Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Gm18244-201ENSMUST00000219747 1566 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gsg1l-201ENSMUST00000073935 3923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ahcyl2-201ENSMUST00000064872 2019 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Il1r1-202ENSMUST00000114795 4832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Eif6-202ENSMUST00000109638 1382 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Naxd-201ENSMUST00000033901 1359 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Pam-202ENSMUST00000097625 4102 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Dlk2-203ENSMUST00000166617 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Snph-201ENSMUST00000028951 4730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Rad23a-202ENSMUST00000109761 1842 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm26847-201ENSMUST00000180407 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm26781-201ENSMUST00000181385 1477 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ssu2-201ENSMUST00000060847 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Prss36-201ENSMUST00000094026 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Cacng3-201ENSMUST00000084615 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ttc3-201ENSMUST00000117648 7417 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Mboat2-201ENSMUST00000078902 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Osbpl10-204ENSMUST00000182384 2158 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Prrt3-201ENSMUST00000101059 3304 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Sigirr-206ENSMUST00000210167 1897 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Edil3-203ENSMUST00000118731 2721 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ccl27a-202ENSMUST00000108032 350 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Tcp1-207ENSMUST00000143961 614 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm17035-201ENSMUST00000170557 419 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm28745-201ENSMUST00000190069 305 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Gm45696-201ENSMUST00000212088 985 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 AC124408.1-201ENSMUST00000228938 707 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Dnajb8-201ENSMUST00000061866 990 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Olfm1-202ENSMUST00000100244 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 B020017C02Rik-201ENSMUST00000197444 1688 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Rbfox2-209ENSMUST00000228087 1694 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Pqlc2-201ENSMUST00000053862 1532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Slc39a8-202ENSMUST00000081978 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Rnf40Q3U319 Ubxn4-201ENSMUST00000027592 4113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 P4hb-201ENSMUST00000026122 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 B130055M24Rik-201ENSMUST00000144796 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Gm14168-201ENSMUST00000144818 2197 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Hoxa7-201ENSMUST00000048715 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Kcnj9-202ENSMUST00000194204 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Wbp1-202ENSMUST00000113936 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Pltp-202ENSMUST00000109316 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Lamb2-201ENSMUST00000065014 5629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Pde4a-202ENSMUST00000039413 4653 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Grk6-205ENSMUST00000224653 2976 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Dbndd1-201ENSMUST00000176155 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Ndufv1-201ENSMUST00000042497 1661 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Abcg4-208ENSMUST00000161354 3999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Nhs-202ENSMUST00000087085 8805 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Slc38a1-201ENSMUST00000088452 7266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Hilpda-202ENSMUST00000115289 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Gm20618-202ENSMUST00000177482 1227 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 4933412L11Rik-201ENSMUST00000203702 1044 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Map7-205ENSMUST00000214231 675 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Pafah1b3-201ENSMUST00000005583 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Galnt17-201ENSMUST00000086023 8040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Pxn-213ENSMUST00000202564 2126 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Cpt2-201ENSMUST00000030345 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 2610206C17Rik-201ENSMUST00000129059 1717 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Irgc1-201ENSMUST00000080594 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Mrpl37-201ENSMUST00000030365 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Olfr322-204ENSMUST00000214392 4779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 1700065D16Rik-205ENSMUST00000190890 2903 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Pnkd-201ENSMUST00000027370 2937 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Fam3a-205ENSMUST00000114142 1586 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Dapk1-201ENSMUST00000044083 5304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Stip1-201ENSMUST00000025918 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Wnk1-203ENSMUST00000088644 11330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Pik3cd-204ENSMUST00000105690 4921 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Wdr5-201ENSMUST00000113952 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Trim34a-202ENSMUST00000106848 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Gm43796-201ENSMUST00000202853 2012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Sim2-201ENSMUST00000072182 3670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 4833439L19Rik-201ENSMUST00000026989 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Slfnl1-201ENSMUST00000062990 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Trmu-201ENSMUST00000023019 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Clec16a-205ENSMUST00000115827 2949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Per1-201ENSMUST00000021271 4671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Iffo2-201ENSMUST00000040023 5227 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Rrnad1-206ENSMUST00000160074 1620 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Npb-202ENSMUST00000106194 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Npb-203ENSMUST00000106195 542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Sap18-203ENSMUST00000111269 459 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Mthfsl-201ENSMUST00000113110 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Mthfs-203ENSMUST00000118870 705 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Nsl1-203ENSMUST00000139340 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Ndufab1-ps-201ENSMUST00000166096 468 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Gm1818-201ENSMUST00000169406 1184 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Mir5122-201ENSMUST00000175004 89 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Hist1h2br-203ENSMUST00000180288 1256 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 AC159246.1-201ENSMUST00000214478 249 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Aprt-201ENSMUST00000006764 849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Mthfs-201ENSMUST00000085256 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Hist1h2bq-202ENSMUST00000091749 1254 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Parp16-202ENSMUST00000213396 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 B430212C06Rik-205ENSMUST00000145081 2623 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Timp4-201ENSMUST00000032462 5496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Gcfc2-201ENSMUST00000043195 4192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Rnf40Q3U319 Fam155a-201ENSMUST00000110969 3388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.4 ms