Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Gm16973-201ENSMUST00000180682 1299 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
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Rnf40Q3U319 Mgat1-202ENSMUST00000101293 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Etv3-202ENSMUST00000119109 5309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Olfr1411-202ENSMUST00000190844 1821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Necab3-201ENSMUST00000000895 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Hmx2-201ENSMUST00000051997 3102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
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Rnf40Q3U319 Slc8a2-202ENSMUST00000211649 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Sohlh2-201ENSMUST00000029369 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
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Rnf40Q3U319 Zbtb45-202ENSMUST00000172240 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Itpk1-201ENSMUST00000046518 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
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Rnf40Q3U319 Irf7-203ENSMUST00000106023 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Ift52-201ENSMUST00000018002 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Pth1r-204ENSMUST00000198865 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
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Rnf40Q3U319 Sept8-202ENSMUST00000117061 4563 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
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Rnf40Q3U319 Mfsd10-203ENSMUST00000114331 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Elfn2-201ENSMUST00000088592 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Prmt5-201ENSMUST00000023873 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 4930448E22Rik-201ENSMUST00000181712 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Adprh-201ENSMUST00000002923 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Sema5b-202ENSMUST00000120756 4646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Igfbp1-201ENSMUST00000020704 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Slc4a1ap-213ENSMUST00000202950 2499 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Lrwd1-201ENSMUST00000006301 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Ckb-201ENSMUST00000001304 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Ccdc88c-202ENSMUST00000085096 6313 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Tjap1-211ENSMUST00000225080 2412 ntAPPRIS P2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Cbs-202ENSMUST00000078509 2403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Loxl2-201ENSMUST00000022660 5316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Spsb2-203ENSMUST00000112473 1322 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Hmgn1-201ENSMUST00000050884 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Mir1199-201ENSMUST00000117015 119 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
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Rnf40Q3U319 Gm7729-201ENSMUST00000050143 801 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.5 ms