Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Ppib-201ENSMUST00000034947 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gm7729-201ENSMUST00000050143 801 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Sh2b3-204ENSMUST00000122426 2777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Pmm1-201ENSMUST00000023112 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Mfsd10-203ENSMUST00000114331 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Rad18-201ENSMUST00000068487 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Sgk1-202ENSMUST00000092673 2576 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Medag-201ENSMUST00000093110 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Cacnb1-201ENSMUST00000017552 3396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Tbc1d20-201ENSMUST00000028963 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Kdr-201ENSMUST00000113516 5924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Traf3ip1-201ENSMUST00000047242 3474 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Rims3-201ENSMUST00000071093 6505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gm13285-201ENSMUST00000179725 1462 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Cryl1-201ENSMUST00000022517 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Kctd14-204ENSMUST00000205577 2310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Rhoj-202ENSMUST00000118602 2396 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Znfx1-201ENSMUST00000048988 7218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Ush1c-202ENSMUST00000078680 2047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Syt17-204ENSMUST00000203796 2957 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Bag4-201ENSMUST00000038498 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Edem3-204ENSMUST00000191070 3127 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Rnf141-201ENSMUST00000106682 1101 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 1810010H24Rik-201ENSMUST00000106767 1100 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Alkal1-201ENSMUST00000133144 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Ankrd23-204ENSMUST00000194853 1073 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 1810010D01Rik-204ENSMUST00000208788 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Mzt1-203ENSMUST00000227948 952 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Pnmt-201ENSMUST00000041301 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Cspg5-201ENSMUST00000035058 3870 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 0610005C13Rik-207ENSMUST00000210866 2434 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Sox5-202ENSMUST00000077160 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Shank1-201ENSMUST00000107934 6477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Lrig2-207ENSMUST00000199070 5991 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gtf3c4-204ENSMUST00000171404 7127 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Pcbp3-201ENSMUST00000001148 2013 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gm4793-201ENSMUST00000067468 2616 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Lrp6-201ENSMUST00000032322 9368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Acot10-201ENSMUST00000052910 1537 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Cpz-201ENSMUST00000038676 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Tcf19-202ENSMUST00000160885 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Stxbp1-201ENSMUST00000050000 3892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Slc10a3-202ENSMUST00000073067 1910 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Dtx3-202ENSMUST00000116229 1994 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Sacm1l-201ENSMUST00000026270 3558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Ak1-203ENSMUST00000113278 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Gm12134-201ENSMUST00000122109 520 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Pym1-202ENSMUST00000163377 1158 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Epsti1-202ENSMUST00000169978 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 E2f7-205ENSMUST00000173634 827 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Gm19553-201ENSMUST00000175723 494 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Gm28659-201ENSMUST00000188013 759 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Gm31727-201ENSMUST00000210102 360 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Epsti1-203ENSMUST00000227903 1178 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 3110040N11Rik-201ENSMUST00000026092 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Sfta3-ps-205ENSMUST00000220379 2187 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Rspry1-202ENSMUST00000121101 3092 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Atat1-214ENSMUST00000149277 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Gm5049-201ENSMUST00000195878 1590 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Pdzrn3-201ENSMUST00000075994 4104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Arvcf-205ENSMUST00000115614 4698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Rai2-202ENSMUST00000112338 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Galnt14-201ENSMUST00000024858 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Crtc3-201ENSMUST00000122255 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 9130017K11Rik-202ENSMUST00000135670 3338 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Wbp2-202ENSMUST00000106444 1012 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Psma3-204ENSMUST00000160864 859 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 2010010A06Rik-202ENSMUST00000186356 694 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Rnf13-209ENSMUST00000199041 1062 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 AC153527.1-201ENSMUST00000220412 602 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Arhgap44-201ENSMUST00000047463 4074 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Rab34-201ENSMUST00000002128 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 2810039B14Rik-201ENSMUST00000183928 1459 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Pla2g2c-201ENSMUST00000030530 1618 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Cxcr3-201ENSMUST00000056614 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Prkcz2-201ENSMUST00000206136 1756 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Gm16565-201ENSMUST00000159138 2181 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Mfsd2a-201ENSMUST00000030408 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Slc52a3-203ENSMUST00000109859 2204 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Ppef2-201ENSMUST00000031359 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Ppp1r18-204ENSMUST00000144382 2536 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Cep55-203ENSMUST00000169673 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Fam169b-206ENSMUST00000210558 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Thap12-201ENSMUST00000033009 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Garem2-201ENSMUST00000058045 3865 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Spon1-202ENSMUST00000084696 5201 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Kdm8-201ENSMUST00000033010 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Zfp446-204ENSMUST00000108537 2178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Camk1g-204ENSMUST00000169907 1968 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Sphk1-204ENSMUST00000106386 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Spdef-201ENSMUST00000025054 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Rom1-201ENSMUST00000096242 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Olfr129-201ENSMUST00000122318 993 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Pqlc1-208ENSMUST00000144468 1050 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Gm26661-201ENSMUST00000181025 471 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Gm38186-201ENSMUST00000192574 449 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Sdhaf4-201ENSMUST00000027338 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Vldlr-202ENSMUST00000047645 3260 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Fzd6-202ENSMUST00000179165 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Impdh1-207ENSMUST00000162099 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.6 ms