Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Lgr6-202ENSMUST00000137968 2820 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Lrch3-210ENSMUST00000170201 2902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Mrps27-201ENSMUST00000052249 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Dnajc8-205ENSMUST00000105939 746 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Cryba4-202ENSMUST00000112383 754 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Gm15458-201ENSMUST00000156950 709 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Lsamp-207ENSMUST00000189229 637 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Lsamp-210ENSMUST00000191610 1297 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Pemt-201ENSMUST00000000310 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Pdzd11-201ENSMUST00000015812 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Rabl2-201ENSMUST00000023294 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Ndufab1-203ENSMUST00000123296 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 A4galt-202ENSMUST00000164614 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Gm4353-201ENSMUST00000111755 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Agpat1-202ENSMUST00000114140 1941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Agpat1-208ENSMUST00000174595 1911 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Nup35-201ENSMUST00000028382 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Pou3f2-201ENSMUST00000178174 5587 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Atxn7l2-203ENSMUST00000117784 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Rabggta-201ENSMUST00000062861 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Itpkc-201ENSMUST00000003850 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Crybb3-202ENSMUST00000117143 749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Rpl9-202ENSMUST00000118543 1193 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Gm11773-201ENSMUST00000138256 497 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Igfbp4-204ENSMUST00000140772 742 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Prrg2-207ENSMUST00000210500 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 CT025555.1-201ENSMUST00000225901 1217 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Prg3-201ENSMUST00000028466 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Reep6-201ENSMUST00000040081 850 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Polr2j-201ENSMUST00000041366 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Myoz3-201ENSMUST00000056533 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Serinc2-203ENSMUST00000122374 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Rasgrp1-207ENSMUST00000178884 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Hist1h2ac-201ENSMUST00000171127 2482 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Gas2l2-201ENSMUST00000052521 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Lmna-202ENSMUST00000036252 1536 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Ddx39-201ENSMUST00000019576 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Slc22a16-202ENSMUST00000078314 2269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Crem-228ENSMUST00000150235 2662 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Serpine2-201ENSMUST00000027467 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Noc4l-201ENSMUST00000042147 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Shcbp1l-201ENSMUST00000042373 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Gbgt1-203ENSMUST00000163121 1335 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Plcxd1-201ENSMUST00000086687 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Sorbs1-225ENSMUST00000226047 2582 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Dnajc8-206ENSMUST00000105940 772 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Lyrm1-203ENSMUST00000106517 1279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Gm12017-201ENSMUST00000122453 1003 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Khdc3-202ENSMUST00000167514 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Gm27989-201ENSMUST00000184721 107 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 5430405H02Rik-203ENSMUST00000185402 904 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 2410002F23Rik-214ENSMUST00000186606 748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 4930408O17Rik-202ENSMUST00000222624 1131 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Gzma-201ENSMUST00000023897 878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Slc25a39-201ENSMUST00000018821 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Dlgap1-201ENSMUST00000060072 5420 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Shank3-202ENSMUST00000066545 4702 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Plcl1-201ENSMUST00000042986 6580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Washc1-202ENSMUST00000116556 2887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Il11ra1-204ENSMUST00000108042 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Pnpla2-202ENSMUST00000064151 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Homer2-206ENSMUST00000207983 1634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Rnf25-202ENSMUST00000113721 1451 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Fam178b-202ENSMUST00000170295 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Mtg2-201ENSMUST00000087563 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Pde4b-208ENSMUST00000106911 3020 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Hsdl2-201ENSMUST00000030078 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 P4ha2-201ENSMUST00000019050 2230 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Higd1a-201ENSMUST00000060251 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Ush1c-208ENSMUST00000177212 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Trafd1-202ENSMUST00000120784 2425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Ppdpf-202ENSMUST00000108841 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Serpinf1-202ENSMUST00000125982 605 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Spata3-209ENSMUST00000152501 743 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Rab40c-203ENSMUST00000164982 789 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 2700012I20Rik-201ENSMUST00000180525 684 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Mir7684-201ENSMUST00000183858 60 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Prss29-201ENSMUST00000024993 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Fgf2-208ENSMUST00000200585 5973 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Rd3-203ENSMUST00000181512 1760 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Mapk8ip3-205ENSMUST00000119115 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Cfap20-208ENSMUST00000213086 2544 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Cap1-203ENSMUST00000106257 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Foxo3-201ENSMUST00000056974 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Med26-201ENSMUST00000058534 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Zfp995-205ENSMUST00000190066 2221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Dera-201ENSMUST00000087675 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Nedd4l-202ENSMUST00000163516 8163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Wdr91-201ENSMUST00000081214 2682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Matk-203ENSMUST00000119547 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Lhfpl3-202ENSMUST00000197992 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Mapk8ip3-201ENSMUST00000088345 5543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Snx8-201ENSMUST00000031539 2627 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Rabepk-203ENSMUST00000118108 1431 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Sec31a-201ENSMUST00000094578 4228 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 D430001F17Rik-201ENSMUST00000141344 1858 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Pnpo-201ENSMUST00000018803 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Rab4a-201ENSMUST00000117702 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 4930417O22Rik-201ENSMUST00000123249 1184 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Gm12981-201ENSMUST00000131733 622 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.4 ms