Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Slc35g3-201ENSMUST00000102586 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Chac1-201ENSMUST00000028780 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Msl2-201ENSMUST00000085177 4889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Acss3-201ENSMUST00000044668 2494 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Snn-201ENSMUST00000089011 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Usp4-201ENSMUST00000035237 3662 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Med7-203ENSMUST00000109232 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Rbfox3-203ENSMUST00000103023 2809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 D630044L22Rik-201ENSMUST00000181174 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Repin1-202ENSMUST00000118229 3138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Fgf15-201ENSMUST00000033389 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Dennd1a-201ENSMUST00000102787 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Adck2-201ENSMUST00000051249 2287 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Phospho2-202ENSMUST00000112266 2194 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ptpa-203ENSMUST00000113603 2169 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm4875-201ENSMUST00000118257 786 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm15824-201ENSMUST00000119516 955 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 E130201H02Rik-201ENSMUST00000123576 851 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm15491-201ENSMUST00000133963 751 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ripk3-203ENSMUST00000178399 1865 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm8597-201ENSMUST00000191525 1109 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Id4-201ENSMUST00000021810 3849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 AC090659.2-201ENSMUST00000225378 1186 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Abl1-201ENSMUST00000028190 5794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Crybb2-201ENSMUST00000031295 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Taf1d-201ENSMUST00000034415 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Srd5a2-201ENSMUST00000043458 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Arhgef1-201ENSMUST00000047873 3212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm20445-201ENSMUST00000061905 565 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ftl1-201ENSMUST00000094434 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ifngr2-201ENSMUST00000023687 3254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 BC037039-201ENSMUST00000192003 2205 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Slc4a5-203ENSMUST00000113900 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm14026-201ENSMUST00000120625 1789 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Cdkn1b-203ENSMUST00000204807 1757 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Idh3b-201ENSMUST00000028892 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Pex1-202ENSMUST00000121291 4555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ablim2-202ENSMUST00000101280 3042 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 D1Pas1-201ENSMUST00000045108 3212 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ddx49-201ENSMUST00000008004 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Slc25a32-201ENSMUST00000022908 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Klhl26-204ENSMUST00000209567 2615 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Cnot7-206ENSMUST00000135269 2461 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Plekha1-202ENSMUST00000075181 2301 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Tmpo-201ENSMUST00000020123 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ggnbp2-213ENSMUST00000172405 2950 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Pak2-201ENSMUST00000023467 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Mapk8ip3-203ENSMUST00000115229 5603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 D17Wsu92e-202ENSMUST00000114859 3522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Acin1-224ENSMUST00000167015 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Vwa8-202ENSMUST00000227255 3406 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Fam133b-205ENSMUST00000197082 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Arhgef18-201ENSMUST00000004684 5271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Nfkb1-201ENSMUST00000029812 4117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Lcn5-203ENSMUST00000100313 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 H13-203ENSMUST00000109825 1063 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Vps29-204ENSMUST00000118830 1014 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Cd63-ps-201ENSMUST00000145417 875 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Atp5j2-202ENSMUST00000161741 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Pcgf1-202ENSMUST00000165164 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm17150-201ENSMUST00000165577 381 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Crip2-202ENSMUST00000196015 772 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm42722-201ENSMUST00000198855 940 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Il31-203ENSMUST00000198901 984 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm5149-201ENSMUST00000199768 620 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Rab33a-201ENSMUST00000033430 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Sptlc2-201ENSMUST00000021424 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm3002-201ENSMUST00000170480 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm3005-202ENSMUST00000178728 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Htr3a-202ENSMUST00000217289 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Ldb3-207ENSMUST00000227819 1499 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Arl6ip1-201ENSMUST00000032888 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Sgpp1-202ENSMUST00000220285 3200 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tnfaip8l1-201ENSMUST00000077788 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Nabp1-205ENSMUST00000186684 2677 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Kif22-201ENSMUST00000032915 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Htr7-202ENSMUST00000164639 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Galnt18-202ENSMUST00000106663 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tmcc3-201ENSMUST00000065060 5530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Arhgef9-219ENSMUST00000199920 1976 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tdrd12-205ENSMUST00000205407 1412 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Shd-202ENSMUST00000223629 1430 ntAPPRIS P2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Faf1-201ENSMUST00000102724 4468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Etfrf1-205ENSMUST00000111724 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Plscr3-202ENSMUST00000108632 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Plcb1-205ENSMUST00000131552 7202 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Celf3-204ENSMUST00000197558 2414 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Enah-212ENSMUST00000195059 2832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gtpbp3-201ENSMUST00000007754 2800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Cnksr3-201ENSMUST00000015346 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 1700007J10Rik-202ENSMUST00000153431 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 9130410C08Rik-201ENSMUST00000155499 1088 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Gm43703-201ENSMUST00000200523 763 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Coa6-202ENSMUST00000211868 564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Tnfrsf19-205ENSMUST00000225730 744 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Smim8-201ENSMUST00000029972 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Hdhd3-201ENSMUST00000037820 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Ifnl2-201ENSMUST00000081684 702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Stap2-201ENSMUST00000043785 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Col6a1Q04857 Ovca2-201ENSMUST00000071562 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.7 ms