Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Shpk-201ENSMUST00000006105 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Cep55-203ENSMUST00000169673 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Trmt1-201ENSMUST00000001974 2567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Gnat1-201ENSMUST00000010205 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Fbln1-202ENSMUST00000109432 2273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Rasgrp2-208ENSMUST00000113476 2296 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Gypc-203ENSMUST00000174459 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Cndp2-201ENSMUST00000025546 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Sgta-202ENSMUST00000218208 1964 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Fbxo5-201ENSMUST00000019907 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Cul7-201ENSMUST00000043464 5530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Phldb1-201ENSMUST00000034611 5461 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 4921539H07Rik-202ENSMUST00000200072 1665 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Dmap1-201ENSMUST00000102687 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Akt2-202ENSMUST00000085917 1392 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Gm38392-202ENSMUST00000165196 1303 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Rps27a-202ENSMUST00000102845 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Dcxr-202ENSMUST00000106148 830 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Rnf181-203ENSMUST00000114095 869 ntTSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Gm11729-201ENSMUST00000124901 713 ntTSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Gm6728-201ENSMUST00000178117 1065 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Gm20033-201ENSMUST00000180470 572 ntTSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Gm9172-201ENSMUST00000212092 954 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 AC127349.1-201ENSMUST00000224590 266 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Mpc2-201ENSMUST00000027853 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Ptprs-202ENSMUST00000086828 5608 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Arhgef1-201ENSMUST00000047873 3212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 P3h1-204ENSMUST00000121111 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Lonrf3-201ENSMUST00000016383 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Fam208b-201ENSMUST00000096069 8338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Ttc14-202ENSMUST00000108210 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Nhlh2-202ENSMUST00000196324 2647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Casp8-201ENSMUST00000027189 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Map3k12-207ENSMUST00000169377 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Hmgn1-201ENSMUST00000050884 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Otol1-201ENSMUST00000053013 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Dhx9-201ENSMUST00000042141 4616 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Wfikkn1-201ENSMUST00000095487 1981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Vsig10-202ENSMUST00000111967 4236 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Rbfox3-203ENSMUST00000103023 2809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Enah-212ENSMUST00000195059 2832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Rbm33-202ENSMUST00000059644 9510 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Gm4353-201ENSMUST00000111755 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Gm13337-201ENSMUST00000119183 1594 ntBASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Nup35-201ENSMUST00000028382 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Lmo4-203ENSMUST00000121796 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Ppt2-205ENSMUST00000169067 1392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Arpc1b-211ENSMUST00000196111 1394 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Erbb2-201ENSMUST00000058295 5012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Kif12-201ENSMUST00000030042 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Hoxaas3-202ENSMUST00000136806 2207 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Itsn1-202ENSMUST00000064797 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Dguok-202ENSMUST00000113888 1007 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Mzt2-202ENSMUST00000117136 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Dguok-201ENSMUST00000014698 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Tmem208-201ENSMUST00000015000 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Gm43077-201ENSMUST00000200602 491 ntTSL 3 BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Nsg1-204ENSMUST00000201363 820 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Stum-205ENSMUST00000211561 1063 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Xpa-201ENSMUST00000030013 955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Fnip2-201ENSMUST00000076136 3775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Tcf3-208ENSMUST00000105344 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
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Use1Q9CQ56 Slc39a11-201ENSMUST00000042657 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.09
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Use1Q9CQ56 Gm10814-201ENSMUST00000180505 1933 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Abhd15-201ENSMUST00000094004 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Fam53b-203ENSMUST00000097999 5465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Adam9-202ENSMUST00000084035 3985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Senp1-204ENSMUST00000180657 3806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Ints10-203ENSMUST00000110241 2322 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Rhot1-202ENSMUST00000055056 4260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Tox2-202ENSMUST00000109428 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Tdrd6-201ENSMUST00000045717 7055 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Ifngr2-201ENSMUST00000023687 3254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Rab9-202ENSMUST00000112091 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Fam8a1-201ENSMUST00000099547 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Ankrd33b-204ENSMUST00000123325 7466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Zfp36l2-201ENSMUST00000060366 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Ggnbp2-213ENSMUST00000172405 2950 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Cnksr3-201ENSMUST00000015346 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Kcnh4-202ENSMUST00000107363 3948 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Kdm4b-202ENSMUST00000086835 4360 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 2310009B15Rik-201ENSMUST00000112025 565 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Gm16181-201ENSMUST00000118793 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Gm44454-201ENSMUST00000198541 138 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Shc3-203ENSMUST00000223543 1241 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Myoz1-201ENSMUST00000090469 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 AC131104.1-201ENSMUST00000222118 1739 ntTSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Arhgap44-203ENSMUST00000093002 3982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Pla2g2c-201ENSMUST00000030530 1618 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Mkrn3-201ENSMUST00000094340 2547 ntAPPRIS P1 BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Psen2-201ENSMUST00000010753 2004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Slc41a3-202ENSMUST00000044019 2412 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Vav1-204ENSMUST00000169220 2810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Acd-201ENSMUST00000042608 3154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
Use1Q9CQ56 Myh14-202ENSMUST00000107899 6390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
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