST00000097935 805 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Map6d1-201ENSMUST00000040880 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 0610009E02Rik-201ENSMUST00000133463 1609 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 4930429P21Rik-202ENSMUST00000194547 2061 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm17315-201ENSMUST00000181408 2504 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Ahcy-201ENSMUST00000054607 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Fem1a-201ENSMUST00000060253 6816 ntAPPRIS P1 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Kdm6a-201ENSMUST00000044484 5918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Kdm6a-202ENSMUST00000052368 5935 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm26882-201ENSMUST00000181611 1537 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Daxx-208ENSMUST00000174541 2325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Cpsf3Q9QXK7 Tmem176b-203ENSMUST00000166247 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.4 ms