Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 G630022F23Rik-201ENSMUST00000202923 3627 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ap4e1-203ENSMUST00000110394 2271 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Shmt2-201ENSMUST00000026470 2289 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk8-205ENSMUST00000161181 2467 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Casp8-201ENSMUST00000027189 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Ccdc88bQ4QRL3 Hsd17b4-201ENSMUST00000025385 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhb1-206ENSMUST00000107047 1926 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Rnd1-203ENSMUST00000120997 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 AC154846.1-201ENSMUST00000226278 862 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl26-201ENSMUST00000026827 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Inppl1-202ENSMUST00000165052 4730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14812-201ENSMUST00000156494 1794 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Cacul1-201ENSMUST00000081790 5790 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf3-206ENSMUST00000105342 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Chpt1-203ENSMUST00000117440 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 F420014N23Rik-201ENSMUST00000181578 2396 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem101-201ENSMUST00000021296 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Crip3-202ENSMUST00000113465 1035 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 AC102291.3-201ENSMUST00000226566 405 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Nup37-201ENSMUST00000052355 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Hilpda-201ENSMUST00000054445 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Pxn-213ENSMUST00000202564 2126 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Pglyrp2-201ENSMUST00000114455 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Cd1d1-202ENSMUST00000063869 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Actl7b-201ENSMUST00000095080 1439 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Ly6h-207ENSMUST00000163116 2801 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm7-202ENSMUST00000213276 2629 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Clcn2-201ENSMUST00000007207 3128 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Farp2-201ENSMUST00000120301 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Prrx2-202ENSMUST00000113592 1070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15957-201ENSMUST00000118893 974 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Mvk-203ENSMUST00000124260 1051 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 1700016P03Rik-201ENSMUST00000134252 863 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Il11-202ENSMUST00000163481 990 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15294-202ENSMUST00000182079 366 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37917-201ENSMUST00000194711 392 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 AC162801.1-201ENSMUST00000220612 198 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Odf3l2-201ENSMUST00000095464 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Arrdc5-201ENSMUST00000097303 1054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Ephb4-203ENSMUST00000111055 4296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Wee1-201ENSMUST00000033326 3419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Qsox1-207ENSMUST00000194632 2433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Celf3-204ENSMUST00000197558 2414 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Prok2-202ENSMUST00000032152 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Nt5c3b-202ENSMUST00000092689 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Pde7b-205ENSMUST00000169404 1697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gnas-202ENSMUST00000087871 3903 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Map2k7-211ENSMUST00000145165 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Lhx5-201ENSMUST00000031591 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Nectin1-201ENSMUST00000034510 5653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Dok7-201ENSMUST00000050709 2498 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Mul1-203ENSMUST00000105815 473 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Sec11a-202ENSMUST00000117383 1094 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Ldha-ps-201ENSMUST00000119390 995 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15222-201ENSMUST00000127359 344 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Dap-204ENSMUST00000186425 597 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Tcta-203ENSMUST00000195615 597 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11149-201ENSMUST00000068730 1250 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Nab1-205ENSMUST00000186764 3640 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem229b-201ENSMUST00000056660 3860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Map3k8-201ENSMUST00000025078 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Des-201ENSMUST00000027409 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Rundc3b-201ENSMUST00000047485 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxa3-201ENSMUST00000114434 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4081-201ENSMUST00000195287 1838 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp57-201ENSMUST00000069250 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc137-201ENSMUST00000058370 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Cd151-202ENSMUST00000106000 1865 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Lap3-201ENSMUST00000046122 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Acbd5-203ENSMUST00000114526 3725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Fam81a-201ENSMUST00000034749 3703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Pam-210ENSMUST00000161567 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Farp1-201ENSMUST00000026635 4885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Bnc1-201ENSMUST00000026096 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v1f-203ENSMUST00000149646 806 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Spag7-201ENSMUST00000018431 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9908-201ENSMUST00000211534 448 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 4933405L10Rik-202ENSMUST00000211852 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 AC154806.6-201ENSMUST00000228192 202 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15163-201ENSMUST00000120749 1302 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Sem1-201ENSMUST00000041111 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Cpsf6-206ENSMUST00000176670 2227 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Cpsf6-207ENSMUST00000176686 2200 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Phldb1-211ENSMUST00000135436 2844 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Atp2c1-204ENSMUST00000112558 5642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Cdx4-201ENSMUST00000033689 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d16-203ENSMUST00000207655 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Prkcd-207ENSMUST00000112210 2777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Dlgap4-212ENSMUST00000169464 4851 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Hsf4-206ENSMUST00000173859 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h3h-201ENSMUST00000188775 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h3i-201ENSMUST00000189457 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 AC153872.1-201ENSMUST00000199539 128 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 AC238811.3-201ENSMUST00000225422 709 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15823-201ENSMUST00000064305 670 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Wisp3-201ENSMUST00000076713 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd13a-201ENSMUST00000102578 3717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Fubp3-202ENSMUST00000113482 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr108-201ENSMUST00000005975 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf167-201ENSMUST00000037534 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35 ms