Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC37.29■■■■□ 3.56
Ccdc88bQ4QRL3 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.29■■■■□ 3.56
Ccdc88bQ4QRL3 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.27■■■■□ 3.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC37.26■■■■□ 3.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6217-201ENSMUST00000222182 829 ntAPPRIS P1 BASIC37.26■■■■□ 3.56
Ccdc88bQ4QRL3 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.56
Ccdc88bQ4QRL3 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.26■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Ak2-201ENSMUST00000030583 986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC37.23■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.22■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC37.22■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Npas1-202ENSMUST00000210748 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC37.21■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC37.21■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Spag4-201ENSMUST00000038860 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC37.2■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap9-201ENSMUST00000069548 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10837-201ENSMUST00000100294 1536 ntAPPRIS P1 BASIC37.2■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC37.2■■■■□ 3.55
Ccdc88bQ4QRL3 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC37.19■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Vcpkmt-201ENSMUST00000058639 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC37.18■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC37.18■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.17■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 St7-207ENSMUST00000115418 1678 ntTSL 5 BASIC37.17■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Maf1-204ENSMUST00000160172 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.15■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.14■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC37.14■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC37.13■■■■□ 3.54
Ccdc88bQ4QRL3 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC37.13■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC37.13■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC37.13■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC37.12■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.12■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC37.11■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC37.09■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.08■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10125-205ENSMUST00000161921 1463 ntTSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC37.07■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC37.07■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.07■■■■□ 3.53
Ccdc88bQ4QRL3 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Sds-204ENSMUST00000201684 1288 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.07■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.06■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Pigv-202ENSMUST00000067902 990 ntTSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC37.06■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Asph-201ENSMUST00000038564 1174 ntTSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Asph-205ENSMUST00000098275 1007 ntTSL 5 BASIC37.05■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC37.05■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC37.04■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC37.02■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
Ccdc88bQ4QRL3 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Ubl7-208ENSMUST00000216841 1426 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.01■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf8-206ENSMUST00000111928 1056 ntTSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 1700034H15Rik-201ENSMUST00000069573 1461 ntTSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.99■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC36.98■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC36.97■■■■□ 3.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.1 ms