Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Arhgap10-201ENSMUST00000076316 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gtpbp1-201ENSMUST00000046463 3398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Kcnf1-201ENSMUST00000170580 4789 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Fbln7-201ENSMUST00000028864 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Commd6-201ENSMUST00000100339 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Atp23-202ENSMUST00000168520 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Snrnp48-202ENSMUST00000178564 847 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 AC114585.2-202ENSMUST00000228094 426 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Arl2-201ENSMUST00000025893 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Tesc-201ENSMUST00000031304 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Rps23-201ENSMUST00000051955 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 A230083G16Rik-201ENSMUST00000069553 991 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Fbxo36-201ENSMUST00000097672 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Arl6-202ENSMUST00000099646 1554 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Ski-202ENSMUST00000084103 5309 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Armcx1-202ENSMUST00000051256 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Ociad2-205ENSMUST00000201908 2378 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Amz1-201ENSMUST00000060918 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Tbc1d16-203ENSMUST00000207655 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Nup98-206ENSMUST00000211235 3748 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Clcc1-201ENSMUST00000029483 2224 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gm15850-201ENSMUST00000134998 2049 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Lrrc24-202ENSMUST00000049956 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Echdc1-202ENSMUST00000160399 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Celf4-206ENSMUST00000224553 1729 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gpank1-202ENSMUST00000165306 1518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Sh3glb1-201ENSMUST00000163279 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Tpr-201ENSMUST00000119161 7480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gcat-201ENSMUST00000006544 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Kdm6a-201ENSMUST00000044484 5918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Kdm6a-202ENSMUST00000052368 5935 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Dnaja1-210ENSMUST00000164233 5622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Myef2-207ENSMUST00000147105 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Kcnq2-202ENSMUST00000049792 2920 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Tial1-203ENSMUST00000106228 2835 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 4731419I09Rik-201ENSMUST00000180791 2820 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gm10505-201ENSMUST00000151398 1587 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gatsl3-201ENSMUST00000020699 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Ercc6l2-202ENSMUST00000021926 1592 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Eif4e3-201ENSMUST00000032151 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 March8-213ENSMUST00000203193 4245 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gm45736-201ENSMUST00000210592 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Sncb-201ENSMUST00000036825 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gm13474-201ENSMUST00000122466 815 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Rpl14-201ENSMUST00000165532 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gm19553-201ENSMUST00000175723 494 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gm26664-201ENSMUST00000181140 705 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Creb1-207ENSMUST00000187811 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Arhgef4-208ENSMUST00000211073 171 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 AC122351.1-201ENSMUST00000220467 126 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Tollip-202ENSMUST00000055819 1100 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Plpp1-202ENSMUST00000070951 1272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Pxylp1-203ENSMUST00000119141 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Men1-208ENSMUST00000113504 2663 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Fut11-201ENSMUST00000048016 4163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Sugp2-214ENSMUST00000164403 4099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gata2-202ENSMUST00000170089 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Capn1-201ENSMUST00000025891 3100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Dnase1l1-201ENSMUST00000019232 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Hdgfl2-212ENSMUST00000226053 2270 ntAPPRIS P2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Camta1-211ENSMUST00000169423 5208 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gm29530-201ENSMUST00000187556 1956 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Bbx-204ENSMUST00000114477 4516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Sh2b1-204ENSMUST00000205497 2854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Tvp23b-201ENSMUST00000014321 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Hk2-204ENSMUST00000170833 2792 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Rest-202ENSMUST00000113449 6924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Ube3a-201ENSMUST00000107537 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gde1-201ENSMUST00000038791 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Col2a1-202ENSMUST00000088355 4862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Wbp11-201ENSMUST00000116514 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Dgke-201ENSMUST00000000285 5208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Kif21b-201ENSMUST00000075164 9115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Slco3a1-203ENSMUST00000107453 3793 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Tcea1-202ENSMUST00000165720 2854 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Cnnm2-202ENSMUST00000099373 3558 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Slc34a1-201ENSMUST00000057167 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gm16061-201ENSMUST00000122167 857 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gm26039-201ENSMUST00000158152 144 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 2810405F17Rik-201ENSMUST00000189334 1117 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gm38230-201ENSMUST00000193572 1159 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Kcmf1-206ENSMUST00000206378 544 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Rpl18-202ENSMUST00000209287 1027 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 AC159093.1-201ENSMUST00000227779 380 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 N6amt1-202ENSMUST00000118115 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Dmrta1-201ENSMUST00000052478 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Usp19-201ENSMUST00000006854 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Nsg2-201ENSMUST00000020537 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Zfp358-203ENSMUST00000208423 2200 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Tssc4-201ENSMUST00000060433 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Gm2895-201ENSMUST00000171591 3194 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Grin3a-201ENSMUST00000076674 7431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Suv39h1-201ENSMUST00000115636 2707 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Camkk2-201ENSMUST00000111668 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Mtss1-201ENSMUST00000080371 4938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Slc43a1-201ENSMUST00000028469 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Ahcy-201ENSMUST00000054607 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Hspb7-201ENSMUST00000102486 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Rnf40Q3U319 Stxbp2-207ENSMUST00000160708 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 59 ms