Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Dhx16-201ENSMUST00000025292 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Elp6-205ENSMUST00000199592 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 P3h1-204ENSMUST00000121111 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Syne4-201ENSMUST00000054594 1355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Msantd3-202ENSMUST00000064807 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Nrg2-203ENSMUST00000115713 3001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Nrxn1-209ENSMUST00000161402 4953 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Gm14026-201ENSMUST00000120625 1789 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 E230016M11Rik-201ENSMUST00000130657 1764 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 9630013D21Rik-204ENSMUST00000156790 3096 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Slc44a5-201ENSMUST00000089948 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Sept6-203ENSMUST00000115239 1845 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Arl6ip1-201ENSMUST00000032888 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Strn4-201ENSMUST00000019220 3535 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Asb10-203ENSMUST00000119657 1536 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Gm10584-201ENSMUST00000207036 2628 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Vwa8-202ENSMUST00000227255 3406 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Sirt4-202ENSMUST00000112067 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Htr7-202ENSMUST00000164639 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Thap7-201ENSMUST00000100125 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Tpm3-205ENSMUST00000121503 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Gm9727-201ENSMUST00000161387 555 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Nudt3-209ENSMUST00000176876 465 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Rac3-201ENSMUST00000018156 1076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Pts-206ENSMUST00000214873 511 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 1700080E11Rik-201ENSMUST00000035180 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Nudt3-202ENSMUST00000062397 558 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Hs3st3b1-201ENSMUST00000094103 4911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Psmb10-201ENSMUST00000034369 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Chst11-201ENSMUST00000040110 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Slc4a5-203ENSMUST00000113900 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Ggnbp2-213ENSMUST00000172405 2950 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Kif21a-201ENSMUST00000067205 6307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Rufy3-205ENSMUST00000198965 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Ano8-201ENSMUST00000093450 3653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Sirt5-206ENSMUST00000221481 1548 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Hdac2-202ENSMUST00000105510 3250 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Prrt2-201ENSMUST00000159916 2501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Arhgef10l-206ENSMUST00000105799 4508 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 A830012C17Rik-201ENSMUST00000131498 1665 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Gypc-203ENSMUST00000174459 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Dnase2a-201ENSMUST00000003910 1715 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Irgc1-201ENSMUST00000080594 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Mib1-201ENSMUST00000052838 10231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Nnat-202ENSMUST00000109526 1213 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Meig1-203ENSMUST00000115082 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Gm13375-201ENSMUST00000126967 854 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Dusp3-205ENSMUST00000143177 391 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Triqk-201ENSMUST00000143186 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Zfp125-202ENSMUST00000144811 704 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Gm43514-201ENSMUST00000198852 424 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Tbcc-201ENSMUST00000040434 1164 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 D930028M14Rik-201ENSMUST00000098678 1003 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Cnksr3-201ENSMUST00000015346 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Cacna1g-201ENSMUST00000021234 8139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Prelid1-201ENSMUST00000021942 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Sec24a-203ENSMUST00000109092 2094 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Tssc4-201ENSMUST00000060433 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Rbfox3-203ENSMUST00000103023 2809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Fbxl18-201ENSMUST00000035985 2831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Slc22a18-202ENSMUST00000105917 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Cgn-203ENSMUST00000153263 2210 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Acin1-224ENSMUST00000167015 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Tacstd2-201ENSMUST00000058178 1735 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 AC025913.2-201ENSMUST00000220136 1766 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Casp8-201ENSMUST00000027189 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Nelfa-201ENSMUST00000030993 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Ttc14-202ENSMUST00000108210 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Slk-202ENSMUST00000051691 4239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Bbs10-201ENSMUST00000040454 2744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Hnf4a-201ENSMUST00000018094 4356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Pcbp3-201ENSMUST00000001148 2013 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Zc3h13-203ENSMUST00000227049 6144 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 E430024P14Rik-202ENSMUST00000160177 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Gm8237-201ENSMUST00000164484 2051 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Tmem254c-202ENSMUST00000100819 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Gm13597-201ENSMUST00000121239 375 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Gm12260-201ENSMUST00000122447 411 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 2200002J24Rik-201ENSMUST00000013227 333 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Lgals3-204ENSMUST00000150290 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 1700037H04Rik-201ENSMUST00000028800 832 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Tamm41-201ENSMUST00000032461 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Meaf6-201ENSMUST00000055213 872 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Gpam-201ENSMUST00000061856 3832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Pmm1-202ENSMUST00000071462 1059 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Gm11611-201ENSMUST00000134289 1326 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Nell1-201ENSMUST00000081872 6617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Nr1i3-203ENSMUST00000111328 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 AC131586.3-201ENSMUST00000228355 1367 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Gata4-202ENSMUST00000118022 3374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Dnajc2-203ENSMUST00000115193 2416 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Pola2-201ENSMUST00000025752 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Palm3-201ENSMUST00000055077 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Golim4-201ENSMUST00000038563 5546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Narfl-201ENSMUST00000002350 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Tle2-205ENSMUST00000135211 2746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Prdm4-201ENSMUST00000037646 3877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Foxg1-204ENSMUST00000179669 3973 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 Fgfr1op2-204ENSMUST00000111663 2880 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Upf3bQ3ULL6 6430573F11Rik-205ENSMUST00000171777 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.7 ms