Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Fkbp4-201ENSMUST00000032508 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Eml3-202ENSMUST00000224272 2978 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr160-203ENSMUST00000215727 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp13-201ENSMUST00000057029 2139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Cactin-201ENSMUST00000050867 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16279-201ENSMUST00000149452 2945 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Eftud2-202ENSMUST00000107060 3339 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Hs2st1-201ENSMUST00000043325 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl26-204ENSMUST00000209567 2615 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gale-202ENSMUST00000102541 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ghr-203ENSMUST00000110698 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Med26-201ENSMUST00000058534 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Pdlim7-203ENSMUST00000069968 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ifnl2-201ENSMUST00000081684 702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10188-201ENSMUST00000086544 720 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Pdgfrl-201ENSMUST00000034004 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Pnpo-201ENSMUST00000018803 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhg3-201ENSMUST00000075249 5138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ano10-201ENSMUST00000042546 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 E430024P14Rik-202ENSMUST00000160177 2050 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Spock1-203ENSMUST00000185905 2794 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 AC124751.1-201ENSMUST00000222716 1408 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Espnl-202ENSMUST00000176156 2886 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 AI467606-201ENSMUST00000056288 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem255a-203ENSMUST00000089056 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Mxra8-201ENSMUST00000030947 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Cyba-201ENSMUST00000017604 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 AC130829.1-201ENSMUST00000221548 494 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ggn-201ENSMUST00000033886 588 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Dnm2-204ENSMUST00000165766 3063 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Adam15-202ENSMUST00000074582 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gclc-201ENSMUST00000034905 3423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Lrig3-201ENSMUST00000074807 4016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Paxip1-201ENSMUST00000002291 5850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf103-202ENSMUST00000114178 3431 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 B9d1-201ENSMUST00000102657 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 1700037H04Rik-202ENSMUST00000103188 1241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Pla2g2e-202ENSMUST00000105803 381 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Mroh1-217ENSMUST00000162319 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27631-201ENSMUST00000184163 466 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufv3-205ENSMUST00000191598 642 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gtpbp10-211ENSMUST00000198799 648 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Sar1b-201ENSMUST00000020653 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Apoa5-201ENSMUST00000034584 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Bbs10-201ENSMUST00000040454 2744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Atp4b-201ENSMUST00000033826 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Zmynd11-204ENSMUST00000110635 3881 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Tra2a-201ENSMUST00000031841 1799 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ss18-203ENSMUST00000092041 2997 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Aurka-202ENSMUST00000109139 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Snx8-205ENSMUST00000196566 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Aurka-201ENSMUST00000028997 1905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Tnks2-201ENSMUST00000025729 6481 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Klhdc4-210ENSMUST00000174717 1662 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15653-201ENSMUST00000119247 907 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Rab40c-203ENSMUST00000164982 789 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm24694-201ENSMUST00000180054 110 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27663-201ENSMUST00000184839 110 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37267-201ENSMUST00000194222 681 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7730-201ENSMUST00000212486 454 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr70-201ENSMUST00000045766 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 S100a13-201ENSMUST00000048138 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 S100a7a-201ENSMUST00000079286 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Syt7-204ENSMUST00000223586 1344 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10564-201ENSMUST00000097750 3113 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ripk3-203ENSMUST00000178399 1865 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Rxrg-203ENSMUST00000111384 1967 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Nrxn2-201ENSMUST00000077182 6059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gnptab-201ENSMUST00000020251 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Whrn-206ENSMUST00000102867 4013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Plekha1-202ENSMUST00000075181 2301 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Pex11g-202ENSMUST00000111081 666 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Crybb3-205ENSMUST00000120506 804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Tpt1-ps6-201ENSMUST00000121768 523 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Spata3-209ENSMUST00000152501 743 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16215-201ENSMUST00000161990 637 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 2610008E11Rik-204ENSMUST00000220220 799 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Krt25-201ENSMUST00000038004 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Mdm1-208ENSMUST00000219087 1318 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Slc8b1-202ENSMUST00000076051 2661 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Skida1-201ENSMUST00000066885 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf25-201ENSMUST00000027357 1479 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Klhdc8a-201ENSMUST00000046071 4269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Dek-201ENSMUST00000021807 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Rhbg-201ENSMUST00000171887 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Rffl-206ENSMUST00000108173 3489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc16-202ENSMUST00000091059 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4875-201ENSMUST00000118257 786 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44855-201ENSMUST00000205725 362 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36236-201ENSMUST00000220780 701 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Foxg1-204ENSMUST00000179669 3973 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Vdac3-201ENSMUST00000009036 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Sema3c-201ENSMUST00000030568 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl8-201ENSMUST00000036221 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd3-203ENSMUST00000117828 1962 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Txnrd3-202ENSMUST00000101171 2494 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Slc45a4-204ENSMUST00000132607 2457 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Slc9a6-202ENSMUST00000114784 4449 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpa-203ENSMUST00000113603 2169 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33 ms