Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 St7l-211ENSMUST00000200132 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Upf3bQ3ULL6 Cd82-202ENSMUST00000099696 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
Upf3bQ3ULL6 Nfatc1-204ENSMUST00000170905 4896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
Upf3bQ3ULL6 Men1-206ENSMUST00000113502 2652 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Cgnl1-203ENSMUST00000122065 4487 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Sp8-201ENSMUST00000063918 4478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Cstf2-203ENSMUST00000113287 3661 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Aifm1-202ENSMUST00000114945 2221 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Bag4-201ENSMUST00000038498 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Pcdha2-201ENSMUST00000115662 5361 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Irf1-201ENSMUST00000019043 2069 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Nsd3-207ENSMUST00000143445 2416 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Htatip2-201ENSMUST00000085272 1418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Tom1l2-205ENSMUST00000102682 2256 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Sybu-207ENSMUST00000227305 3124 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Cadm3-202ENSMUST00000111220 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Esco1-203ENSMUST00000115864 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Josd2-202ENSMUST00000117324 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 1810026B05Rik-205ENSMUST00000184855 409 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 2010010A06Rik-203ENSMUST00000190465 650 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Ndufb7-201ENSMUST00000036996 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Ntng1-205ENSMUST00000106575 1620 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Ntng1-202ENSMUST00000072596 1620 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Vrk3-201ENSMUST00000002275 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Notch3-201ENSMUST00000087723 8044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Phospho2-202ENSMUST00000112266 2194 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Pqlc1-203ENSMUST00000123750 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Islr2-204ENSMUST00000165276 3989 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Fubp3-201ENSMUST00000055244 3648 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Ptch1-201ENSMUST00000021921 7725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Adrb3-203ENSMUST00000121838 1864 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Hykk-201ENSMUST00000039742 5110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Syt6-201ENSMUST00000090697 4416 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Celf4-206ENSMUST00000224553 1729 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Nfkb1-201ENSMUST00000029812 4117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Adprhl1-201ENSMUST00000033825 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Atp11b-201ENSMUST00000029257 4868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Dnaja1-210ENSMUST00000164233 5622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Actn3-201ENSMUST00000006626 2880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Steap2-205ENSMUST00000115427 3470 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Slc32a1-201ENSMUST00000045738 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 4930429H19Rik-201ENSMUST00000205260 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Zfp703-202ENSMUST00000154256 3152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Trim65-201ENSMUST00000067632 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Rpl13-ps5-201ENSMUST00000117813 630 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Gemin7-204ENSMUST00000122055 609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Sardhos-201ENSMUST00000170435 265 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Gm29501-201ENSMUST00000186133 530 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 AC155714.1-201ENSMUST00000214033 956 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Id4-201ENSMUST00000021810 3849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Lamtor4-201ENSMUST00000062067 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 1110038F14Rik-201ENSMUST00000071792 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 AC130669.1-201ENSMUST00000228537 1672 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Cnot7-206ENSMUST00000135269 2461 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Gm26666-201ENSMUST00000180763 2461 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Acss3-201ENSMUST00000044668 2494 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Naa15-201ENSMUST00000029303 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Fbxo27-201ENSMUST00000039998 1946 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Ppt1-201ENSMUST00000030412 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Celf3-204ENSMUST00000197558 2414 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Rdx-201ENSMUST00000000590 4380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Repin1-202ENSMUST00000118229 3138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Gal3st1-203ENSMUST00000109981 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 P3h1-203ENSMUST00000102662 2977 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Bahd1-201ENSMUST00000036578 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Map3k12-207ENSMUST00000169377 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Pitpnm2-209ENSMUST00000161938 5866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Cdk16-201ENSMUST00000033380 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Naa10-203ENSMUST00000114387 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Ankrd65-202ENSMUST00000165000 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Erdr1-202ENSMUST00000177671 708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Gm5914-202ENSMUST00000182863 375 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Avpi1-201ENSMUST00000018965 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 AW822252-206ENSMUST00000208904 237 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Ly6g6f-201ENSMUST00000038507 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 1010001N08Rik-201ENSMUST00000180789 1967 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Rhd-201ENSMUST00000030627 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 4833422C13Rik-201ENSMUST00000099331 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Snx19-201ENSMUST00000164099 5762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Akirin1-201ENSMUST00000102636 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Dlg5-202ENSMUST00000073687 7784 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Tchh-201ENSMUST00000064257 5823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Mael-202ENSMUST00000194057 1691 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Sgpp1-202ENSMUST00000220285 3200 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Inip-202ENSMUST00000107526 1438 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Ndufab1-203ENSMUST00000123296 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Tmpo-201ENSMUST00000020123 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Cpeb3-201ENSMUST00000079754 5899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Nipal2-201ENSMUST00000040791 4331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Rnf122-205ENSMUST00000217278 1726 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Enah-212ENSMUST00000195059 2832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Tox2-202ENSMUST00000109428 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Lonrf3-201ENSMUST00000016383 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Tnfaip8l1-201ENSMUST00000077788 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Arhgef1-201ENSMUST00000047873 3212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Tma7-203ENSMUST00000192801 386 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Rpl31-205ENSMUST00000194746 703 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Commd5-201ENSMUST00000068407 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Nop56-202ENSMUST00000103198 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Upf3bQ3ULL6 Arhgap11a-204ENSMUST00000110949 4458 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.2 ms