Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gm43568-203ENSMUST00000199116 1270 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm42787-201ENSMUST00000200879 1164 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm45195-201ENSMUST00000205597 1008 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Isca2-201ENSMUST00000021667 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Rsph9-201ENSMUST00000024762 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Rassf8-202ENSMUST00000058538 1131 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ier5-201ENSMUST00000055322 3276 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Pgm2l1-202ENSMUST00000084935 8834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Cacna1i-202ENSMUST00000160424 9781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Pbk-201ENSMUST00000022612 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm26666-201ENSMUST00000180763 2461 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Hbegf-201ENSMUST00000025363 2373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Abcb4-201ENSMUST00000003717 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Crem-234ENSMUST00000154470 1996 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Dnajc1-202ENSMUST00000091418 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Zbtb46-205ENSMUST00000180222 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Max-202ENSMUST00000110395 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Asl-205ENSMUST00000161094 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Siglece-201ENSMUST00000032667 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Lenep-201ENSMUST00000057431 1806 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm5566-201ENSMUST00000116118 459 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Pisd-ps1-201ENSMUST00000119128 1115 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Cdpf1-202ENSMUST00000125947 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm10535-201ENSMUST00000182275 915 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Lce1j-202ENSMUST00000186525 703 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm6266-201ENSMUST00000203844 806 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Shd-206ENSMUST00000225145 998 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Rps11-201ENSMUST00000003521 661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Cenpm-201ENSMUST00000089155 1109 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Cxcr3-201ENSMUST00000056614 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm7669-201ENSMUST00000210184 1603 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Dffb-201ENSMUST00000030893 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Pld4-201ENSMUST00000063888 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Elavl3-201ENSMUST00000003501 5014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Cr1l-208ENSMUST00000194111 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Islr2-202ENSMUST00000163200 4123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Hip1r-201ENSMUST00000000939 6735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Zscan2-201ENSMUST00000044115 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Lman1-202ENSMUST00000120461 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ddx39-202ENSMUST00000109810 1794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Fastk-203ENSMUST00000115043 3056 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Por-202ENSMUST00000122113 2606 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gtf2h4-207ENSMUST00000160734 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Sf3b4-201ENSMUST00000076372 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Dhx16-201ENSMUST00000025292 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Sdk1-202ENSMUST00000085774 10352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Slit1-203ENSMUST00000169141 5673 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Arhgef10l-206ENSMUST00000105799 4508 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Tm9sf1-203ENSMUST00000121791 2148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm13994-201ENSMUST00000137397 513 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm13134-202ENSMUST00000144347 387 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gas5-210ENSMUST00000159706 557 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm15853-201ENSMUST00000160268 556 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm9719-201ENSMUST00000162765 543 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Tnnt1-208ENSMUST00000166161 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm37117-201ENSMUST00000194238 589 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm19265-201ENSMUST00000201818 894 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Prok2-204ENSMUST00000203738 695 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Polr2h-201ENSMUST00000021405 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 CT010506.4-201ENSMUST00000225457 351 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ifitm3-201ENSMUST00000026565 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm15823-201ENSMUST00000064305 670 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Mrps21-202ENSMUST00000072587 405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Paqr9-201ENSMUST00000079597 8367 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Pcdhgc4-203ENSMUST00000195239 2272 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Nap1l4-209ENSMUST00000209098 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Rab3a-204ENSMUST00000110093 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Aurkc-204ENSMUST00000208049 1401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Rbfox3-205ENSMUST00000117731 3084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Mex3c-201ENSMUST00000091852 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Esr1-202ENSMUST00000105588 2733 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gadd45gip1-201ENSMUST00000036734 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Prdm4-201ENSMUST00000037646 3877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Slc46a3-202ENSMUST00000118527 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Aldh3a1-201ENSMUST00000019246 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Supt5-208ENSMUST00000209141 3755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Magi1-201ENSMUST00000055224 7007 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Acd-201ENSMUST00000042608 3154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm20482-201ENSMUST00000172746 1644 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Snai1-201ENSMUST00000052631 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Art3-205ENSMUST00000120193 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Sybu-201ENSMUST00000090057 3230 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 March4-201ENSMUST00000047786 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ecsit-201ENSMUST00000098937 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Pigyl-201ENSMUST00000123680 695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 1700029H14Rik-204ENSMUST00000151400 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Otx2os1-202ENSMUST00000183803 743 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm42612-201ENSMUST00000197986 623 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm43170-201ENSMUST00000199827 612 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Klk2-ps-201ENSMUST00000205342 571 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 B4galt2-203ENSMUST00000106421 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Tmem176b-203ENSMUST00000166247 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Fahd1-201ENSMUST00000049642 1407 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Steap2-205ENSMUST00000115427 3470 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Myh14-204ENSMUST00000207775 6499 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Slc4a1ap-206ENSMUST00000201858 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Cab39-202ENSMUST00000113360 3805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Tle2-205ENSMUST00000135211 2746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Tango6-202ENSMUST00000211979 2722 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Srrm1-208ENSMUST00000136342 3152 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.9 ms