Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Nudcd2-203ENSMUST00000127382 727 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16091-201ENSMUST00000156664 963 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 4930500L23Rik-201ENSMUST00000198000 747 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Ramp3-201ENSMUST00000045374 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Prr23a2-201ENSMUST00000071302 881 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Pogk-204ENSMUST00000135673 2433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Hebp2-201ENSMUST00000020000 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Trp53-206ENSMUST00000171247 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Ccdc88bQ4QRL3 Fam174b-201ENSMUST00000107456 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr91-201ENSMUST00000081214 2682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Atxn7l3-201ENSMUST00000073234 3688 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Uso1-201ENSMUST00000031355 3898 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Sirt3-202ENSMUST00000106048 1416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Tdrd12-205ENSMUST00000205407 1412 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 4930459C07Rik-202ENSMUST00000219638 1805 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Elovl1-201ENSMUST00000006557 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 AC174678.1-201ENSMUST00000228007 2749 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Lonrf3-201ENSMUST00000016383 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Adgrg5-205ENSMUST00000166802 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Dbndd1-201ENSMUST00000176155 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Syt7-205ENSMUST00000224135 1557 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Rapsn-203ENSMUST00000111446 1458 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Pttg1ip-205ENSMUST00000162429 652 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk7-205ENSMUST00000225990 1159 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Cript-201ENSMUST00000024959 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Pmpca-201ENSMUST00000076431 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Rragd-203ENSMUST00000098190 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Lsm12-202ENSMUST00000107156 2015 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15222-202ENSMUST00000228667 1726 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gif-201ENSMUST00000025585 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Nt5c3b-205ENSMUST00000107399 1427 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Krt18-201ENSMUST00000023803 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Sec24a-203ENSMUST00000109092 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Dennd3-201ENSMUST00000043414 5299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Emp2-201ENSMUST00000078357 3440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Sgpp1-202ENSMUST00000220285 3200 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Spns1-203ENSMUST00000119846 2017 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Dhrs4-201ENSMUST00000022821 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h4d-201ENSMUST00000102968 1138 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 AI467606-202ENSMUST00000206102 832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Ifi27-202ENSMUST00000076702 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Pbk-201ENSMUST00000022612 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Nfkbie-201ENSMUST00000024742 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Chaf1b-202ENSMUST00000117099 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Prpf3-207ENSMUST00000161476 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Add1-204ENSMUST00000114338 4007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Pld3-202ENSMUST00000117611 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Zyx-207ENSMUST00000203652 2605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Lgi2-202ENSMUST00000199942 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 AC154231.1-201ENSMUST00000220564 2175 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 4930438A08Rik-201ENSMUST00000108834 2093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Vstm5-201ENSMUST00000034413 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Ptbp2-213ENSMUST00000200097 3777 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Nkd2-202ENSMUST00000118096 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 1700029H14Rik-204ENSMUST00000151400 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37667-201ENSMUST00000193103 752 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Mpv17-207ENSMUST00000201491 923 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 AC238811.1-201ENSMUST00000225302 441 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Acp6-201ENSMUST00000090759 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Aurkc-204ENSMUST00000208049 1401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Agbl5-208ENSMUST00000201168 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Ash2l-201ENSMUST00000068892 3307 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc13-202ENSMUST00000117624 3096 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Phyhip-201ENSMUST00000003561 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Zscan22-204ENSMUST00000120809 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Col15a1-202ENSMUST00000102917 5172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Galnt17-202ENSMUST00000160609 2875 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Tmx4-203ENSMUST00000110120 2602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Synrg-201ENSMUST00000049714 3995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Nt5c3b-201ENSMUST00000092688 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Acbd5-204ENSMUST00000114529 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Nf2-205ENSMUST00000109910 4720 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36839-201ENSMUST00000222088 2093 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4204-201ENSMUST00000110798 1231 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem109-207ENSMUST00000147699 1096 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Naxd-205ENSMUST00000178721 1108 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Fmc1-201ENSMUST00000019833 479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Fam185a-201ENSMUST00000056045 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Mapt-202ENSMUST00000106988 2202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Trim3-205ENSMUST00000147044 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem59l-201ENSMUST00000045286 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc160-201ENSMUST00000101588 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Coasy-201ENSMUST00000001806 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Fmnl2-202ENSMUST00000050719 3380 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Pebp1-202ENSMUST00000111973 779 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12352-201ENSMUST00000154452 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem61-202ENSMUST00000177702 561 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2f-210ENSMUST00000191368 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6218-201ENSMUST00000219812 628 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajb5-201ENSMUST00000037872 3291 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Vmn1r17-201ENSMUST00000227186 2234 ntAPPRIS P2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Clcc1-201ENSMUST00000029483 2224 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Usp51-201ENSMUST00000095755 2204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Tubg2-201ENSMUST00000043654 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 BC001981-202ENSMUST00000191393 1545 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Krt90-201ENSMUST00000023714 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Camk2d-221ENSMUST00000171289 2217 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm22-201ENSMUST00000025506 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 Ighv8-8-201ENSMUST00000192591 358 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc88bQ4QRL3 AC156016.3-201ENSMUST00000228623 344 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.9 ms