Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

Predictions only

Length 892 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Sh3rf1Q69ZI1 Ube2f-201ENSMUST00000059743 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
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Sh3rf1Q69ZI1 Trip10-202ENSMUST00000224152 1812 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Sh3rf1Q69ZI1 Syt3-201ENSMUST00000118831 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
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