Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Fkbp10-202ENSMUST00000107400 1467 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Nov-201ENSMUST00000050027 2869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42934-201ENSMUST00000196920 1345 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Ncmap-204ENSMUST00000105859 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Insig1-201ENSMUST00000059155 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Nptn-201ENSMUST00000085651 2024 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Rhox2d-201ENSMUST00000115179 685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6415-201ENSMUST00000118488 348 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Rps10-ps2-201ENSMUST00000127484 496 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11682-201ENSMUST00000144689 516 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Hoga1-204ENSMUST00000172244 631 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Enah-202ENSMUST00000111024 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Slc27a5-202ENSMUST00000120903 1468 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp446-204ENSMUST00000108537 2178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Ephx3-202ENSMUST00000162117 1590 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Terf1-203ENSMUST00000188371 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Ahcyl2-204ENSMUST00000115242 5152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Kmt5c-202ENSMUST00000108582 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Large2-203ENSMUST00000111284 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3054-201ENSMUST00000111075 265 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15593-201ENSMUST00000122085 1008 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20650-201ENSMUST00000175690 198 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Ino80e-214ENSMUST00000206349 883 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Tmod4-201ENSMUST00000005769 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Necab3-201ENSMUST00000000895 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Nf2-201ENSMUST00000053079 2470 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 March2-201ENSMUST00000066121 3400 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Mbl1-202ENSMUST00000225792 1563 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Spryd4-201ENSMUST00000061995 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnyl1-202ENSMUST00000114077 3281 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Nploc4-202ENSMUST00000103017 4025 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Sesn3-201ENSMUST00000034507 1827 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Arfgap2-202ENSMUST00000080008 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26917-202ENSMUST00000192833 3329 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8116-201ENSMUST00000182917 1201 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 1700021A07Rik-203ENSMUST00000188024 404 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15406-202ENSMUST00000202229 767 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Fam178b-201ENSMUST00000114981 1659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 1010001N08Rik-201ENSMUST00000180789 1967 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Fgfr2-211ENSMUST00000120187 4311 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Dnlz-201ENSMUST00000028295 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Esr1-202ENSMUST00000105588 2733 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Trip10-202ENSMUST00000224152 1812 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8242-201ENSMUST00000193029 1420 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 4930431F12Rik-202ENSMUST00000199309 2263 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Hdhd2-203ENSMUST00000097522 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Foxp4-202ENSMUST00000113262 3198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Hif3a-201ENSMUST00000037762 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28630-201ENSMUST00000187806 498 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Eif2d-202ENSMUST00000068805 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Man1c1-201ENSMUST00000038628 4285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Dcakd-201ENSMUST00000021313 1744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Trpv4-203ENSMUST00000112219 2295 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Nrg1-218ENSMUST00000209107 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Ovca2-201ENSMUST00000071562 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Zgpat-201ENSMUST00000029105 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk2ap2-204ENSMUST00000174514 669 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm31105-201ENSMUST00000211421 687 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1g-201ENSMUST00000029527 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Rps27l-201ENSMUST00000040917 499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Cacul1-203ENSMUST00000166712 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Rps6ka1-201ENSMUST00000003741 3085 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Pex5l-206ENSMUST00000108226 2632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp422-203ENSMUST00000112880 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45351-201ENSMUST00000210683 2545 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 8030474K03Rik-202ENSMUST00000151231 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 P2rx3-203ENSMUST00000111616 1315 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Nr1d2-201ENSMUST00000090543 4663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Otud5-202ENSMUST00000115665 3821 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr1-205ENSMUST00000201260 2139 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Mycl-201ENSMUST00000030407 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 I0C0044D17Rik-201ENSMUST00000097964 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Dmkn-202ENSMUST00000054427 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2br-202ENSMUST00000110476 381 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26515-201ENSMUST00000181141 996 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28237-202ENSMUST00000189477 748 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Vps25-202ENSMUST00000042477 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2bq-201ENSMUST00000078156 381 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Stra8-203ENSMUST00000114999 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Plppr2-202ENSMUST00000188468 1480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Sh2b1-202ENSMUST00000205340 3366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Cox16-201ENSMUST00000002757 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Clvs2-201ENSMUST00000019920 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Tvp23b-201ENSMUST00000014321 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Ercc1-201ENSMUST00000003645 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Apmap-201ENSMUST00000046399 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Ppdpf-202ENSMUST00000108841 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12151-201ENSMUST00000121374 290 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 AC155937.1-201ENSMUST00000125635 831 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Cox6b2-203ENSMUST00000182111 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5626-201ENSMUST00000222151 1058 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Dmrt1-202ENSMUST00000087525 1130 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10322-201ENSMUST00000095646 336 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Nap1l4-209ENSMUST00000209098 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5049-201ENSMUST00000195878 1590 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Vps51-201ENSMUST00000025711 2489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Siglecf-201ENSMUST00000012798 2510 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Sybu-207ENSMUST00000227305 3124 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43 ms