Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Unc5b-201ENSMUST00000077925 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp868-202ENSMUST00000121886 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Csnk1g3-201ENSMUST00000069597 4394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Ydjc-202ENSMUST00000115702 1713 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Pip4k2a-201ENSMUST00000006912 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Spire1-203ENSMUST00000115050 5405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37117-201ENSMUST00000194238 589 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45785-201ENSMUST00000209690 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Pim2-204ENSMUST00000223553 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef17-204ENSMUST00000209041 4516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 N6amt1-202ENSMUST00000118115 1951 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Lrriq4-202ENSMUST00000108267 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Mbp-204ENSMUST00000080658 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Efhd1-201ENSMUST00000027472 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Ccl25-205ENSMUST00000127460 867 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxa7-202ENSMUST00000134367 807 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42787-201ENSMUST00000200879 1164 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Rhbdl2-201ENSMUST00000053202 1217 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6471-201ENSMUST00000097935 805 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Poglut1-201ENSMUST00000036210 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem204-201ENSMUST00000024984 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Large2-214ENSMUST00000176774 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf3-210ENSMUST00000105346 2839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Bcat2-202ENSMUST00000120864 1536 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Ankle2-202ENSMUST00000086674 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21009-201ENSMUST00000197169 1669 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Itfg2-206ENSMUST00000203374 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Fuca1-201ENSMUST00000030434 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap1-3-201ENSMUST00000104930 879 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Trav13-3-201ENSMUST00000117226 336 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Mansc4-202ENSMUST00000123367 542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 4930478K11Rik-201ENSMUST00000181875 715 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gm30437-201ENSMUST00000206086 1201 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 0610005C13Rik-209ENSMUST00000211209 974 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Htr3a-202ENSMUST00000217289 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Acot10-201ENSMUST00000052910 1537 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp703-202ENSMUST00000154256 3152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Chchd4-201ENSMUST00000040835 3472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Frmd4a-201ENSMUST00000075767 6761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42918-201ENSMUST00000199249 1580 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Lrch3-210ENSMUST00000170201 2902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Pex5-202ENSMUST00000080557 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 AC149588.3-201ENSMUST00000227515 150 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Hfe-201ENSMUST00000006787 516 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Mlf1-202ENSMUST00000077916 1114 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Hfe-203ENSMUST00000091707 816 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Smarca4-202ENSMUST00000098948 6376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Vps37c-201ENSMUST00000087951 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Stim2-204ENSMUST00000201469 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Isoc2a-201ENSMUST00000125249 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs6-203ENSMUST00000185665 2201 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Grb7-201ENSMUST00000019456 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Hic2-202ENSMUST00000115698 2765 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gbgt1-203ENSMUST00000163121 1335 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Chchd5-201ENSMUST00000035481 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Taz-201ENSMUST00000069722 1851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Ano8-204ENSMUST00000213382 3785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem119-201ENSMUST00000067853 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15321-201ENSMUST00000121290 288 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11535-201ENSMUST00000145517 778 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Wfdc2-201ENSMUST00000017867 849 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 5430431A17Rik-201ENSMUST00000206342 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16476-201ENSMUST00000221544 139 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Med8-202ENSMUST00000073881 1052 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 4930425O10Rik-201ENSMUST00000197761 1418 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Fam160a2-203ENSMUST00000118726 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Aaed1-207ENSMUST00000222570 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Myo1b-203ENSMUST00000114537 4618 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6263-201ENSMUST00000120029 1342 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Slc39a4-201ENSMUST00000073428 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Bloc1s3-201ENSMUST00000077408 3188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Fam219b-201ENSMUST00000093833 3001 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem241-202ENSMUST00000055447 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Nap1l4-206ENSMUST00000208190 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Crym-201ENSMUST00000033198 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem170-201ENSMUST00000034431 3878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 4921504A21Rik-201ENSMUST00000180594 2156 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ush1c-207ENSMUST00000176371 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Prrt2-201ENSMUST00000159916 2501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb16-202ENSMUST00000216150 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Kif16bos-201ENSMUST00000124774 495 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 AC151971.1-201ENSMUST00000217329 993 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Hs3st5-203ENSMUST00000168572 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Cadps-202ENSMUST00000112657 5455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ldoc1-201ENSMUST00000075983 1459 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc19-201ENSMUST00000064192 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Kat2a-201ENSMUST00000006973 3043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem269-202ENSMUST00000212054 1504 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14780-201ENSMUST00000118387 2737 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Col4a3bp-203ENSMUST00000179226 3040 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Fgfr1-215ENSMUST00000179592 5041 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6222-201ENSMUST00000120787 396 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 1700007J10Rik-202ENSMUST00000153431 1111 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnh-202ENSMUST00000163600 1055 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gltpd2-202ENSMUST00000179000 794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 A330069E16Rik-201ENSMUST00000181191 887 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38182-203ENSMUST00000192984 993 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Pcdhgc5-204ENSMUST00000193941 593 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 AC090659.2-201ENSMUST00000225378 1186 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
Ccdc88bQ4QRL3 Jup-202ENSMUST00000107403 2386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 139.8 ms