Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Lce1j-202ENSMUST00000186525 703 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Gm45668-201ENSMUST00000211271 493 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Gm16476-201ENSMUST00000221544 139 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Ggn-201ENSMUST00000033886 588 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Prtn3-201ENSMUST00000006679 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Prr23a2-201ENSMUST00000071302 881 ntAPPRIS P1 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Apol7d-201ENSMUST00000097699 826 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Rec114-201ENSMUST00000098674 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Kcnq2-201ENSMUST00000016491 3067 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Fam133b-205ENSMUST00000197082 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Mboat7-201ENSMUST00000038608 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Xrcc1-205ENSMUST00000205573 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Mycl-201ENSMUST00000030407 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Trim50-201ENSMUST00000065785 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Zfp13-202ENSMUST00000115516 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Tmem38a-201ENSMUST00000034244 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Phf1-201ENSMUST00000073724 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Elf3-201ENSMUST00000003135 2095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Rhot1-201ENSMUST00000017831 3029 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Cnot10-206ENSMUST00000216785 1723 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Casz1-202ENSMUST00000122222 7926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Ehmt2-204ENSMUST00000114033 3882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Capn10-201ENSMUST00000027488 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Emx2-201ENSMUST00000062216 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Slc25a29-201ENSMUST00000021693 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Matr3-214ENSMUST00000190029 2845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Arpc4-203ENSMUST00000203578 1323 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Mtmr7-202ENSMUST00000048898 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Rbpms-203ENSMUST00000053251 2466 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Kitl-202ENSMUST00000105283 5648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Dlg5-203ENSMUST00000090398 7851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Gm9522-201ENSMUST00000182394 926 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Poc1a-205ENSMUST00000191434 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Gm37917-201ENSMUST00000194711 392 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Gm43691-201ENSMUST00000196625 697 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 4930592C13Rik-201ENSMUST00000196791 661 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Gm42722-201ENSMUST00000198855 940 ntTSL 3 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 4933405L10Rik-202ENSMUST00000211852 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Coa6-202ENSMUST00000211868 564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Dupd1-202ENSMUST00000224735 548 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Eif4a3-201ENSMUST00000026667 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Tomm34-201ENSMUST00000018466 2302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Ankrd13b-201ENSMUST00000037593 3105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 9530018F02Rik-201ENSMUST00000219513 2599 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Ntrk2-205ENSMUST00000224402 2284 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Prmt6-203ENSMUST00000190378 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 C77080-201ENSMUST00000052602 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Simc1-201ENSMUST00000118072 2116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Gabra5-202ENSMUST00000206382 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Aph1a-202ENSMUST00000056710 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Wdyhv1-201ENSMUST00000067563 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Map2k5-201ENSMUST00000034920 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
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Usf1Q61069 Dnajc6-205ENSMUST00000106933 5191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Slc22a18-201ENSMUST00000052348 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Sprn-201ENSMUST00000059241 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Men1-206ENSMUST00000113502 2652 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Wfikkn1-201ENSMUST00000095487 1981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Fancm-201ENSMUST00000058889 7775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
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Usf1Q61069 Polr2h-201ENSMUST00000021405 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Isca2-201ENSMUST00000021667 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
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Usf1Q61069 Cct7-201ENSMUST00000032078 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Casp2-201ENSMUST00000031895 3529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Cmtm1-202ENSMUST00000160596 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usf1Q61069 Brd3-203ENSMUST00000113941 5289 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Kctd1-202ENSMUST00000168989 3456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 A4galt-202ENSMUST00000164614 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Adam22-201ENSMUST00000046838 2773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Tmem50b-201ENSMUST00000023686 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Tmem8b-203ENSMUST00000107866 4998 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Ankrd50-202ENSMUST00000120875 4945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Prrxl1-203ENSMUST00000187377 1629 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Kcnj14-201ENSMUST00000071937 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Relt-201ENSMUST00000008462 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Ercc1-201ENSMUST00000003645 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Shc1-202ENSMUST00000094378 2617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Mlec-201ENSMUST00000112121 5955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Lamp2-201ENSMUST00000016678 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Gm10406-202ENSMUST00000170738 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Ociad1-202ENSMUST00000071081 1311 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Zfp691-204ENSMUST00000179290 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Igdcc4-202ENSMUST00000077696 6361 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Wdr1-201ENSMUST00000005234 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Snx16-201ENSMUST00000029047 2288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Gm43072-201ENSMUST00000200283 1671 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Rdm1-201ENSMUST00000010506 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Ube2j2-206ENSMUST00000118192 922 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Gm13829-201ENSMUST00000119600 138 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Gm6222-201ENSMUST00000120787 396 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Mtmr2-209ENSMUST00000156801 617 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Ssty1-201ENSMUST00000180056 699 ntAPPRIS P1 BASIC13.45□□□□□ -0.26
Usf1Q61069 Mir7085-201ENSMUST00000184353 66 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24 ms