Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Fam20a-201ENSMUST00000020938 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Gm43056-201ENSMUST00000197865 2791 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Proser2-202ENSMUST00000114942 4398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Atat1-214ENSMUST00000149277 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Six3os1-211ENSMUST00000176958 2889 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 4833445I07Rik-201ENSMUST00000193193 1642 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 St3gal3-202ENSMUST00000097912 2143 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Cdsn-201ENSMUST00000044804 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Dnmt3b-202ENSMUST00000072997 4208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Cdk19-202ENSMUST00000095743 3973 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Cdkn2aip-201ENSMUST00000038738 3464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Rbm22-201ENSMUST00000025506 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Zfp664-201ENSMUST00000111417 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Tsc2-221ENSMUST00000228412 5432 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Bnip2-203ENSMUST00000117450 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Ccdc174-201ENSMUST00000037783 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Scube1-201ENSMUST00000016907 3991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Esyt1-201ENSMUST00000026427 3981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Dlg4-201ENSMUST00000018700 3204 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Ern1-203ENSMUST00000106800 654 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 0610009B22Rik-202ENSMUST00000109098 892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Vmn1r207-ps-201ENSMUST00000119931 1073 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Gm13524-201ENSMUST00000125869 662 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Fbxo6-208ENSMUST00000168503 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Gm8520-201ENSMUST00000186517 868 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Gm43377-201ENSMUST00000201640 455 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Syt1-201ENSMUST00000064054 4745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Plxna1-202ENSMUST00000163139 9034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Trim3-201ENSMUST00000057525 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Adgrb2-206ENSMUST00000106018 4470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Arhgef25-202ENSMUST00000167353 2189 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Pak1-205ENSMUST00000206984 2794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Dennd5b-201ENSMUST00000111557 9831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Rbmxl1-202ENSMUST00000211719 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Yod1-201ENSMUST00000049813 6128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Trp53bp2-201ENSMUST00000117245 4361 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Nptn-212ENSMUST00000177292 1390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Fgfr2-207ENSMUST00000117872 4223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Rsrp1-201ENSMUST00000078084 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Ylpm1-207ENSMUST00000168977 4893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Rhoj-201ENSMUST00000055390 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 B3gnt3-201ENSMUST00000034260 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Angel2-202ENSMUST00000066632 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Cul3-201ENSMUST00000163119 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Ptges3l-202ENSMUST00000103102 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Tmprss9-201ENSMUST00000105333 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Chaf1b-202ENSMUST00000117099 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Gm4353-201ENSMUST00000111755 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Lrrc14-210ENSMUST00000155735 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Cmtm1-202ENSMUST00000160596 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Nup35-201ENSMUST00000028382 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Hist1h1e-201ENSMUST00000062045 1930 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Ddc-201ENSMUST00000066237 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Gm5643-201ENSMUST00000117081 966 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Gm43353-201ENSMUST00000199224 1295 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 1700025A08Rik-201ENSMUST00000200753 609 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 2310033P09Rik-201ENSMUST00000020719 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Gm6991-201ENSMUST00000218475 1178 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 CT009713.7-201ENSMUST00000224689 571 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Selenov-201ENSMUST00000056589 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Arid4b-203ENSMUST00000110534 5864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Wsb1-201ENSMUST00000017821 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Phtf2-201ENSMUST00000118174 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Prpf31-202ENSMUST00000108636 1798 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Spg20-201ENSMUST00000044116 3770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Gm7854-202ENSMUST00000187409 1433 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Apbb1-213ENSMUST00000189265 1429 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Ntrk2-208ENSMUST00000225583 2719 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Prickle3-201ENSMUST00000033485 2301 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Nup88-202ENSMUST00000108530 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Usp33-201ENSMUST00000026507 4153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Myo1c-204ENSMUST00000108431 4718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Synm-201ENSMUST00000051389 6953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Chrna4-202ENSMUST00000108851 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Map2k6-201ENSMUST00000020949 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Hnrnpa2b1-201ENSMUST00000069949 1647 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Rnf40Q3U319 Fzd7-201ENSMUST00000114246 4532 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Taok2-201ENSMUST00000071268 4720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Gm12359-202ENSMUST00000141696 713 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Gm12359-203ENSMUST00000153181 680 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Gm29501-201ENSMUST00000186133 530 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Il3ra-205ENSMUST00000224877 1128 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Denr-201ENSMUST00000023869 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Ankrd34b-203ENSMUST00000168871 3397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Elac1-201ENSMUST00000041138 4971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Scn4b-201ENSMUST00000060125 4982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 6030408B16Rik-202ENSMUST00000191426 1947 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Acp7-201ENSMUST00000040112 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 1110008P14Rik-202ENSMUST00000146423 2618 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 1600012H06Rik-203ENSMUST00000174004 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Tmed8-201ENSMUST00000037418 7409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Gm45003-201ENSMUST00000205875 2158 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Ccdc68-201ENSMUST00000043929 1618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Lysmd3-202ENSMUST00000224300 4250 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Ubiad1-201ENSMUST00000051633 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Doc2b-201ENSMUST00000021209 4361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Sall2-202ENSMUST00000135523 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Rnf40Q3U319 Cobl-208ENSMUST00000172919 2566 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.3 ms