Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

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Length 396 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 Nmur1-203ENSMUST00000212541 1534 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
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Atg4aQ8C9S8 Best4-ps-201ENSMUST00000129783 1380 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Nap1l1-206ENSMUST00000219143 1365 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Gm3739-201ENSMUST00000165744 2011 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Men1-206ENSMUST00000113502 2652 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 6430573F11Rik-205ENSMUST00000171777 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Uxs1-202ENSMUST00000126008 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Kdm2a-202ENSMUST00000075856 7242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Retreg3-202ENSMUST00000107295 3179 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Gm16759-204ENSMUST00000191455 4272 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Skor1-203ENSMUST00000119146 3610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Wipf3-204ENSMUST00000132855 4516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Sox13-205ENSMUST00000153799 3693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Cdk12-203ENSMUST00000107539 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Trim65-201ENSMUST00000067632 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Cdh2-201ENSMUST00000025166 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Ttc16-202ENSMUST00000091059 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Tmpo-201ENSMUST00000020123 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Zfp281-201ENSMUST00000047734 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Ndufs7-202ENSMUST00000105364 983 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Rhox2h-201ENSMUST00000115162 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Ftl2-ps-201ENSMUST00000118517 552 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Sec22b-202ENSMUST00000122288 1177 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Washc3-202ENSMUST00000171151 837 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Gm27628-201ENSMUST00000184911 107 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Gnptg-201ENSMUST00000038973 1234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Gm15590-201ENSMUST00000078419 552 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
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Atg4aQ8C9S8 Zmynd11-204ENSMUST00000110635 3881 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
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Atg4aQ8C9S8 Pqlc1-203ENSMUST00000123750 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Tex19.2-201ENSMUST00000039146 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Kdf1-203ENSMUST00000121797 2256 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Ankrd13a-201ENSMUST00000102578 3717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
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Atg4aQ8C9S8 Itpripl1-201ENSMUST00000110386 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
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Atg4aQ8C9S8 Wt1-202ENSMUST00000111099 2441 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Gm8242-201ENSMUST00000193029 1420 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
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Atg4aQ8C9S8 Gm15559-201ENSMUST00000132267 2260 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
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Atg4aQ8C9S8 Ucn-202ENSMUST00000201184 499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
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Atg4aQ8C9S8 Sik2-201ENSMUST00000041375 3552 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Dcaf13-201ENSMUST00000022909 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Gal3st1-203ENSMUST00000109981 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Cbfa2t3-202ENSMUST00000064674 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Mmp14-201ENSMUST00000089688 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Cmtm4-201ENSMUST00000179802 7734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Adamts19-201ENSMUST00000052907 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Pola2-201ENSMUST00000025752 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
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Atg4aQ8C9S8 Rab10-201ENSMUST00000021001 3513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Derl3-202ENSMUST00000217811 1316 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Asic4-201ENSMUST00000037708 2464 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Sec24a-202ENSMUST00000064297 2104 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Erlec1-201ENSMUST00000073192 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Dtd1-201ENSMUST00000028917 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Samd4-204ENSMUST00000125688 1773 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Msl1-201ENSMUST00000037915 4593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Dach1-202ENSMUST00000071533 5219 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Golt1b-201ENSMUST00000032372 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Aarsd1-201ENSMUST00000070395 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Tmem88-201ENSMUST00000050140 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
Atg4aQ8C9S8 Pde4a-201ENSMUST00000003395 2524 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Dsn1-201ENSMUST00000103129 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ntng1-205ENSMUST00000106575 1620 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ntng1-202ENSMUST00000072596 1620 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Zfp13-201ENSMUST00000057029 2139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Svip-201ENSMUST00000098414 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Pik3ap1-201ENSMUST00000059672 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Lhx3-201ENSMUST00000028302 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Gm6184-201ENSMUST00000120403 1261 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Hrh3-204ENSMUST00000165248 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Prr3-202ENSMUST00000165613 767 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 H2-T-ps-201ENSMUST00000172538 1067 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
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Atg4aQ8C9S8 1810008I18Rik-202ENSMUST00000187848 819 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Gm18195-201ENSMUST00000207604 706 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.7 ms