Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Acly-202ENSMUST00000107385 1741 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Slc35c2-204ENSMUST00000109300 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Sez6-202ENSMUST00000093995 4239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Slc24a3-201ENSMUST00000081121 1788 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Pid1-207ENSMUST00000177458 2521 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Smtnl2-202ENSMUST00000108500 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Usp4P35123 9330121J05Rik-201ENSMUST00000192267 3009 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Nat8f3-201ENSMUST00000050780 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Top3b-201ENSMUST00000023465 3073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Tmtc2-201ENSMUST00000061506 5629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Hoxd3-203ENSMUST00000111983 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Nipal3-201ENSMUST00000102549 5153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Naa10-204ENSMUST00000114389 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gm15372-201ENSMUST00000120729 834 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 C530008M17Rik-205ENSMUST00000121851 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Platr15-201ENSMUST00000147128 768 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Rnf5-201ENSMUST00000015622 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 H2-T-ps-201ENSMUST00000172538 1067 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Sbsn-202ENSMUST00000182227 432 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Sbsn-203ENSMUST00000182229 732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 4930519L02Rik-201ENSMUST00000197683 619 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gm2270-201ENSMUST00000222858 797 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Otop3-201ENSMUST00000019006 2422 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Slc35a2-202ENSMUST00000115660 3094 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gal3st1-203ENSMUST00000109981 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Tmtc4-201ENSMUST00000037726 3416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Rnf44-211ENSMUST00000134862 3797 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Arf1-201ENSMUST00000061242 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Mastl-201ENSMUST00000028119 5590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Ppif-201ENSMUST00000022419 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Large2-214ENSMUST00000176774 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Kcnip4-201ENSMUST00000087395 2366 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Fech-201ENSMUST00000025484 2901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Zfp574-201ENSMUST00000053410 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Mef2d-204ENSMUST00000119251 3488 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Tmem40-202ENSMUST00000112946 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Dlat-201ENSMUST00000034567 4035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Sdk1-202ENSMUST00000085774 10352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Coasy-201ENSMUST00000001806 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gck-202ENSMUST00000109822 1786 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Nrxn1-209ENSMUST00000161402 4953 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Klk12-202ENSMUST00000107970 1115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gmnn-202ENSMUST00000110382 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gm21887-202ENSMUST00000179760 483 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 AC159301.1-201ENSMUST00000225130 1182 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Ifi27l2a-201ENSMUST00000055071 463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Dtd2-201ENSMUST00000021339 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Klhl42-201ENSMUST00000036003 6267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Ilvbl-209ENSMUST00000218885 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Pqlc1-204ENSMUST00000129043 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Dym-201ENSMUST00000039608 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Casp8ap2-201ENSMUST00000029950 6799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gm45546-201ENSMUST00000211053 2394 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Letmd1-201ENSMUST00000037001 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Wnk2-207ENSMUST00000159559 6584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Megf11-210ENSMUST00000164113 6018 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Vps53-201ENSMUST00000056601 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Sgcd-201ENSMUST00000077221 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Cep170-205ENSMUST00000192961 2708 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Ralbp1-201ENSMUST00000024905 3765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Chodl-201ENSMUST00000023568 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Luc7l3-201ENSMUST00000021226 3373 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Tmem198b-201ENSMUST00000051011 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Ece2-201ENSMUST00000003898 3152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Cgrrf1-204ENSMUST00000140114 419 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gm18733-201ENSMUST00000173950 856 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Smco4-202ENSMUST00000178999 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gm7507-201ENSMUST00000183053 1008 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gm37280-201ENSMUST00000194583 375 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gm45091-201ENSMUST00000205799 504 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 AC108846.1-201ENSMUST00000214531 513 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Ank1-201ENSMUST00000033947 1030 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Smco4-201ENSMUST00000045620 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 8030474K03Rik-202ENSMUST00000151231 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Ppp2r2c-201ENSMUST00000031003 4088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gm38318-201ENSMUST00000195769 1706 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Rbbp9-201ENSMUST00000028915 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Prr15-201ENSMUST00000059138 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Pgm2l1-202ENSMUST00000084935 8834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Hoxaas3-202ENSMUST00000136806 2207 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gm26578-201ENSMUST00000181702 4611 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Wnt11-201ENSMUST00000067495 3451 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Prkag1-201ENSMUST00000168846 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Cdr2l-201ENSMUST00000053288 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Chuk-201ENSMUST00000026217 3502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Crmp1-202ENSMUST00000114158 3051 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Ttpa-202ENSMUST00000117632 3123 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Nkx6-1-201ENSMUST00000044125 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Xpo1-202ENSMUST00000102869 6004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Cmc2-205ENSMUST00000148235 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 AC131104.1-201ENSMUST00000222118 1739 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Krt25-201ENSMUST00000038004 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Slc43a1-203ENSMUST00000111625 2487 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Dlc1-203ENSMUST00000098826 6241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Runx2-203ENSMUST00000113572 6463 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Arhgef33-202ENSMUST00000223878 3253 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Arhgef33-201ENSMUST00000068175 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Alas2-201ENSMUST00000066337 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gm26702-201ENSMUST00000181730 4570 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Usp4P35123 Gm7935-201ENSMUST00000100555 1278 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.5 ms