Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Meg3-208ENSMUST00000143847 706 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5108-201ENSMUST00000177891 543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42612-201ENSMUST00000197986 623 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43170-201ENSMUST00000199827 612 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Rps11-201ENSMUST00000003521 661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Lmna-203ENSMUST00000120377 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gata5-201ENSMUST00000015771 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Pdia2-202ENSMUST00000120333 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 6030408B16Rik-202ENSMUST00000191426 1947 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d12-201ENSMUST00000037302 4209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Dnase1l2-202ENSMUST00000119932 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Hr-203ENSMUST00000161069 5607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ece2-204ENSMUST00000133344 3042 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Nrxn2-208ENSMUST00000137166 6314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ginm1-204ENSMUST00000124838 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Sphk1-211ENSMUST00000141798 1532 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Slc5a5-201ENSMUST00000000809 2928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 A930015D03Rik-201ENSMUST00000173900 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17344-202ENSMUST00000173980 621 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45195-201ENSMUST00000205597 1008 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Epo-201ENSMUST00000031723 715 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem107-201ENSMUST00000075980 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Spo11-201ENSMUST00000050442 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Sprn-201ENSMUST00000059241 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo46-202ENSMUST00000165913 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf11-202ENSMUST00000102585 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Pard3-219ENSMUST00000162309 5659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Srrm1-208ENSMUST00000136342 3152 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Tle4-201ENSMUST00000052011 4555 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Fgfr4-201ENSMUST00000005452 3324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Wac-207ENSMUST00000167020 5208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Dhrs1-201ENSMUST00000002403 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Nme1-202ENSMUST00000107844 452 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r14d-202ENSMUST00000110820 790 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Akirin1-ps-201ENSMUST00000119676 458 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12490-201ENSMUST00000120255 560 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 E130201H02Rik-201ENSMUST00000123576 851 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ift27-201ENSMUST00000016781 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Snx24-201ENSMUST00000025417 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Selenow-201ENSMUST00000044355 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Uqcr10-201ENSMUST00000058407 434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm25857-201ENSMUST00000082788 129 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ftl1-201ENSMUST00000094434 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Rhobtb3-201ENSMUST00000022078 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnip1-202ENSMUST00000101368 2322 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ciart-202ENSMUST00000159739 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Luc7l2-208ENSMUST00000161538 4253 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 A830018L16Rik-201ENSMUST00000048613 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Mospd3-202ENSMUST00000111007 1318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Alx1-208ENSMUST00000219194 1695 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Nrg2-203ENSMUST00000115713 3001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Prrxl1-203ENSMUST00000187377 1629 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15491-201ENSMUST00000133963 751 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Sf3a2-204ENSMUST00000151928 781 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7390-201ENSMUST00000212452 1216 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 AC121598.1-201ENSMUST00000228224 1019 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h3f-201ENSMUST00000075558 1261 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 St7l-201ENSMUST00000059271 5728 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Eef1d-204ENSMUST00000089681 2152 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Scyl1-201ENSMUST00000025890 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Brpf3-201ENSMUST00000004985 5766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Sphk1-205ENSMUST00000106387 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Ydjc-203ENSMUST00000115706 3097 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Vps26a-202ENSMUST00000105447 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45667-201ENSMUST00000210380 1316 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Slc24a3-201ENSMUST00000081121 1788 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
Ccdc88bQ4QRL3 Gamt-202ENSMUST00000105363 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Rnd1-202ENSMUST00000109149 1034 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35e4-202ENSMUST00000109995 3063 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Lamtor3-201ENSMUST00000168345 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9794-201ENSMUST00000202370 423 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan3-203ENSMUST00000215906 842 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35e4-201ENSMUST00000051207 3059 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h3b-201ENSMUST00000091703 620 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Rxra-202ENSMUST00000100251 1952 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Slc29a4-201ENSMUST00000058418 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Ier5-201ENSMUST00000055322 3276 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Nupr1l-201ENSMUST00000178355 1827 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Ggt6-203ENSMUST00000108499 874 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl39-201ENSMUST00000115231 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tpd52-206ENSMUST00000121038 849 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Snhg17-201ENSMUST00000133449 933 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Asb1-205ENSMUST00000188081 1272 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Asb1-206ENSMUST00000188879 1299 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf151-201ENSMUST00000008626 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Rec114-201ENSMUST00000098674 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Cnot7-206ENSMUST00000135269 2461 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Ptgs1-201ENSMUST00000062069 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Spidr-201ENSMUST00000040248 3279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26882-201ENSMUST00000181611 1537 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Impdh1-207ENSMUST00000162099 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Mcrs1-202ENSMUST00000163506 1795 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Lpar5-201ENSMUST00000088292 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Stxbp5-209ENSMUST00000141722 4702 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gtf2ird1-208ENSMUST00000167084 3283 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Ldb3-207ENSMUST00000227819 1499 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Arpc4-203ENSMUST00000203578 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Ocln-205ENSMUST00000160859 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl3-206ENSMUST00000145693 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs19-204ENSMUST00000108772 779 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 94.1 ms