Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Cgrrf1-204ENSMUST00000140114 419 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm20509-201ENSMUST00000174203 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 AC164629.2-201ENSMUST00000217916 270 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm40849-201ENSMUST00000222330 603 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 AC155729.1-201ENSMUST00000227758 544 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Klhl12-203ENSMUST00000116528 3277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Brd3-203ENSMUST00000113941 5289 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Enpp1-203ENSMUST00000135846 2721 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Ubn2-201ENSMUST00000039127 4243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Slc27a1-201ENSMUST00000034267 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Klc2-203ENSMUST00000113728 2838 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Dnmt3b-210ENSMUST00000109774 4320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Tmem26-201ENSMUST00000080995 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Pus1-204ENSMUST00000112426 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Pnkd-201ENSMUST00000027370 2937 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Ubiad1-201ENSMUST00000051633 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Sohlh2-201ENSMUST00000029369 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Ythdf3-202ENSMUST00000108346 4929 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 AC122901.1-201ENSMUST00000214203 1790 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm43056-201ENSMUST00000197865 2791 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Tmem59l-201ENSMUST00000045286 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Elovl1-201ENSMUST00000006557 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Retreg3-201ENSMUST00000017946 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Disp2-202ENSMUST00000063975 1505 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Skap1-205ENSMUST00000107662 1861 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Tepsin-203ENSMUST00000106225 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Srp72-202ENSMUST00000120550 2297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Tigd5-201ENSMUST00000192937 4801 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Ptprm-202ENSMUST00000223982 4802 ntAPPRIS P2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Ist1-201ENSMUST00000034164 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Plekha1-203ENSMUST00000120441 3777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm20482-201ENSMUST00000172746 1644 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Trem2-202ENSMUST00000113237 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Rpl36-ps8-201ENSMUST00000121187 315 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm16026-204ENSMUST00000162652 683 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Tnnt2-205ENSMUST00000178204 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Tnnt2-207ENSMUST00000179863 1097 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Tnnt2-209ENSMUST00000188028 1200 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm2272-201ENSMUST00000194903 582 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Zfp787-206ENSMUST00000208746 535 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Pold4-201ENSMUST00000025773 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Khk-201ENSMUST00000031053 1257 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Igflr1-201ENSMUST00000043850 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Ephx4-201ENSMUST00000049146 1279 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Tmem242-201ENSMUST00000005053 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Manbal-201ENSMUST00000081202 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Slc16a6-202ENSMUST00000070152 4219 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Nid1-201ENSMUST00000005532 6091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Sipa1-203ENSMUST00000164304 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Bend4-201ENSMUST00000169190 7935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gstm7-201ENSMUST00000004137 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Vdac3-201ENSMUST00000009036 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Clcc1-201ENSMUST00000029483 2224 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Zmym3-208ENSMUST00000121429 1890 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Phtf2-201ENSMUST00000118174 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Fam57b-203ENSMUST00000205324 1915 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Fbxo15-204ENSMUST00000224467 1908 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Celf4-203ENSMUST00000223704 2492 ntAPPRIS ALT1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Ccnj-202ENSMUST00000119316 3763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Ap4b1-201ENSMUST00000047285 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Tnnt1-203ENSMUST00000108587 1059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Apip-201ENSMUST00000011055 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Nudt1-204ENSMUST00000110826 606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Mras-202ENSMUST00000119472 1190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Ccl27a-217ENSMUST00000155240 343 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Nfya-203ENSMUST00000159063 1255 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm15758-201ENSMUST00000161681 695 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Hrh3-204ENSMUST00000165248 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Retsat-204ENSMUST00000176168 1203 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Rab10os-206ENSMUST00000179908 746 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm5177-201ENSMUST00000183092 997 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 CR974585.1-201ENSMUST00000221790 1263 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Phka2-202ENSMUST00000112376 2310 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Adam10-201ENSMUST00000067880 4593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Trafd1-202ENSMUST00000120784 2425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Cant1-202ENSMUST00000092378 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Ptprn2-201ENSMUST00000070733 3201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Slc8b1-203ENSMUST00000111889 1624 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Lat2-201ENSMUST00000036362 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 P4ha2-202ENSMUST00000093107 2263 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm45630-201ENSMUST00000210243 1911 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Zbtb20-203ENSMUST00000114691 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Sash1-201ENSMUST00000015449 7183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Cyb5rl-204ENSMUST00000106760 840 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Meig1-203ENSMUST00000115082 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Rpl34-ps1-201ENSMUST00000121998 354 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Slc36a3os-201ENSMUST00000155883 520 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Ly6g6e-204ENSMUST00000172959 501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 2010010A06Rik-203ENSMUST00000190465 650 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm29520-201ENSMUST00000191209 1067 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm15406-202ENSMUST00000202229 767 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm9449-201ENSMUST00000207265 1011 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm16845-202ENSMUST00000216270 567 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Mrps18a-201ENSMUST00000024763 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Atg101-201ENSMUST00000048393 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Rpl34-ps2-201ENSMUST00000081679 354 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Gm10154-201ENSMUST00000084445 354 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Cmtm7-202ENSMUST00000084867 874 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Wdfy3-206ENSMUST00000174698 3858 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usp28Q5I043 Cdk11b-203ENSMUST00000105600 3170 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 52.4 ms