Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Atat1-203ENSMUST00000077494 1340 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Rap2a-201ENSMUST00000062117 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a47-201ENSMUST00000057026 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Dyx1c1-202ENSMUST00000098567 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Rxra-201ENSMUST00000077257 4905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Fam217a-204ENSMUST00000225242 1811 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Jph4-202ENSMUST00000124493 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc9-202ENSMUST00000218362 4754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Rapgef1-203ENSMUST00000102872 6402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Map3k3-201ENSMUST00000002044 3450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26755-201ENSMUST00000180703 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Hps1-201ENSMUST00000026194 2647 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 BC037039-201ENSMUST00000192003 2205 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Ebag9-202ENSMUST00000226165 1931 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Miip-202ENSMUST00000119975 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Cend1-202ENSMUST00000124444 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Cdcp2-202ENSMUST00000221740 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Jakmip3-201ENSMUST00000106111 1571 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Mtss1l-201ENSMUST00000052457 4717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem176b-203ENSMUST00000166247 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Id1-202ENSMUST00000109824 1160 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl34-203ENSMUST00000133802 711 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Mir7684-201ENSMUST00000183858 60 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Smim22-206ENSMUST00000184256 381 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2j2-213ENSMUST00000166489 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Map1s-201ENSMUST00000019405 3314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Agfg1-201ENSMUST00000063380 2896 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp764-201ENSMUST00000059199 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Mindy4-203ENSMUST00000204842 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Slc22a7-201ENSMUST00000087012 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Pld4-201ENSMUST00000063888 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Pqlc1-204ENSMUST00000129043 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 1810014B01Rik-201ENSMUST00000181587 1661 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Rcbtb2-226ENSMUST00000171767 2692 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpul2-201ENSMUST00000096753 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Bcam-201ENSMUST00000003061 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Wac-215ENSMUST00000171042 2205 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37596-201ENSMUST00000193565 1021 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl27-201ENSMUST00000025278 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Uhrf2-201ENSMUST00000025739 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Ccdc88bQ4QRL3 Otop3-201ENSMUST00000019006 2422 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpn6-210ENSMUST00000174265 1743 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Fam46c-201ENSMUST00000061455 5640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Pcdhgc4-203ENSMUST00000195239 2272 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Cxxc5-201ENSMUST00000060722 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Ebf3-201ENSMUST00000033378 4838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Tfap2a-203ENSMUST00000223869 2037 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17315-201ENSMUST00000181408 2504 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Csnk1e-202ENSMUST00000120859 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp21a2-ps-201ENSMUST00000172970 1383 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Chst10-201ENSMUST00000027249 2975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Tmtc4-201ENSMUST00000037726 3416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Ppm1m-201ENSMUST00000076258 1811 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 C2cd2l-206ENSMUST00000214602 2808 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14719-201ENSMUST00000121891 340 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Tex12-202ENSMUST00000217236 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Dpagt1-201ENSMUST00000054708 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Mapk14-201ENSMUST00000004990 3547 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Mapk14-202ENSMUST00000062694 3547 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Chn1-209ENSMUST00000166199 3876 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Sntb2-201ENSMUST00000047425 3225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Dock1-206ENSMUST00000211593 2589 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10044-201ENSMUST00000081331 1312 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 3110082I17Rik-204ENSMUST00000198474 2030 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Igfbp4-204ENSMUST00000140772 742 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Myoz3-201ENSMUST00000056533 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Dpm1-209ENSMUST00000154111 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Mier2-201ENSMUST00000062855 2562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 A530083I20Rik-203ENSMUST00000214426 1855 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Sh2d4a-201ENSMUST00000066594 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb14-201ENSMUST00000062369 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Syp-201ENSMUST00000069520 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Prkg1-206ENSMUST00000182685 1628 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Fam219a-201ENSMUST00000108049 3296 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Mmab-202ENSMUST00000112245 644 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14767-201ENSMUST00000121559 586 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Kxd1-204ENSMUST00000121623 884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Nfya-203ENSMUST00000159063 1255 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Mocs2-207ENSMUST00000166104 1193 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27989-201ENSMUST00000184721 107 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Plch2-212ENSMUST00000186598 2119 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44344-201ENSMUST00000200287 129 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 AC132863.2-201ENSMUST00000226643 799 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Kxd1-201ENSMUST00000093456 1216 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Nkpd1-202ENSMUST00000207576 2916 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Pias2-201ENSMUST00000114776 2089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gnat1-201ENSMUST00000010205 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 C130074G19Rik-201ENSMUST00000048308 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4425-201ENSMUST00000172838 2857 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Prodh-201ENSMUST00000003620 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf3-202ENSMUST00000020379 2829 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc22-201ENSMUST00000061295 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Ggh-201ENSMUST00000098242 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Ntan1-202ENSMUST00000115805 984 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15701-201ENSMUST00000129559 573 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11773-201ENSMUST00000138256 497 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20412-201ENSMUST00000173249 633 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm34866-201ENSMUST00000196146 515 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43703-201ENSMUST00000200523 763 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 159.2 ms